More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1721 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1721  NADH dehydrogenase subunit H  100 
 
 
347 aa  686    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0897  NADH dehydrogenase subunit H  90.49 
 
 
347 aa  616  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.135331  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1360  NADH dehydrogenase subunit H  90.49 
 
 
347 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0549439  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1268  NADH dehydrogenase subunit H  89.63 
 
 
347 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.279404  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2416  NADH dehydrogenase subunit H  77.81 
 
 
347 aa  523  1e-147  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.792289  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0785  NADH dehydrogenase subunit H  77.01 
 
 
348 aa  523  1e-147  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.181346  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1029  NADH dehydrogenase subunit H  77.39 
 
 
347 aa  522  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.182867  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0804  NADH dehydrogenase subunit H  76.37 
 
 
347 aa  518  1e-146  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0809  NADH dehydrogenase subunit H  76.66 
 
 
347 aa  520  1e-146  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.519776  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1880  NADH dehydrogenase subunit H  76.02 
 
 
356 aa  512  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.517536  normal  0.265736 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2581  NADH dehydrogenase subunit H  73.49 
 
 
341 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.393278  normal  0.135958 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4554  NADH dehydrogenase subunit H  75.14 
 
 
356 aa  506  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.212256 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2878  NADH dehydrogenase subunit H  74.64 
 
 
341 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.67433  normal  0.171106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1078  NADH dehydrogenase subunit H  75.45 
 
 
340 aa  496  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.425523 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1012  NADH dehydrogenase subunit H  75.45 
 
 
340 aa  494  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.850491 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1207  NADH dehydrogenase subunit H  75.45 
 
 
340 aa  496  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2052  NADH dehydrogenase subunit H  74.55 
 
 
340 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0871855  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2213  NADH dehydrogenase subunit H  74.34 
 
 
356 aa  494  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0909649  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2391  NADH dehydrogenase subunit H  74.27 
 
 
342 aa  489  1e-137  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.0000491536  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4626  NADH dehydrogenase subunit H  76.58 
 
 
339 aa  487  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0842951 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4397  NADH dehydrogenase subunit H  74.92 
 
 
340 aa  484  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2925  NADH dehydrogenase subunit H  75.75 
 
 
342 aa  480  1e-134  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4133  NADH dehydrogenase subunit H  73.98 
 
 
340 aa  479  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196856  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2411  NADH dehydrogenase subunit H  74.64 
 
 
341 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21924  hitchhiker  0.00524741 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3291  NADH dehydrogenase subunit H  73.78 
 
 
341 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.347185  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3219  NADH dehydrogenase subunit H  72.73 
 
 
337 aa  463  1e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1562  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  58.88 
 
 
337 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1185  NADH dehydrogenase subunit H  63.44 
 
 
346 aa  395  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.317431  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1998  NADH dehydrogenase subunit H  58.31 
 
 
345 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.222188  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1321  NADH dehydrogenase subunit H  60.76 
 
 
345 aa  384  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.967577  normal  0.0180993 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0928  NADH dehydrogenase (quinone)  60.12 
 
 
338 aa  384  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.546214  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2239  NADH dehydrogenase subunit H  59.64 
 
 
345 aa  381  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.188746 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0753  NADH dehydrogenase subunit H  59.18 
 
 
345 aa  379  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.112017  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1362  NADH dehydrogenase subunit H  64.82 
 
 
356 aa  378  1e-104  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.736309  normal  0.1215 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3335  NADH dehydrogenase (quinone)  60.83 
 
 
341 aa  375  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.214759  normal  0.324573 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2522  NADH dehydrogenase subunit H  59.51 
 
 
345 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1184  NADH dehydrogenase subunit H  59.51 
 
 
341 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.503975  normal  0.452124 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1302  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  58.77 
 
 
347 aa  370  1e-101  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0656687  normal  0.344257 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2826  NADH dehydrogenase subunit H  60.29 
 
 
357 aa  364  1e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.276364  normal  0.0731875 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2293  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  58.26 
 
 
347 aa  358  6e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0422  NADH dehydrogenase subunit H  54.97 
 
 
369 aa  354  1e-96  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00267889  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0617  NADH dehydrogenase subunit H  53.89 
 
 
367 aa  353  4e-96  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00942155  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2992  NADH dehydrogenase (quinone)  59.34 
 
 
348 aa  346  4e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1410  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain H  51.06 
 
 
354 aa  342  4e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0192046 
 
 
-
 
NC_002978  WD0159  NADH dehydrogenase subunit H  53.55 
 
 
341 aa  341  8e-93  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2055  NADH dehydrogenase subunit H  49.24 
 
 
354 aa  339  4e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.845348  normal  0.111844 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2207  NADH dehydrogenase subunit H  49.85 
 
 
354 aa  339  4e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1884  NADH dehydrogenase subunit H  49.85 
 
 
354 aa  339  5e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.499476 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1500  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  51.34 
 
 
360 aa  339  5e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.407622  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1431  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  50.61 
 
 
347 aa  337  2.9999999999999997e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0934  NADH dehydrogenase subunit H  50.46 
 
 
354 aa  334  1e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.284795  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1749  NADH dehydrogenase (quinone)  52.08 
 
 
349 aa  332  6e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.658277  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1957  NADH dehydrogenase (quinone)  50.75 
 
 
352 aa  332  8e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.206938  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2806  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  49.41 
 
 
360 aa  331  1e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.18008 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1098  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  51.02 
 
 
366 aa  330  3e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0968  NADH dehydrogenase subunit H  50.46 
 
 
354 aa  329  5.0000000000000004e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000216716  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1068  NADH dehydrogenase subunit H  50.61 
 
 
354 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.393482  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1044  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  48.79 
 
 
357 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1822  NADH dehydrogenase subunit H  50.61 
 
 
354 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1306  NADH dehydrogenase subunit H  50.61 
 
 
354 aa  326  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310295  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0420  NADH dehydrogenase subunit H  50.61 
 
 
352 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1297  NADH dehydrogenase subunit H  50.61 
 
 
354 aa  326  3e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0730  NADH dehydrogenase subunit H  50.61 
 
 
352 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1137  NADH dehydrogenase subunit H  50.61 
 
 
352 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.21954  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0828  NADH dehydrogenase (quinone)  48.79 
 
 
357 aa  325  7e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.508833  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1508  NADH dehydrogenase (quinone)  49.54 
 
 
352 aa  325  8.000000000000001e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00230102 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3503  NADH dehydrogenase (quinone)  51.37 
 
 
358 aa  324  1e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0956  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  51.82 
 
 
349 aa  325  1e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0350312  normal  0.369744 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3249  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  50.45 
 
 
359 aa  324  1e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.820751  normal  0.99493 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1442  NADH dehydrogenase subunit H  51.56 
 
 
333 aa  323  2e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.583863  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3628  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  50.46 
 
 
343 aa  323  2e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.154077 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1350  NADH dehydrogenase subunit H  50.78 
 
 
354 aa  322  5e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0612742  hitchhiker  0.00613103 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0553  NADH-quinone oxidoreductase chain H  50.93 
 
 
340 aa  322  7e-87  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1610  NADH dehydrogenase (ubiquinone), H subunit  50.93 
 
 
340 aa  322  7e-87  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2698  NADH-quinone oxidoreductase chain H  51.57 
 
 
340 aa  321  9.999999999999999e-87  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2558  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  50.46 
 
 
344 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.59058  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5570  NADH dehydrogenase subunit H  50.47 
 
 
355 aa  320  3e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.171146 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1035  NADH dehydrogenase subunit H  50.47 
 
 
355 aa  319  3e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.262933  normal  0.291469 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3207  NADH dehydrogenase subunit H  49.53 
 
 
354 aa  319  5e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.010712  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2829  NADH-quinone oxidoreductase chain H  51.26 
 
 
340 aa  318  6e-86  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2280  NADH dehydrogenase subunit H  50.16 
 
 
355 aa  319  6e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.421689  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2159  NADH dehydrogenase subunit H  50.16 
 
 
355 aa  319  6e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367995  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2250  NADH dehydrogenase (quinone)  48.25 
 
 
341 aa  317  1e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.6256  hitchhiker  0.0000133524 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2623  NADH-quinone oxidoreductase, H subunit  48.25 
 
 
341 aa  317  1e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.434757  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0964  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  49.54 
 
 
358 aa  314  9.999999999999999e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.890655  normal  0.0815435 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0054  NADH dehydrogenase I, H subunit  51.23 
 
 
336 aa  315  9.999999999999999e-85  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1630  NADH dehydrogenase subunit H  50.16 
 
 
355 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2242  NADH dehydrogenase subunit H  50.16 
 
 
355 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2266  NADH dehydrogenase subunit H  50.16 
 
 
355 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.553652  normal  0.191599 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5173  NADH dehydrogenase (quinone)  51.1 
 
 
358 aa  313  3.9999999999999997e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2002  NADH dehydrogenase subunit H  50.47 
 
 
354 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.4994  normal  0.0583966 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1270  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  48.12 
 
 
358 aa  311  7.999999999999999e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0577463  normal  0.231678 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0879  NADH dehydrogenase (quinone)  48.33 
 
 
358 aa  306  3e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1149  NADH dehydrogenase I chain H  50.78 
 
 
343 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1963  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  48.48 
 
 
339 aa  303  4.0000000000000003e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.787687  normal  0.0372303 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0824  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  47.09 
 
 
354 aa  293  3e-78  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.877991  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2054  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  46.87 
 
 
339 aa  288  7e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.470094  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0247  NADH dehydrogenase subunit H  44.97 
 
 
363 aa  288  9e-77  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1537  NADH dehydrogenase (quinone)  47.79 
 
 
341 aa  288  1e-76  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0276  NADH dehydrogenase subunit H  44.67 
 
 
363 aa  286  2e-76  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>