More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1681 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1681  30S ribosomal protein S9  100 
 
 		 155 aa  311  2.9999999999999996e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00362695  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1234  30S ribosomal protein S9  87.1 
 
 		 155 aa  280  6.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.745621  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1321  30S ribosomal protein S9  86.45 
 
 		 155 aa  279  8.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.243338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0861  30S ribosomal protein S9  84.52 
 
 		 155 aa  270  4.0000000000000004e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0415089  normal  0.103809 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2496  30S ribosomal protein S9  82.28 
 
 		 158 aa  264  2.9999999999999995e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0790  30S ribosomal protein S9  81.65 
 
 		 158 aa  263  5.999999999999999e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.552498  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0786  30S ribosomal protein S9  81.65 
 
 		 158 aa  263  5.999999999999999e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.637937  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1163  30S ribosomal protein S9  76.25 
 
 		 160 aa  254  4e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.456788  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0902  30S ribosomal protein S9  73.29 
 
 		 161 aa  247  4e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.829966  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2708  30S ribosomal protein S9  76.77 
 
 		 158 aa  240  5e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.421371  normal  0.509442 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2454  30S ribosomal protein S9  75.48 
 
 		 158 aa  238  2e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.812734  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4345  30S ribosomal protein S9  74.38 
 
 		 160 aa  238  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.59912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2697  30S ribosomal protein S9  74.52 
 
 		 161 aa  238  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.145825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1422  30S ribosomal protein S9  74.68 
 
 		 158 aa  237  5e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.51395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3107  30S ribosomal protein S9  76.13 
 
 		 160 aa  236  8e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.966484  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2672  30S ribosomal protein S9  75.48 
 
 		 158 aa  234  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.569835  normal  0.132209 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4591  30S ribosomal protein S9  76.13 
 
 		 160 aa  234  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2938  ribosomal protein S9  70.99 
 
 		 162 aa  233  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000844995 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0149  30S ribosomal protein S9  70.37 
 
 		 162 aa  231  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4611  30S ribosomal protein S9  69.75 
 
 		 162 aa  228  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0520803 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3025  30S ribosomal protein S9  73.03 
 
 		 157 aa  228  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1513  SSU ribosomal protein S9P  79.43 
 
 		 165 aa  226  6e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.472306 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2620  30S ribosomal protein S9  68.94 
 
 		 161 aa  226  1e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.159482 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2843  30S ribosomal protein S9  68.94 
 
 		 161 aa  226  1e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2650  30S ribosomal protein S9  68.94 
 
 		 161 aa  224  3e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.550147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1872  30S ribosomal protein S9  72.33 
 
 		 159 aa  224  5.0000000000000005e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.952658 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1179  30S ribosomal protein S9  67.08 
 
 		 161 aa  221  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.554063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1379  30S ribosomal protein S9  70.44 
 
 		 159 aa  220  4.9999999999999996e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0851685 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2175  30S ribosomal protein S9  70.62 
 
 		 160 aa  217  5e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0915323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2249  30S ribosomal protein S9  67.52 
 
 		 163 aa  213  8e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2425  30S ribosomal protein S9  66.88 
 
 		 164 aa  212  1.9999999999999998e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.149157  normal  0.160414 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0244  30S ribosomal protein S9  66.67 
 
 		 165 aa  211  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.411662 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0021  30S ribosomal protein S9  68.12 
 
 		 160 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.849835  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1650  30S ribosomal protein S9  68.12 
 
 		 160 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.377487 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1476  30S ribosomal protein S9  68.59 
 
 		 166 aa  211  2.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.270542 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3285  30S ribosomal protein S9  69.78 
 
 		 180 aa  211  3.9999999999999995e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4594  30S ribosomal protein S9  71.94 
 
 		 188 aa  211  3.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2970  30S ribosomal protein S9  71.71 
 
 		 159 aa  206  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0570988  normal  0.349655 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2151  30S ribosomal protein S9  62.03 
 
 		 158 aa  203  6e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.45731  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1601  30S ribosomal protein S9  66.03 
 
 		 164 aa  202  1e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.292372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1384  30S ribosomal protein S9  65.64 
 
 		 161 aa  199  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.839793 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1018  30S ribosomal protein S9  54.42 
 
 		 152 aa  164  5e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0821  30S ribosomal protein S9  60.61 
 
 		 149 aa  163  8e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.766995  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0066  30S ribosomal protein S9  58.33 
 
 		 151 aa  157  4e-38  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2069  30S ribosomal protein S9  59.69 
 
 		 130 aa  157  4e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000831765  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1899  30S ribosomal protein S9  58.91 
 
 		 130 aa  156  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  3.1303899999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0247  SSU ribosomal protein S9P  58.14 
 
 		 130 aa  156  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00762963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1050  30S ribosomal protein S9  59.68 
 
 		 130 aa  155  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000126027  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0913  ribosomal protein S9  58.87 
 
 		 129 aa  154  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000269489  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3348  ribosomal protein S9  58.87 
 
 		 129 aa  154  5.0000000000000005e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0614997 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0607  30S ribosomal protein S9  56.45 
 
 		 130 aa  150  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000206629  hitchhiker  0.00149279 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3190  30S ribosomal protein S9  57.26 
 
 		 130 aa  150  5.9999999999999996e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000452354  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2875  30S ribosomal protein S9  57.26 
 
 		 130 aa  149  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0195834  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3085  30S ribosomal protein S9  58.06 
 
 		 130 aa  148  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000996861  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3436  30S ribosomal protein S9  56.91 
 
 		 131 aa  147  4e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.113849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0048  30S ribosomal protein S9  58.87 
 
 		 130 aa  146  8e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0734  30S ribosomal protein S9  59.68 
 
 		 130 aa  146  9e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0331  ribosomal protein S9  56.59 
 
 		 130 aa  146  9e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00016739  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0839  ribosomal protein S9  56.06 
 
 		 145 aa  145  3e-34  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3453  30S ribosomal protein S9  57.38 
 
 		 130 aa  144  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3371  30S ribosomal protein S9  57.38 
 
 		 130 aa  144  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0767368  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3517  30S ribosomal protein S9  57.38 
 
 		 130 aa  144  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.143376  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2663  30S ribosomal protein S9  51.94 
 
 		 130 aa  143  8.000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00134428  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3627  30S ribosomal protein S9  54.26 
 
 		 130 aa  142  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000023775  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004510  SSU ribosomal protein S9p (S16e)  51.94 
 
 		 130 aa  142  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1233  30S ribosomal protein S9  55.65 
 
 		 130 aa  142  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000147442  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1782  30S ribosomal protein S9  56.45 
 
 		 130 aa  141  3e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000024243  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2583  30S ribosomal protein S9  53.49 
 
 		 130 aa  141  3e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000028456  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0342  SSU ribosomal protein S9P  48.77 
 
 		 170 aa  141  4e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0651444  hitchhiker  0.00386337 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0321  30S ribosomal protein S9  55.81 
 
 		 130 aa  140  5e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000288169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0461  30S ribosomal protein S9  52.71 
 
 		 130 aa  140  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000140237  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1133  30S ribosomal protein S9  52.71 
 
 		 130 aa  140  6e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000113025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0525  30S ribosomal protein S9  52.71 
 
 		 130 aa  140  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000883336  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1063  30S ribosomal protein S9  58.06 
 
 		 130 aa  140  8e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00000313432  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2471  ribosomal protein S9  52.42 
 
 		 130 aa  140  8e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0151898  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0300  30S ribosomal protein S9  51.94 
 
 		 130 aa  139  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00212654  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1908  ribosomal protein S9  55.12 
 
 		 129 aa  139  9.999999999999999e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0753  30S ribosomal protein S9  51.94 
 
 		 130 aa  139  9.999999999999999e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000116915  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2241  SSU ribosomal protein S9P  53.49 
 
 		 130 aa  139  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.201316  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03090  30S ribosomal protein S9  51.94 
 
 		 130 aa  138  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000557445  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0476  ribosomal protein S9  51.94 
 
 		 130 aa  138  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000601039  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03041  hypothetical protein  51.94 
 
 		 130 aa  138  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000287646  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0476  30S ribosomal protein S9  51.94 
 
 		 130 aa  138  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000111446  normal  0.163216 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00882  30S ribosomal protein S9  50.39 
 
 		 130 aa  139  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3546  30S ribosomal protein S9  51.94 
 
 		 130 aa  138  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000104404  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4348  30S ribosomal protein S9  51.94 
 
 		 130 aa  139  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000012665  hitchhiker  0.00291766 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0056  SSU ribosomal protein S9P  54.84 
 
 		 130 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0128063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3525  30S ribosomal protein S9  51.94 
 
 		 130 aa  138  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000016286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0970  30S ribosomal protein S9  55.65 
 
 		 130 aa  139  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.476085 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3665  30S ribosomal protein S9  51.94 
 
 		 130 aa  139  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0023412  normal  0.0755267 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3713  30S ribosomal protein S9  51.94 
 
 		 130 aa  138  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000596943  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4547  30S ribosomal protein S9  51.94 
 
 		 130 aa  138  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000371086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3419  30S ribosomal protein S9  51.94 
 
 		 130 aa  138  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000112038  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3638  ribosomal protein S9  51.16 
 
 		 130 aa  138  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00994207  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3796  ribosomal protein S9  51.16 
 
 		 130 aa  138  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000182281  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0945  ribosomal protein S9  54.84 
 
 		 130 aa  138  3e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000533623  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1882  ribosomal protein S9  57.14 
 
 		 264 aa  137  3.9999999999999997e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.178814  normal  0.068579 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0902  30S ribosomal protein S9  51.61 
 
 		 130 aa  137  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0347  ribosomal protein S9  59.68 
 
 		 130 aa  137  6e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000129825  normal  0.751178 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4693  30S ribosomal protein S9  51.61 
 
 		 130 aa  137  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00380118  normal  0.0220476 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>