More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1612 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1612  transcriptional regulator NrdR  100 
 
 		 158 aa  318  1.9999999999999998e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1178  transcriptional regulator NrdR  88.96 
 
 		 158 aa  281  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.082767  normal  0.171861 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1267  transcriptional regulator NrdR  88.96 
 
 		 158 aa  281  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0102239  normal  0.204854 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0817  transcriptional regulator NrdR  87.34 
 
 		 157 aa  281  3.0000000000000004e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.218804  normal  0.43356 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1135  transcriptional regulator NrdR  75.51 
 
 		 154 aa  228  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516313  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5296  transcriptional regulator NrdR  71.14 
 
 		 193 aa  224  4e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4277  ATP-cone domain-containing protein  68.92 
 
 		 182 aa  224  5.0000000000000005e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.497117  normal  0.0160175 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2109  ATP-cone domain protein  70.75 
 
 		 176 aa  221  3e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2529  transcriptional regulator NrdR  66.23 
 
 		 158 aa  221  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0537327  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3103  transcriptional regulator NrdR  66.24 
 
 		 186 aa  221  4e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00872195  normal  0.010624 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3364  transcriptional regulator NrdR  66.45 
 
 		 185 aa  220  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.864476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2909  ATP-cone domain-containing protein  67.11 
 
 		 162 aa  219  9e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000766609  hitchhiker  0.00220576 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3493  transcriptional regulator NrdR  66.89 
 
 		 185 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.466621  normal  0.949601 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3169  transcriptional regulator NrdR  66.89 
 
 		 185 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.129734  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0766  transcriptional regulator NrdR  64.52 
 
 		 158 aa  218  3.9999999999999997e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0759  transcriptional regulator NrdR  64.52 
 
 		 158 aa  218  3.9999999999999997e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3046  transcriptional regulator NrdR  68.97 
 
 		 157 aa  215  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.212603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0630  transcriptional regulator NrdR  63.82 
 
 		 160 aa  209  1e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.189278  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3957  ATP-cone domain-containing protein  64.86 
 
 		 177 aa  209  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0864731 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1536  ribonucleotide reductase regulator NrdR-like protein  65.75 
 
 		 161 aa  207  5e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000992096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1726  transcriptional regulator NrdR  67.33 
 
 		 160 aa  206  1e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.222643  normal  0.114234 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0789  transcriptional regulator NrdR  64.86 
 
 		 155 aa  206  1e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0165247  normal  0.0364138 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2660  transcriptional regulator NrdR  65.77 
 
 		 161 aa  204  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.258967  normal  0.771858 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1815  transcriptional regulator NrdR  66.67 
 
 		 160 aa  204  3e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4648  transcriptional regulator NrdR  66 
 
 		 161 aa  204  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.183456 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2672  transcriptional regulator NrdR  66 
 
 		 160 aa  203  7e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0812854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3005  transcriptional regulator NrdR  66.22 
 
 		 160 aa  202  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2635  transcriptional regulator NrdR  65.33 
 
 		 160 aa  202  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.436717  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1826  transcriptional regulator NrdR  64.63 
 
 		 152 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0898017  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2257  transcriptional regulator NrdR  61.04 
 
 		 155 aa  198  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.382244 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2136  transcriptional regulator NrdR  63.27 
 
 		 155 aa  197  5e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.826839  normal  0.972579 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1562  transcriptional regulator NrdR  63.27 
 
 		 154 aa  197  5e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.000599658  normal  0.0421133 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2047  transcriptional regulator NrdR  61.22 
 
 		 155 aa  193  9e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.798764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0843  transcriptional regulator NrdR  61.22 
 
 		 155 aa  193  9e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.918743 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0394  transcriptional regulator NrdR  61.22 
 
 		 155 aa  193  9e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.379881  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2122  transcriptional regulator NrdR  63.95 
 
 		 151 aa  191  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3422  transcriptional regulator NrdR  59.86 
 
 		 156 aa  188  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.195421  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2242  transcriptional regulator NrdR  57.14 
 
 		 159 aa  185  3e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.279557  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3535  transcriptional regulator NrdR  58.44 
 
 		 178 aa  183  8e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1132  transcriptional regulator NrdR  57.43 
 
 		 154 aa  182  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.26106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0352  transcriptional regulator NrdR  46.31 
 
 		 149 aa  158  3e-38  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.57197  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1697  transcriptional regulator NrdR  48.98 
 
 		 150 aa  157  6e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1156  transcriptional regulator NrdR  50.34 
 
 		 153 aa  150  8e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2448  transcriptional regulator NrdR  55.1 
 
 		 164 aa  149  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0125  transcriptional regulator NrdR  46.94 
 
 		 153 aa  147  5e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.69395  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1003  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 		 156 aa  146  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000818068  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0063  ATP-cone domain-containing protein  46.84 
 
 		 173 aa  145  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.987989 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0280  transcriptional regulator NrdR  47.62 
 
 		 148 aa  144  3e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0185  transcriptional regulator NrdR  46.31 
 
 		 153 aa  143  8.000000000000001e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0157  transcriptional regulator NrdR  47.62 
 
 		 150 aa  143  8.000000000000001e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2939  transcriptional regulator NrdR  46.26 
 
 		 147 aa  142  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.634156 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2074  transcriptional regulator NrdR  54.42 
 
 		 159 aa  142  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3195  transcriptional regulator NrdR  54.42 
 
 		 159 aa  142  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4956  transcriptional regulator NrdR  48.3 
 
 		 151 aa  142  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0604  transcriptional regulator NrdR  45.95 
 
 		 154 aa  142  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0835  transcriptional regulator NrdR  54.42 
 
 		 159 aa  142  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2669  transcriptional regulator NrdR  54.42 
 
 		 159 aa  142  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3248  transcriptional regulator NrdR  54.42 
 
 		 159 aa  142  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3233  transcriptional regulator NrdR  54.42 
 
 		 159 aa  142  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.464565  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1941  transcriptional regulator NrdR  54.42 
 
 		 159 aa  142  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3913  transcriptional regulator NrdR  53.74 
 
 		 160 aa  141  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.275077  normal  0.0858388 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2386  transcriptional regulator NrdR  48.98 
 
 		 153 aa  140  6e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000689968 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0789  transcriptional regulator NrdR  44.44 
 
 		 154 aa  140  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861935  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1380  transcriptional regulator NrdR  53.74 
 
 		 159 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1916  transcriptional regulator NrdR  46.26 
 
 		 148 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00109588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0776  transcriptional regulator NrdR  53.06 
 
 		 159 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.327359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0807  transcriptional regulator NrdR  53.06 
 
 		 159 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.102565  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1659  transcriptional regulator NrdR  48.3 
 
 		 149 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2045  transcriptional regulator NrdR  48.3 
 
 		 149 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0709551  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1597  transcriptional regulator NrdR  46.67 
 
 		 150 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000000794729  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0721  transcriptional regulator NrdR  45.64 
 
 		 154 aa  138  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.109615  normal  0.121751 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0701  transcriptional regulator NrdR  52.38 
 
 		 159 aa  138  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3896  transcriptional regulator NrdR  53.06 
 
 		 159 aa  138  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0677  transcriptional regulator NrdR  45.64 
 
 		 154 aa  138  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.726709  normal  0.692453 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0684  transcriptional regulator NrdR  52.38 
 
 		 159 aa  138  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.701389  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0692  transcriptional regulator NrdR  48.3 
 
 		 158 aa  137  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.663246  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2580  transcriptional regulator NrdR  52.38 
 
 		 159 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0766  transcriptional regulator NrdR  53.06 
 
 		 160 aa  138  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.248117 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0669  ATP-cone domain protein  46 
 
 		 160 aa  137  3.9999999999999997e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.528006  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1549  ATP-cone domain protein  50.68 
 
 		 163 aa  137  6e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000415369  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004266  ribonucleotide reductase transcriptional regulator NrdR  46.94 
 
 		 149 aa  136  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000298691  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0042  ATP-cone domain protein  47.86 
 
 		 165 aa  136  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.67036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0324  transcriptional regulator NrdR  52.38 
 
 		 159 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2993  transcriptional regulator NrdR  46.26 
 
 		 149 aa  136  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.701897  normal  0.27543 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0728  transcriptional regulator NrdR  45.58 
 
 		 149 aa  135  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.443303 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1862  transcriptional regulator NrdR  46.26 
 
 		 149 aa  135  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00283574  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1687  transcriptional regulator NrdR  47.33 
 
 		 150 aa  135  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2142  transcriptional regulator NrdR  45.58 
 
 		 152 aa  135  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.497739  hitchhiker  0.00230243 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2681  transcriptional regulator NrdR  44.3 
 
 		 155 aa  135  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2184  transcriptional regulator NrdR  47.33 
 
 		 150 aa  134  4e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132804  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1998  transcriptional regulator NrdR  46.43 
 
 		 158 aa  134  4e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000130508  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3899  ATP-cone domain protein  43.33 
 
 		 183 aa  134  5e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1444  transcriptional regulator NrdR  47.33 
 
 		 157 aa  134  5e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0794  transcriptional regulator NrdR  44.67 
 
 		 148 aa  134  5e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.610189  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1550  transcriptional regulator NrdR  47.62 
 
 		 170 aa  134  6.0000000000000005e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0005  transcriptional regulator NrdR  50.34 
 
 		 159 aa  133  9e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2471  transcriptional regulator NrdR  44.9 
 
 		 152 aa  133  9.999999999999999e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.01116 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0578  transcriptional regulator NrdR  42.31 
 
 		 157 aa  132  9.999999999999999e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1579  transcriptional regulator NrdR  42.31 
 
 		 157 aa  132  9.999999999999999e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000136219  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1558  ATP-cone domain protein  44.08 
 
 		 172 aa  132  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.609001  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>