More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1505 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1505  dTDP-glucose 4-6-dehydratase  100 
 
 
331 aa  682    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.36 
 
 
335 aa  421  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.984482  normal  0.365956 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3769  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.69 
 
 
335 aa  410  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0266554 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.55 
 
 
347 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131148 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4020  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.09 
 
 
318 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.23 
 
 
346 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.544479  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.42 
 
 
336 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.77 
 
 
318 aa  403  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3556  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.9 
 
 
321 aa  403  1e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0542  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  63.75 
 
 
337 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.82 
 
 
319 aa  398  9.999999999999999e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  63.75 
 
 
337 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.26 
 
 
348 aa  400  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0212169 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1165  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  64.05 
 
 
320 aa  395  1e-109  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0499982  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.71 
 
 
320 aa  394  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.579578  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.36 
 
 
318 aa  396  1e-109  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000151711  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.75 
 
 
324 aa  393  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.446281  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1611  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.13 
 
 
313 aa  391  1e-108  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.709629  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.04 
 
 
308 aa  388  1e-107  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.32 
 
 
309 aa  385  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0262  sugar nucleotide dehydratase  61.29 
 
 
317 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.129808  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.94 
 
 
315 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0209  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.11 
 
 
348 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120111  normal  0.224068 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0129  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.97 
 
 
322 aa  385  1e-106  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3252  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.68 
 
 
314 aa  383  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0363049  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.97 
 
 
315 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.710301 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.65 
 
 
315 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.380397  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0160  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  58.65 
 
 
345 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.177339  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3060  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  60.66 
 
 
331 aa  378  1e-104  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0392933  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.68 
 
 
313 aa  378  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.05 
 
 
342 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1794  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.65 
 
 
345 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.381286  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.96 
 
 
343 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0230856  normal  0.593918 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.46 
 
 
318 aa  376  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954538 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1331  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.94 
 
 
345 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60 
 
 
318 aa  377  1e-103  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5784  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.07 
 
 
319 aa  376  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.667939  normal  0.0304013 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.55 
 
 
314 aa  377  1e-103  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.167111  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.42 
 
 
313 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.376158  normal  0.0242286 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0261  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.74 
 
 
311 aa  376  1e-103  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.370218  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0162  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.35 
 
 
313 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0024  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.41 
 
 
326 aa  374  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235622  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1140  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.61 
 
 
312 aa  374  1e-102  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.193248  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.42 
 
 
311 aa  373  1e-102  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0132998  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0221  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  60.07 
 
 
319 aa  371  1e-101  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.48 
 
 
311 aa  371  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.366265  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1937  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.15 
 
 
311 aa  370  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3791  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.23 
 
 
313 aa  371  1e-101  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.75 
 
 
311 aa  369  1e-101  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0782  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.74 
 
 
316 aa  371  1e-101  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182086  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4001  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60 
 
 
340 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152029  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5610  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.25 
 
 
330 aa  365  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.63 
 
 
346 aa  367  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.794763  normal  0.784993 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.84 
 
 
313 aa  365  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000855956  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.43 
 
 
330 aa  366  1e-100  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000230956 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.63 
 
 
310 aa  366  1e-100  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.453654  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2802  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.82 
 
 
317 aa  368  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4330  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.48 
 
 
340 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000000594661  normal  0.0239957 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.75 
 
 
316 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301245  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.19 
 
 
312 aa  365  1e-100  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26091  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  57.14 
 
 
313 aa  367  1e-100  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.91787 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0244  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.98 
 
 
346 aa  365  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.218972  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2307  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.7 
 
 
311 aa  363  3e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00124145  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14221  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  55.48 
 
 
311 aa  363  3e-99  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.84912  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.5 
 
 
340 aa  362  4e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0814825 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.5 
 
 
340 aa  362  4e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.34 
 
 
333 aa  362  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.134293 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4391  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.63 
 
 
350 aa  362  6e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.626317  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.36 
 
 
341 aa  362  6e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.34 
 
 
333 aa  362  6e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1815  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  58.31 
 
 
311 aa  361  9e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.437537  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0504  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.77 
 
 
356 aa  360  3e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57 
 
 
335 aa  359  4e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1566  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.82 
 
 
319 aa  358  5e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13324  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0439  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.55 
 
 
340 aa  358  7e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1264  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.77 
 
 
365 aa  358  9e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.561113  normal  0.0105388 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0514  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  54.46 
 
 
337 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0893  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.43 
 
 
308 aa  355  3.9999999999999996e-97  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.05 
 
 
337 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.5321  normal  0.424531 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0189  putative nucleoside-diphosphate sugar epimerase  57.76 
 
 
316 aa  355  5e-97  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.496773  decreased coverage  0.00806939 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4588  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  57.76 
 
 
311 aa  354  1e-96  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.52 
 
 
321 aa  354  1e-96  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0919  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.43 
 
 
308 aa  354  1e-96  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0917118  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3893  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.38 
 
 
346 aa  354  1e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258351  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.14 
 
 
337 aa  352  4e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0779716 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.36 
 
 
333 aa  350  3e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2071  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.66 
 
 
340 aa  349  4e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.337917  normal  0.0105803 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.87 
 
 
330 aa  349  4e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.746716  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5585  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.46 
 
 
351 aa  348  6e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.151939  normal  0.0166428 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.34 
 
 
309 aa  345  4e-94  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1149  dTDP-glucose 46-dehydratase  55.78 
 
 
325 aa  346  4e-94  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.985297 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_29801  predicted protein  55.16 
 
 
340 aa  341  8e-93  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33309  predicted protein  55.16 
 
 
340 aa  341  8e-93  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_41531  nad-dependent epimerase/dehydratase  52.12 
 
 
514 aa  340  2e-92  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.87 
 
 
322 aa  339  4e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  55.45 
 
 
348 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0857049  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1288  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  55.45 
 
 
348 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3158  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  55.45 
 
 
348 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0477125  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3029  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  55.45 
 
 
348 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.965327  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2263  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  55.45 
 
 
348 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171141  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>