195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0945 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0945  hypothetical protein  100 
 
 
242 aa  482  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0569  methyltransferase small  67.78 
 
 
256 aa  295  6e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0525  methyltransferase small  68.2 
 
 
258 aa  291  7e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.3555  normal  0.371328 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0460  methyltransferase small  66.81 
 
 
256 aa  290  2e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.672041  normal  0.644692 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0384  methyltransferase domain-containing protein  57.76 
 
 
263 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0399  hypothetical protein  57.33 
 
 
252 aa  222  3e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0408  hypothetical protein  57.33 
 
 
252 aa  222  3e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.429668  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0517  methyltransferase small  54.31 
 
 
264 aa  220  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0709  methyltransferase small  51.93 
 
 
286 aa  202  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.239384  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3299  methyltransferase small  41.81 
 
 
250 aa  146  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.36754  normal  0.847529 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3425  methyltransferase small  40.09 
 
 
250 aa  146  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.777581 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5345  methyltransferase small  41.63 
 
 
252 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3106  methyltransferase small  40.34 
 
 
250 aa  143  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.179696 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4373  methyltransferase small  44.49 
 
 
249 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0724  O-methyltransferase  38.63 
 
 
260 aa  132  5e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1375  methyltransferase small  41.7 
 
 
256 aa  123  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1113  methyltransferase small  42.24 
 
 
257 aa  122  4e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1234  methyltransferase small  39.81 
 
 
259 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3214  methyltransferase small  42.24 
 
 
288 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.0042849  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1216  methyltransferase small  40.93 
 
 
259 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.937877  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2590  methyltransferase small  44.02 
 
 
261 aa  112  7.000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.118813 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2351  hypothetical protein  40.62 
 
 
257 aa  110  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2755  methyltransferase small  41.55 
 
 
250 aa  107  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3740  methyltransferase small  32.27 
 
 
262 aa  95.9  5e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2029  methyltransferase small  33.94 
 
 
252 aa  95.9  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.958184  normal  0.205429 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1090  methyltransferase small  36.92 
 
 
265 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.656005 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4352  methyltransferase small  40.28 
 
 
253 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165994  hitchhiker  0.00950666 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1977  methyltransferase small  37.87 
 
 
258 aa  90.9  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.7461 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2182  methyltransferase small  36.57 
 
 
242 aa  84.7  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0748  N-6 adenine-specific DNA methylase  31.94 
 
 
253 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3070  methyltransferase type 11  33.18 
 
 
256 aa  84  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2404  methyltransferase small  32.41 
 
 
253 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.773816 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0162  Methyltransferase type 11  29.11 
 
 
260 aa  82.4  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000119856  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1434  O-methyltransferase-like protein  30.14 
 
 
239 aa  80.1  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0489  methyltransferase small  33.33 
 
 
247 aa  79  0.00000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2469  methyltransferase small  28.93 
 
 
271 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1198  Methyltransferase type 11  29.39 
 
 
248 aa  75.1  0.0000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0705  methyltransferase small  29.46 
 
 
268 aa  74.7  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.566489  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2102  methyltransferase small  25.65 
 
 
251 aa  73.6  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000596088  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3774  methyltransferase small  28.51 
 
 
256 aa  72.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2952  methyltransferase small  31.16 
 
 
260 aa  71.6  0.000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.275413  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0974  O-methyltransferase  26.05 
 
 
330 aa  71.6  0.00000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0397708  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1417  methyltransferase small  29.6 
 
 
268 aa  70.1  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.399028  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0713  methyltransferase small  27.04 
 
 
249 aa  69.7  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.54079 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2876  putative RNA methylase:methyltransferase small  27.2 
 
 
255 aa  69.3  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0219603  hitchhiker  0.0000945883 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0637  hypothetical protein  28.17 
 
 
258 aa  68.6  0.00000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.973634  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0543  methyltransferase small  28.51 
 
 
241 aa  67  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000179324  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3377  methyltransferase small  35.06 
 
 
245 aa  67  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.726212 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0045  SAM-dependent methyltransferases  31.78 
 
 
251 aa  67  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000698926  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0681  O-methyltransferase-like protein  27.83 
 
 
251 aa  65.5  0.0000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000217038  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1321  methyltransferase small  22.52 
 
 
235 aa  65.5  0.0000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2972  methyltransferase small  28.72 
 
 
234 aa  64.7  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.982208  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0059  methyltransferase small  25 
 
 
248 aa  63.5  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0440874  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2743  methyltransferase small  27.35 
 
 
245 aa  62.8  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.85396  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3911  methyltransferase type 11  23.67 
 
 
256 aa  62  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl674  S-adenosylmethionine:2-demethylmenaquinone methyltransferase  24.88 
 
 
240 aa  61.6  0.000000009  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0212  methyltransferase small  23.21 
 
 
247 aa  61.2  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1201  O-methyltransferase  27.27 
 
 
254 aa  61.6  0.00000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.528983  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0923  conserved hypothetical protein, possible methylase  22.75 
 
 
230 aa  60.8  0.00000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0147  methyltransferase small domain-containing protein  24.89 
 
 
235 aa  61.2  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0686995  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2227  SAM-dependent methyltransferase  26.84 
 
 
249 aa  59.7  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000281055  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3500  methyltransferase small  27.85 
 
 
266 aa  59.7  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.3587600000000004e-33 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0800  O-methyltransferase  22.03 
 
 
338 aa  59.3  0.00000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000866383  hitchhiker  1.55907e-17 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1949  UDP-MurNac-pentapeptide presynthetase  25.66 
 
 
237 aa  59.3  0.00000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000302465  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1309  methyltransferase small  22.94 
 
 
233 aa  58.2  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0107892  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2444  hypothetical protein  24.89 
 
 
243 aa  58.5  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1524  hypothetical protein  27.06 
 
 
254 aa  57.8  0.0000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.930165  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0516  hypothetical protein  19.72 
 
 
233 aa  57.8  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.537562  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0266  hypothetical protein  23.81 
 
 
249 aa  56.6  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00284579  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1706  methyltransferase small  27.23 
 
 
228 aa  57  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0151999  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0053  putative methyltransferase  26.43 
 
 
272 aa  56.2  0.0000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0442288  normal  0.047519 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3437  methyltransferase small  23.71 
 
 
258 aa  55.5  0.0000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0010281  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0275  hypothetical protein  24.24 
 
 
249 aa  55.5  0.0000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.343318  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0603  hypothetical protein  19.27 
 
 
233 aa  55.1  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04650  hypothetical protein  27.49 
 
 
236 aa  55.1  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1439  hypothetical protein  19.27 
 
 
233 aa  54.7  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1237  modification methylase, HemK family  34.93 
 
 
280 aa  53.9  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0891  methyltransferase small  26.37 
 
 
244 aa  54.3  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0196039 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0309  DNA methylase  22.87 
 
 
262 aa  53.5  0.000003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1085  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  28.19 
 
 
304 aa  53.1  0.000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0111  methyltransferase small  27.75 
 
 
211 aa  52.4  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1154  methyltransferase small  23.5 
 
 
233 aa  52.4  0.000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2467  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  38.2 
 
 
317 aa  52  0.000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.466168  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0637  methyltransferase small  22.87 
 
 
231 aa  52  0.000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.947307  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1890  methylase of polypeptide chain release factor  28.66 
 
 
294 aa  50.8  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3526  methyltransferase small  29.69 
 
 
238 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3645  methyltransferase small  29.69 
 
 
238 aa  50.4  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0779  hypothetical protein  24.54 
 
 
254 aa  50.4  0.00003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.621531  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0239  methyltransferase type 11  22.16 
 
 
216 aa  49.7  0.00004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5119  methyltransferase small  27.75 
 
 
240 aa  48.9  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.454528 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0029  hypothetical protein  23.11 
 
 
246 aa  48.9  0.00008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1383  HemK family modification methylase  29.49 
 
 
289 aa  48.9  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0728  methyltransferase small  20.98 
 
 
231 aa  48.5  0.00009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0121453  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0028  methyltransferase small  22.75 
 
 
249 aa  48.5  0.00009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3451  methyltransferase type 12  29.17 
 
 
238 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0841  methyltransferase small  29.17 
 
 
238 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0768  methyltransferase small  28.29 
 
 
243 aa  48.1  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0650188 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0597  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, ribosomal protein L3-specific  31.06 
 
 
326 aa  48.1  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000828022  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6147  modification methylase, HemK family  30.08 
 
 
288 aa  47.4  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.324026  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0030  methyltransferase small  23.7 
 
 
249 aa  47.8  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>