More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0413 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0413  SAM dependent methyltransferase  100 
 
 		 405 aa  822    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0054  putative SAM-dependent methyltransferase protein  76.24 
 
 		 365 aa  535  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0039  putative SAM-dependent methyltransferase protein  83.86 
 
 		 365 aa  526  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274671 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0024  hypothetical protein  66.5 
 
 		 385 aa  523  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201715 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0163  hypothetical protein  63.82 
 
 		 386 aa  428  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0146  putative SAM dependent methyltransferase  64.2 
 
 		 381 aa  429  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.440659  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0151  SAM dependent methyltransferase, putative  63.91 
 
 		 381 aa  426  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3676  hypothetical protein  62.57 
 
 		 334 aa  414  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1373  putative SAM-dependent methyltransferase  61.97 
 
 		 314 aa  396  1e-109  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3093  hypothetical protein  51.17 
 
 		 304 aa  290  2e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3845  hypothetical protein  46.51 
 
 		 291 aa  266  5e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3027  putative SAM-dependent methyltransferase  47.75 
 
 		 298 aa  261  2e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129145 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1415  SAM-dependent methyltransferase-like protein  48.44 
 
 		 288 aa  258  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  normal  0.0960542 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0922  SAM-dependent methyltransferase  46.82 
 
 		 294 aa  252  7e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.728224  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1397  SAM-dependent methyltransferase  45.8 
 
 		 252 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.404398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0277  hypothetical protein  40 
 
 		 291 aa  215  9.999999999999999e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2432  hypothetical protein  38.97 
 
 		 287 aa  209  8e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0841  hypothetical protein  40.92 
 
 		 311 aa  206  9e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.359342 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2221  SAM dependent methyltransferase  42.91 
 
 		 297 aa  202  8e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0816781 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3463  SAM dependent methyltransferase  40 
 
 		 293 aa  194  3e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0898386 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1219  oxidoreductase  39.46 
 
 		 295 aa  191  2e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00837631  hitchhiker  0.00166496 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3671  hypothetical protein  37.67 
 
 		 291 aa  190  5e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000273453  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0743  oxidoreductase  41.09 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1019  putative SAM-dependent methyltransferase  33.33 
 
 		 290 aa  186  9e-46  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2887  hypothetical protein  40.45 
 
 		 287 aa  176  7e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0684  hypothetical protein  36.29 
 
 		 275 aa  164  3e-39  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.654148  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1977  hypothetical protein  32.81 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.257048  hitchhiker  0.000740302 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3540  hypothetical protein  30.14 
 
 		 409 aa  80.5  0.00000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1462  hypothetical protein  29.27 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.685404  normal  0.241812 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1952  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  28.96 
 
 		 712 aa  73.9  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.64464  normal  0.031867 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1774  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.91 
 
 		 709 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.828749  hitchhiker  0.000200873 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2685  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.91 
 
 		 709 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1491  putative RNA methylase  32.52 
 
 		 408 aa  70.9  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.286756 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2661  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.85 
 
 		 712 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  33.07 
 
 		 560 aa  70.1  0.00000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1601  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.45 
 
 		 713 aa  70.5  0.00000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0419159  normal  0.867514 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1540  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.45 
 
 		 713 aa  69.7  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26220  predicted SAM-dependent methyltransferase  30.66 
 
 		 657 aa  69.7  0.00000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1607  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.45 
 
 		 713 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00710463  normal  0.246745 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00971  predicted methyltransferase  40.24 
 
 		 367 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.406744  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2676  Protein of unknown function methylase putative  40.24 
 
 		 391 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00640456  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2629  hypothetical protein  40.24 
 
 		 396 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.126778  hitchhiker  0.0000254452 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2151  hypothetical protein  40.24 
 
 		 396 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.111749  normal  0.201335 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1082  hypothetical protein  40.24 
 
 		 396 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000305834  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2470  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.28 
 
 		 711 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000238626  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00978  hypothetical protein  40.24 
 
 		 367 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.536136  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1076  hypothetical protein  40.24 
 
 		 396 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00716941  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2348  hypothetical protein  40.24 
 
 		 396 aa  68.9  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.287324  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1132  hypothetical protein  40.24 
 
 		 396 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.250632 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1121  SAM-dependent methyltransferase  40.24 
 
 		 403 aa  68.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  7.50041e-16 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1851  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.65 
 
 		 711 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2570  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.33 
 
 		 709 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0113028  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3385  putative RNA methylase  41.98 
 
 		 412 aa  68.6  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.871032  normal  0.230972 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2610  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.33 
 
 		 709 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000568014  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1344  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  43.9 
 
 		 732 aa  68.2  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2005  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.59 
 
 		 701 aa  68.2  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.391349  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2143  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.33 
 
 		 711 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1343  putative RNA methylase  28.57 
 
 		 400 aa  67.8  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.417493  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1479  SAM-dependent methyltransferase  37.8 
 
 		 396 aa  67.4  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.41969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1189  hypothetical protein  39.02 
 
 		 403 aa  66.2  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.887543 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1143  protein YccW  39.02 
 
 		 403 aa  66.2  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.405441 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1155  hypothetical protein  39.02 
 
 		 403 aa  66.2  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.282182  normal  0.900174 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2072  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.5 
 
 		 713 aa  66.6  0.0000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1038  protein YccW  39.02 
 
 		 403 aa  66.2  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.677771  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4030  protein of unknown function Met10  27.78 
 
 		 552 aa  66.6  0.0000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3257  hypothetical protein  37 
 
 		 425 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.521213  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2919  hypothetical protein  37 
 
 		 425 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0869648  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2170  hypothetical protein  37 
 
 		 425 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.64943  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0206  hypothetical protein  37 
 
 		 425 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3429  hypothetical protein  37 
 
 		 425 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0667  hypothetical protein  28.95 
 
 		 390 aa  65.9  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0390  SAM-dependent methyltransferase  37 
 
 		 425 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0169  hypothetical protein  37 
 
 		 423 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2376  SAM-dependent methyltransferase  41.46 
 
 		 400 aa  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1488  PUA domain containing protein  41.46 
 
 		 400 aa  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1764  PUA domain-containing protein  35.63 
 
 		 396 aa  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0181071  hitchhiker  0.000729336 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1583  PUA domain containing protein  41.46 
 
 		 400 aa  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.303299  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1632  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.01 
 
 		 709 aa  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0586736  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0194  hypothetical protein  37 
 
 		 422 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1771  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.38 
 
 		 807 aa  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1913  hypothetical protein  35.11 
 
 		 335 aa  65.1  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0121293  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3105  PUA domain-containing protein  30.3 
 
 		 404 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.281212 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2473  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.58 
 
 		 711 aa  64.7  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00287682 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2474  PUA domain-containing protein  30.3 
 
 		 404 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.78499  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3088  PUA domain-containing protein  30.3 
 
 		 404 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3698  PUA domain containing protein  37 
 
 		 400 aa  64.3  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3375  PUA domain containing protein  37 
 
 		 397 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0766  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.33 
 
 		 768 aa  63.9  0.000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.1454 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1095  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  28.11 
 
 		 708 aa  63.5  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0184189  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3701  protein of unknown function Met10  34 
 
 		 394 aa  63.5  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1812  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.59 
 
 		 711 aa  63.5  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0884579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3155  SAM-dependent methyltransferase  35 
 
 		 411 aa  63.5  0.000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0772  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.06 
 
 		 776 aa  63.5  0.000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.829763 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1192  hypothetical protein  34.4 
 
 		 390 aa  63.2  0.000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0073  PUA domain-containing protein  35 
 
 		 400 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.891321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1946  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.33 
 
 		 711 aa  63.2  0.000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.478167  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1600  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.38 
 
 		 708 aa  63.2  0.000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2620  PUA domain-containing protein  33.66 
 
 		 396 aa  62.4  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.925241  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0051  hypothetical protein  36 
 
 		 397 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0023  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.35 
 
 		 707 aa  62.4  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>