More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0387 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0387  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  100 
 
 
527 aa  1073    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00400126  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1065  ubiquinone biosynthesis protein UbiB  66.16 
 
 
527 aa  704    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.277258  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3571  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  76.15 
 
 
524 aa  821    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000179776 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4366  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  80.88 
 
 
524 aa  878    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00962608 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1318  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  67.5 
 
 
527 aa  719    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0662679  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1003  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  66.16 
 
 
527 aa  703    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.232865  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4090  2-octaprenylphenol hydroxylase  66.41 
 
 
524 aa  683    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0171499  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4637  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  80.5 
 
 
524 aa  881    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.657767  normal  0.0525544 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1348  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  59.73 
 
 
529 aa  660    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0082  2-octaprenylphenol hydroxylase  54.51 
 
 
524 aa  538  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2241  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  55.51 
 
 
525 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2908  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  54.34 
 
 
523 aa  540  9.999999999999999e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3928  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  54.11 
 
 
520 aa  532  1e-150  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.875977  normal  0.133275 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4296  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  54.11 
 
 
521 aa  530  1e-149  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.156569 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7056  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  54.11 
 
 
517 aa  530  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4402  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  53.15 
 
 
520 aa  526  1e-148  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0379  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  53.15 
 
 
522 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0042  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  52.99 
 
 
526 aa  520  1e-146  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6251  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  54.11 
 
 
517 aa  521  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.900931  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0050  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  55.4 
 
 
518 aa  517  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.725319  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2017  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  54.44 
 
 
523 aa  509  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0621  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  53.59 
 
 
524 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0569858  normal  0.317873 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0085  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  53.49 
 
 
525 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0210  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  54.22 
 
 
524 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.443925 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2671  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  53.44 
 
 
520 aa  496  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3657  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  54.35 
 
 
534 aa  489  1e-137  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  2.6671799999999998e-20 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3367  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  48.59 
 
 
509 aa  434  1e-120  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3027  2-octaprenylphenol hydroxylase  47.19 
 
 
508 aa  418  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.272776 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2594  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  50 
 
 
509 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.185494  hitchhiker  0.000000409266 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1337  2-octaprenylphenol hydroxylase  51.35 
 
 
493 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.42741  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0006  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  51.35 
 
 
509 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4510  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  48.26 
 
 
511 aa  407  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.850081  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4208  2-octaprenylphenol hydroxylase  46.2 
 
 
509 aa  400  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5072  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  47.67 
 
 
500 aa  394  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4883  2-octaprenylphenol hydroxylase  47.53 
 
 
510 aa  389  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3185  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  44.85 
 
 
514 aa  387  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.187339 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3072  2-octaprenylphenol hydroxylase  47.47 
 
 
512 aa  377  1e-103  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3797  2-octaprenylphenol hydroxylase  42.75 
 
 
519 aa  371  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00377233  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0594  2-octaprenylphenol hydroxylase  44.18 
 
 
519 aa  367  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.282335  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3494  2-octaprenylphenol hydroxylase  41.16 
 
 
530 aa  342  1e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0939  ubiquinone biosynthesis protein AarF, putative  40.69 
 
 
476 aa  339  9e-92  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3417  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  37.76 
 
 
547 aa  335  1e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0061  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  38.41 
 
 
558 aa  329  6e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0071  2-octaprenylphenol hydroxylase  38.69 
 
 
553 aa  328  2.0000000000000001e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2019  ubiquinone biosynthesis protein AarF  40.96 
 
 
542 aa  325  1e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0250  2-octaprenylphenol hydroxylase  40.33 
 
 
480 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.602394  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0840  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  39.86 
 
 
480 aa  319  9e-86  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.27773  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4010  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  37.98 
 
 
522 aa  318  2e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000133652 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2345  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  35.74 
 
 
557 aa  314  2.9999999999999996e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.391466  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1207  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  37.32 
 
 
553 aa  313  3.9999999999999997e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.842555  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0719  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  37.66 
 
 
509 aa  311  1e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0101  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  39.16 
 
 
561 aa  312  1e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.207696  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0745  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  36.09 
 
 
547 aa  311  2e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2820  hypothetical protein  34.57 
 
 
549 aa  308  1.0000000000000001e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1186  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  35.51 
 
 
556 aa  306  6e-82  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0544  2-octaprenylphenol hydroxylase  35.92 
 
 
544 aa  306  6e-82  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4126  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  36.86 
 
 
521 aa  306  7e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185917  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2972  hypothetical protein  34.35 
 
 
549 aa  306  7e-82  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3869  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  38.17 
 
 
506 aa  306  8.000000000000001e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.838483 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3958  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  37.01 
 
 
546 aa  305  1.0000000000000001e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0959958 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001925  ubiquinone biosynthesis monooxygenase UbiB  36.49 
 
 
544 aa  305  1.0000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00564  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  36.49 
 
 
544 aa  305  2.0000000000000002e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0400  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  35.53 
 
 
546 aa  304  3.0000000000000004e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2430  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  36.49 
 
 
544 aa  303  5.000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3204  ubiquinone biosynthesis protein AarF  34.3 
 
 
549 aa  302  1e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0971234  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4252  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  37.53 
 
 
546 aa  301  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4203  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  37.53 
 
 
546 aa  301  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0250  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  37.86 
 
 
543 aa  301  2e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.370587 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2998  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  38.89 
 
 
543 aa  301  2e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4359  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  37.53 
 
 
546 aa  301  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4054  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  37.91 
 
 
546 aa  301  2e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4299  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  37.53 
 
 
546 aa  301  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.128892  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4180  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  37.53 
 
 
546 aa  301  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.944164  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0595  2-octaprenylphenol hydroxylase  36.91 
 
 
540 aa  300  3e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.294006  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03728  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  37.77 
 
 
546 aa  300  5e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4144  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  37.77 
 
 
546 aa  300  5e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4356  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  37.77 
 
 
546 aa  300  5e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03677  hypothetical protein  37.77 
 
 
546 aa  300  5e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4173  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  37.77 
 
 
546 aa  300  5e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00514072 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4059  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  37.77 
 
 
546 aa  300  5e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5276  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  37.77 
 
 
546 aa  300  5e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.709941  normal  0.225701 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4307  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  37.77 
 
 
546 aa  300  5e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0321  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  35.52 
 
 
546 aa  298  1e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0988  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  39.75 
 
 
504 aa  297  3e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4245  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  38.72 
 
 
546 aa  297  3e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.806176  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0065  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  36.44 
 
 
541 aa  296  5e-79  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45430  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  38.86 
 
 
537 aa  296  5e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0213  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  37.96 
 
 
522 aa  295  1e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.331416 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0521  2-octaprenylphenol hydroxylase  38.33 
 
 
527 aa  295  1e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.273302  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4218  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  37.86 
 
 
546 aa  295  1e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00118244 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2120  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase accessory protein  36.44 
 
 
541 aa  295  2e-78  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.191993  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0696  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  36.19 
 
 
514 aa  295  2e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0473  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  34.73 
 
 
549 aa  293  7e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5804  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  35.56 
 
 
533 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1321  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  35.91 
 
 
521 aa  292  1e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0459359  normal  0.0103922 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4098  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  33.97 
 
 
549 aa  292  1e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0784  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  35.1 
 
 
517 aa  291  1e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3913  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  36.65 
 
 
545 aa  291  2e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66920  ubiquinone biosynthesis protein UbiB  35.56 
 
 
533 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3639  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  37.27 
 
 
543 aa  291  3e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>