274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0340 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0340  iron-sulfur cluster binding protein  100 
 
 		 390 aa  803    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4319  domain of unknown function DUF1730  74.54 
 
 		 383 aa  579  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4582  domain of unknown function DUF1730  73.88 
 
 		 385 aa  566  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.231177 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3534  hypothetical protein  71 
 
 		 387 aa  545  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1337  hypothetical protein  64.89 
 
 		 393 aa  512  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3598  hypothetical protein  66.49 
 
 		 383 aa  498  1e-140  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1045  iron-sulfur cluster-binding protein, putative  61.98 
 
 		 398 aa  490  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.743352  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0983  putative iron-sulfur cluster-binding protein  61.98 
 
 		 404 aa  490  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0440  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  62.33 
 
 		 388 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1809  hypothetical protein  63.1 
 
 		 385 aa  460  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405326  normal  0.188281 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0170  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  62.12 
 
 		 380 aa  454  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0043  domain of unknown function DUF1730  61.81 
 
 		 370 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0663  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  60.82 
 
 		 382 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3314  iron-sulfur cluster binding protein  56.59 
 
 		 392 aa  436  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.117611  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0279  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  58.36 
 
 		 375 aa  425  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5422  domain of unknown function DUF1730  59.71 
 
 		 389 aa  422  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.98716  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3682  iron-sulfur cluster binding protein  61.13 
 
 		 366 aa  423  1e-117  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.253797 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2662  domain of unknown function DUF1730  55.53 
 
 		 392 aa  419  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0200  hypothetical protein  57.95 
 
 		 383 aa  413  1e-114  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0118  putative iron-sulfur cluster binding protein  58.26 
 
 		 372 aa  411  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.921505  normal  0.832944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2385  hypothetical protein  58.88 
 
 		 349 aa  410  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.341142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3307  putative 4Fe-4S binding domain protein  61.24 
 
 		 344 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.917643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4944  hypothetical protein  58.5 
 
 		 374 aa  406  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2290  hypothetical protein  57.35 
 
 		 347 aa  399  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.439481  normal  0.313439 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0274  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  57.44 
 
 		 343 aa  396  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.097204 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2806  hypothetical protein  57.83 
 
 		 347 aa  392  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.578108 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3132  hypothetical protein  56.45 
 
 		 363 aa  392  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2342  protein of unknown function DUF1730  56.77 
 
 		 356 aa  390  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.932969 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2784  hypothetical protein  59.08 
 
 		 343 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1143  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur cluster binding protein  57.23 
 
 		 348 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2804  hypothetical protein  57.14 
 
 		 348 aa  381  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0957966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1141  domain of unknown function DUF1730  57.47 
 
 		 357 aa  380  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0221  hypothetical protein  62.93 
 
 		 325 aa  376  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2899  putative iron-sulfur cluster binding protein  54.85 
 
 		 382 aa  375  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.281494 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0217  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  54.62 
 
 		 349 aa  369  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1342  hypothetical protein  62.75 
 
 		 353 aa  365  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.185892  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2868  4Fe-4S cluster binding  59.35 
 
 		 350 aa  353  2e-96  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.622728 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1627  hypothetical protein  44.44 
 
 		 387 aa  295  1e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0672  putative iron-sulfur cluster binding protein  43.44 
 
 		 355 aa  279  7e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.75883  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0340  4Fe-4S cluster binding protein  42.86 
 
 		 368 aa  278  1e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.246127  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1520  4Fe-4S ferredoxin protein  43.35 
 
 		 438 aa  277  2e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0107493  normal  0.24299 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0490  iron-sulfur cluster binding protein  43.58 
 
 		 380 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0891  4Fe-4S cluster binding protein  42.9 
 
 		 363 aa  270  4e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0619732  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1302  iron-sulfur cluster binding protein, putative  43.06 
 
 		 373 aa  267  2e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2758  iron-sulfur cluster binding protein  41.84 
 
 		 356 aa  267  2.9999999999999995e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.620502  normal  0.744246 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2530  4Fe-4S cluster binding  40.11 
 
 		 385 aa  266  5e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0524  4Fe-4S cluster binding protein  40.7 
 
 		 377 aa  266  5e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.257966  hitchhiker  0.00311756 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00414  iron-sulfur cluster binding protein, putative  40.36 
 
 		 355 aa  263  4e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.210433  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5125  iron-sulfur cluster binding protein  42.03 
 
 		 351 aa  259  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0783629  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0985  putative iron-sulfur cluster binding protein  38.76 
 
 		 361 aa  255  8e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.188512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3461  iron-sulfur cluster binding protein  40.4 
 
 		 362 aa  254  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.265251  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65400  putative iron-sulfur cluster-binding protein  41.79 
 
 		 361 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0900  iron-sulfur cluster binding protein  39.5 
 
 		 360 aa  255  1.0000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0529  iron-sulfur cluster binding protein  39.6 
 
 		 379 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.465139  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1785  iron-sulfur cluster binding protein  41.8 
 
 		 366 aa  253  3e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.280211  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0597  putative iron-sulfur cluster binding protein  41.61 
 
 		 364 aa  253  3e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0566  4Fe-4S cluster binding  40.82 
 
 		 362 aa  254  3e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2753  iron-sulfur cluster-binding protein  38.73 
 
 		 369 aa  254  3e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000006724  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3728  iron-sulfur cluster binding protein  38.44 
 
 		 379 aa  253  3e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.560083  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4948  iron-sulfur cluster-binding protein  40.82 
 
 		 362 aa  253  6e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2673  tRNA pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 369 aa  252  9.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0486  iron-sulfur cluster binding protein  41.61 
 
 		 379 aa  251  1e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000360257  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3042  hypothetical protein  40.27 
 
 		 383 aa  250  3e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00069817  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3051  4Fe-4S cluster binding  40.94 
 
 		 354 aa  249  4e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0143934 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5679  iron-sulfur cluster binding protein  41.33 
 
 		 361 aa  250  4e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3925  iron-sulfur cluster binding protein  38.04 
 
 		 379 aa  249  5e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00310532  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4952  iron-sulfur cluster binding protein  41.04 
 
 		 354 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.279227  normal  0.302526 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2775  putative iron-sulfur cluster binding protein  40.34 
 
 		 362 aa  249  6e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.886764  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0517  4Fe-4S cluster binding  39.48 
 
 		 359 aa  249  8e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.246101  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4776  putative iron-sulfur cluster binding protein  40.75 
 
 		 354 aa  248  9e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.274975  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4900  iron-sulfur cluster-binding protein, putative  40.75 
 
 		 354 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.705042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0582  4Fe-4S cluster binding  39.83 
 
 		 393 aa  248  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1379  4Fe-4S cluster binding  38.71 
 
 		 355 aa  247  3e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0629  putative iron-sulfur cluster binding protein  41.82 
 
 		 357 aa  247  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.619472 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2411  iron-sulfur cluster binding protein  42.19 
 
 		 383 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.400236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4691  iron-sulfur cluster binding protein  40.46 
 
 		 354 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07480  iron-sulfur cluster binding protein  40.52 
 
 		 354 aa  246  6e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1713  putative iron-sulfur cluster binding protein  41.43 
 
 		 348 aa  245  8e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0425  putative iron-sulfur cluster binding protein  40.32 
 
 		 379 aa  245  9e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000030316  hitchhiker  0.000000852685 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4753  putative iron-sulfur cluster binding protein  37.61 
 
 		 384 aa  245  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00412785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4624  putative iron-sulfur cluster binding protein  37.61 
 
 		 384 aa  245  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000999766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3972  putative iron-sulfur cluster binding protein  40.74 
 
 		 397 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4634  putative iron-sulfur cluster binding protein  37.61 
 
 		 384 aa  245  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000341327  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4717  putative iron-sulfur cluster binding protein  37.61 
 
 		 384 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000105537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4774  putative iron-sulfur cluster binding protein  37.61 
 
 		 384 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0366705  normal  0.043554 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1172  putative iron-sulfur cluster binding protein  42.86 
 
 		 332 aa  244  1.9999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0269954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3301  4Fe-4S cluster binding  38.61 
 
 		 372 aa  243  3e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.194025  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002253  iron-sulfur cluster-binding protein  38.22 
 
 		 375 aa  243  5e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000253209  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1317  putative iron-sulfur cluster binding protein  37.72 
 
 		 357 aa  242  6e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.468365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0733  4Fe-4S cluster binding  38.92 
 
 		 415 aa  243  6e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04033  predicted Fe-S electron transport protein  36.44 
 
 		 379 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000233876  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3827  iron-sulfur cluster binding protein  36.44 
 
 		 379 aa  241  1e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000294328  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4409  iron-sulfur cluster binding protein  36.44 
 
 		 379 aa  241  1e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  7.448649999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4697  iron-sulfur cluster binding protein  36.44 
 
 		 379 aa  241  1e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000309577  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3847  iron-sulfur cluster binding protein  36.44 
 
 		 379 aa  241  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.000000133072  hitchhiker  0.00000262117 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00099  iron-sulfur cluster-binding protein  38.17 
 
 		 375 aa  241  1e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00643  putative 4Fe-4S binding protein  42.01 
 
 		 380 aa  242  1e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0771  putative iron-sulfur cluster binding protein  38.81 
 
 		 391 aa  241  1e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.885868  normal  0.0280629 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03995  hypothetical protein  36.44 
 
 		 379 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000106432  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3244  putative iron-sulfur cluster binding protein  38.3 
 
 		 386 aa  241  1e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>