More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0107 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007509  Bcep18194_C6710  Beta-glucosidase  54.39 
 
 
671 aa  705    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.593883 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3307  glycoside hydrolase family 3 domain protein  54.22 
 
 
659 aa  741    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2446  glycoside hydrolase family 3 domain protein  52.82 
 
 
659 aa  699    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.802964  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4300  Beta-glucosidase  52.87 
 
 
669 aa  688    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0170448  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2541  glycoside hydrolase family 3 domain protein  52.78 
 
 
658 aa  694    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0107  beta-glucosidase protein  100 
 
 
656 aa  1348    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0734039  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1719  glycoside hydrolase family protein  50 
 
 
640 aa  609  1e-173  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2741  glycoside hydrolase family 3 domain protein  44.65 
 
 
670 aa  538  1e-151  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2344  Xylan 1,4-beta-xylosidase  42.47 
 
 
608 aa  462  9.999999999999999e-129  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04360  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  41.64 
 
 
618 aa  456  1e-127  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.117639 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2978  Xylan 1,4-beta-xylosidase  41.91 
 
 
609 aa  446  1.0000000000000001e-124  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3149  Beta-glucosidase  40.57 
 
 
663 aa  442  9.999999999999999e-123  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167157  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01804  beta-1,4-glucosidase (Eurofung)  38.3 
 
 
618 aa  409  1e-113  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.497793 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3250  glycoside hydrolase family 3 protein  37.44 
 
 
588 aa  373  1e-102  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2687  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.57 
 
 
677 aa  358  1.9999999999999998e-97  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.547616  normal  0.221922 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1258  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.69 
 
 
779 aa  338  9.999999999999999e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.539798 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0139  glycoside hydrolase family 3 protein  32.28 
 
 
753 aa  331  3e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.0000855243  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3059  xylan 1,4-beta-xylosidase  30.64 
 
 
754 aa  296  7e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0195747 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1591  glycoside hydrolase family 3 domain protein  29.39 
 
 
705 aa  258  3e-67  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.241667  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0471  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.62 
 
 
797 aa  254  3e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02260  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  31.41 
 
 
804 aa  227  6e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07120  beta-glucosidase  29.82 
 
 
478 aa  220  7.999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20270  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  28.53 
 
 
675 aa  215  1.9999999999999998e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.703616  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1163  glycoside hydrolase family 3 domain protein  29.46 
 
 
762 aa  174  5.999999999999999e-42  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0078  glycoside hydrolase family 3 domain protein  27.26 
 
 
702 aa  168  2.9999999999999998e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1250  glycoside hydrolase family 3 domain protein  25.46 
 
 
644 aa  163  9e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19810  beta-glucosidase  26.59 
 
 
739 aa  159  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0871  glycoside hydrolase family 3 protein  31.28 
 
 
778 aa  157  6e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0323  glycoside hydrolase family 3 domain protein  28.6 
 
 
807 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000125133  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1370  Beta-glucosidase  30.3 
 
 
737 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04180  beta-N-acetylhexosaminidase  25.25 
 
 
618 aa  153  8e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0848  glycoside hydrolase family 3 protein  31.06 
 
 
778 aa  153  8.999999999999999e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0229  glycoside hydrolase family 3 protein  30.16 
 
 
777 aa  152  2e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.270264  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0901  glycoside hydrolase family 3 protein  29.1 
 
 
790 aa  150  5e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.72185  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4366  glycoside hydrolase family 3 protein  24.88 
 
 
743 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2616  glycoside hydrolase family 3 domain protein  28.22 
 
 
615 aa  148  3e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3730  glycoside hydrolase family protein  30.17 
 
 
805 aa  147  5e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.414697  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1832  glycoside hydrolase family 3 protein  29.02 
 
 
808 aa  147  6e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0261035 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0629  glycosyl hydrolase  29.27 
 
 
604 aa  147  8.000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2630  glycoside hydrolase family 3 domain protein  29.93 
 
 
782 aa  147  8.000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.829499  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0867  glycoside hydrolase family 3 domain protein  29.17 
 
 
783 aa  145  2e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3521  glycoside hydrolase family 3 protein  27.35 
 
 
766 aa  145  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.656969  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2365  xylosidase/arabinosidase  27.9 
 
 
759 aa  144  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.327511  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1816  glycoside hydrolase family 3 domain protein  31.13 
 
 
751 aa  144  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1132  glycoside hydrolase family 3 domain protein  30.61 
 
 
752 aa  143  9e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.730093  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3463  glycoside hydrolase family 3 protein  26 
 
 
721 aa  143  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2600  glycoside hydrolase family 3 protein  26.94 
 
 
1271 aa  143  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0793818  decreased coverage  0.00832929 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1564  glycoside hydrolase family 3 protein  25.44 
 
 
755 aa  142  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.180056  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3638  glycoside hydrolase family 3 domain protein  28.38 
 
 
766 aa  140  6e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456784  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1607  glycoside hydrolase family 3 domain protein  29.83 
 
 
760 aa  140  7.999999999999999e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0692  glycoside hydrolase family 3 domain protein  30.11 
 
 
736 aa  140  8.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0501235 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3263  Beta-glucosidase  27.94 
 
 
678 aa  138  3.0000000000000003e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0852  glycoside hydrolase family 3 domain protein  27.84 
 
 
762 aa  137  5e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0847818  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0435  glycoside hydrolase family 3 protein  29.65 
 
 
789 aa  137  8e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0475  Beta-glucosidase-related glycosidases-like  24.72 
 
 
1581 aa  137  8e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.811095  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3784  b-glucosidase, glycoside hydrolase family 3 protein  28.25 
 
 
745 aa  136  9.999999999999999e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.299854 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3577  glycoside hydrolase family 3 domain protein  26.81 
 
 
723 aa  136  9.999999999999999e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.622283  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1012  glycoside hydrolase family 3 domain protein  27.77 
 
 
804 aa  134  3.9999999999999996e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.722043  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2268  b-glucosidase  27.56 
 
 
758 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2444  glycoside hydrolase family 3 protein  27.57 
 
 
1271 aa  134  5e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.592108  normal  0.597577 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3577  b-glucosidase  26.5 
 
 
750 aa  134  6e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1318  Beta-glucosidase  24.61 
 
 
880 aa  134  6e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2862  glycoside hydrolase family 3 domain protein  27.11 
 
 
757 aa  134  6.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.18832  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0502  glycoside hydrolase family 3 protein  28.6 
 
 
772 aa  134  6.999999999999999e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1014  glycoside hydrolase family protein  29.02 
 
 
772 aa  134  6.999999999999999e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285084  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2539  glycoside hydrolase family 3 domain protein  30.45 
 
 
760 aa  133  1.0000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3739  periplasmic beta-glucosidase  27.65 
 
 
740 aa  132  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.22686  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1611  glycoside hydrolase family protein  32.08 
 
 
764 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2531  glycoside hydrolase family 3 domain protein  29.19 
 
 
902 aa  131  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0593  glycoside hydrolase family 3 protein  25.94 
 
 
727 aa  131  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0249  glycoside hydrolase family 3 protein  27.49 
 
 
750 aa  130  7.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2354  glycoside hydrolase family 3 domain protein  28.39 
 
 
771 aa  130  7.000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2729  Beta-glucosidase  26.05 
 
 
759 aa  130  8.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.751661 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0532  putative periplasmic beta-glucosidase  25.94 
 
 
727 aa  130  8.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1089  glycoside hydrolase family 3 domain protein  28.88 
 
 
795 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1611  Beta-glucosidase  23.91 
 
 
811 aa  129  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2605  Beta-glucosidase  24.04 
 
 
866 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.344943  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0530  glycoside hydrolase family protein  25.62 
 
 
751 aa  130  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.60857 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03794  glucan 1,4-beta-glucosidase  25.77 
 
 
850 aa  130  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.681149  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1364  Beta-N-acetylhexosaminidase  28.64 
 
 
600 aa  129  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.553842  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2042  glycoside hydrolase family 3 protein  28.14 
 
 
886 aa  127  5e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.198368  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5561  glycoside hydrolase family 3 domain-containing protein  25.12 
 
 
612 aa  127  6e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03740  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  28.38 
 
 
765 aa  127  8.000000000000001e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.653977 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1689  glycoside hydrolase family 3 domain protein  26.23 
 
 
619 aa  126  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1934  beta-glucosidase-like glycosidase  27.94 
 
 
787 aa  126  1e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1047  glycoside hydrolase family 3 domain protein  27.94 
 
 
733 aa  126  1e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1217  glycoside hydrolase family 3 protein  25.36 
 
 
966 aa  125  3e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  decreased coverage  0.0000342609  normal  0.287325 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2273  b-glucosidase, glycoside hydrolase family 3 protein  25.89 
 
 
820 aa  124  4e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1375  glycoside hydrolase family 3 protein  26 
 
 
859 aa  124  7e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0866514  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5444  glycoside hydrolase family 3 domain protein  25.49 
 
 
828 aa  123  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.615677  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3740  putative endoglucanase A  24.72 
 
 
599 aa  123  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.821502  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0536  glycoside hydrolase family 3 domain protein  29.48 
 
 
754 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0012986  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3384  glycoside hydrolase family 3 protein  28.79 
 
 
631 aa  123  9.999999999999999e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3192  glycoside hydrolase family 3 protein  30.05 
 
 
811 aa  122  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1403  periplasmic beta-glucosidase  25.95 
 
 
763 aa  122  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2069  glycoside hydrolase family 3 domain protein  29.61 
 
 
760 aa  121  3e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4365  glycoside hydrolase family 3 protein  27.2 
 
 
608 aa  121  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3237  glycoside hydrolase family 3 protein  26.46 
 
 
768 aa  122  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0155  glycoside hydrolase family 3 domain protein  30.51 
 
 
755 aa  121  3.9999999999999996e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.167458  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4320  glycoside hydrolase family 3 protein  26.34 
 
 
763 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>