More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1187 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013170  Ccur_13230  lysyl-tRNA synthetase (class II)  64.15 
 
 		 771 aa  672    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0295969  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1187  lysyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 533 aa  1093    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.33244  normal  0.0846582 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19490  lysyl-tRNA synthetase (class II)  60 
 
 		 499 aa  614  9.999999999999999e-175  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00347128  unclonable  0.00000000087404 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2238  lysyl-tRNA synthetase  58.17 
 
 		 647 aa  599  1e-170  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000093194  normal  0.362438 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00750  Lysyl-tRNA synthetase  49.59 
 
 		 491 aa  490  1e-137  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000253681  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0417  lysyl-tRNA synthetase  48.39 
 
 		 494 aa  484  1e-135  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.904038  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0078  lysyl-tRNA synthetase  47.05 
 
 		 494 aa  478  1e-133  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.312229  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0810  lysyl-tRNA synthetase  47.42 
 
 		 499 aa  477  1e-133  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000714975  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0750  lysyl-tRNA synthetase  47.56 
 
 		 496 aa  473  1e-132  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0075  lysyl-tRNA synthetase  46.44 
 
 		 494 aa  474  1e-132  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1647  lysyl-tRNA synthetase  49.2 
 
 		 489 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0152  lysyl-tRNA synthetase  48.27 
 
 		 489 aa  469  1.0000000000000001e-131  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000016249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0163  lysyl-tRNA synthetase  47.45 
 
 		 488 aa  470  1.0000000000000001e-131  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000142799  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2515  lysyl-tRNA synthetase  47.09 
 
 		 1118 aa  466  9.999999999999999e-131  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.889838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0345  lysyl-tRNA synthetase  47.17 
 
 		 573 aa  468  9.999999999999999e-131  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0175  lysyl-tRNA synthetase  45.33 
 
 		 510 aa  464  1e-129  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000127982  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0733  lysyl-tRNA synthetase  46.98 
 
 		 496 aa  464  1e-129  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.874449  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1118  lysyl-tRNA synthetase  48.77 
 
 		 505 aa  461  9.999999999999999e-129  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3150  lysyl-tRNA synthetase  48.39 
 
 		 561 aa  459  9.999999999999999e-129  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000153086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1248  lysyl-tRNA synthetase  45.97 
 
 		 494 aa  461  9.999999999999999e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.88178e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2360  lysyl-tRNA synthetase, class-2  48.16 
 
 		 491 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2271  lysyl-tRNA synthetase  46.3 
 
 		 491 aa  455  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0209  lysyl-tRNA synthetase  47.02 
 
 		 495 aa  457  1e-127  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000164497  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0019  lysyl-tRNA synthetase  46.98 
 
 		 494 aa  457  1e-127  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00231338  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0384  lysyl-tRNA synthetase  46.76 
 
 		 509 aa  458  1e-127  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.808438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0406  lysyl-tRNA synthetase  46.6 
 
 		 495 aa  458  1e-127  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.751997  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0251  lysyl-tRNA synthetase  48.15 
 
 		 499 aa  456  1e-127  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000260184  normal  0.314985 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2234  lysyl-tRNA synthetase  47.3 
 
 		 504 aa  457  1e-127  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0888  lysyl-tRNA synthetase  48.09 
 
 		 501 aa  458  1e-127  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0156  lysyl-tRNA synthetase  44.18 
 
 		 495 aa  455  1.0000000000000001e-126  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.033113  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0117  lysyl-tRNA synthetase  47.01 
 
 		 489 aa  452  1.0000000000000001e-126  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000338438  hitchhiker  0.00843463 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0659  lysyl-tRNA synthetase  46.25 
 
 		 497 aa  453  1.0000000000000001e-126  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000863751  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0856  lysyl-tRNA synthetase  46.71 
 
 		 573 aa  454  1.0000000000000001e-126  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0280  lysyl-tRNA synthetase  45.66 
 
 		 504 aa  453  1.0000000000000001e-126  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0337786  hitchhiker  0.000160762 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3742  lysyl-tRNA synthetase  48.48 
 
 		 496 aa  455  1.0000000000000001e-126  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.464722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1032  lysyl-tRNA synthetase  47.15 
 
 		 501 aa  455  1.0000000000000001e-126  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.565305  normal  0.238368 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0422  lysyl-tRNA synthetase  46.26 
 
 		 511 aa  451  1e-125  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3384  lysyl-tRNA synthetase  44.97 
 
 		 502 aa  452  1e-125  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0154  lysyl-tRNA synthetase  47.19 
 
 		 502 aa  450  1e-125  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1176  lysyl-tRNA synthetase  43.83 
 
 		 511 aa  449  1e-125  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.687326  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0110  lysyl-tRNA synthetase  46.69 
 
 		 502 aa  451  1e-125  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.296046 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0072  lysyl-tRNA synthetase  43.72 
 
 		 499 aa  449  1e-125  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.407963  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1733  lysyl-tRNA synthetase  44.89 
 
 		 511 aa  450  1e-125  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3424  lysyl-tRNA synthetase  48.05 
 
 		 492 aa  451  1e-125  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2781  lysyl-tRNA synthetase  44.89 
 
 		 501 aa  451  1e-125  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2467  lysyl-tRNA synthetase  45.84 
 
 		 501 aa  451  1e-125  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0883  lysyl-tRNA synthetase  46.51 
 
 		 573 aa  449  1e-125  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.158887  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0075  lysyl-tRNA synthetase  43.72 
 
 		 499 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0085  lysyl-tRNA synthetase  43.52 
 
 		 499 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000436352 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0076  lysyl-tRNA synthetase  43.52 
 
 		 499 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0629827  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0072  lysyl-tRNA synthetase  43.52 
 
 		 499 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0072  lysyl-tRNA synthetase  43.52 
 
 		 499 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.172835  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5232  lysyl-tRNA synthetase  43.32 
 
 		 499 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0118491  hitchhiker  0.00000000172197 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3240  lysyl-tRNA synthetase  46.6 
 
 		 494 aa  445  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000008657  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0271  lysyl-tRNA synthetase  45.14 
 
 		 508 aa  446  1.0000000000000001e-124  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000549631  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1357  lysyl-tRNA synthetase  45.94 
 
 		 501 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1365  lysyl-tRNA synthetase  46.46 
 
 		 532 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.040149  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0076  lysyl-tRNA synthetase  43.52 
 
 		 499 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2415  lysyl-tRNA synthetase  46.6 
 
 		 504 aa  447  1.0000000000000001e-124  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0221722 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0836  lysyl-tRNA synthetase  47.64 
 
 		 492 aa  448  1.0000000000000001e-124  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000359337  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01841  lysyl-tRNA synthetase  47.02 
 
 		 508 aa  447  1.0000000000000001e-124  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0503  lysyl-tRNA synthetase  47.44 
 
 		 504 aa  445  1.0000000000000001e-124  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0088  lysyl-tRNA synthetase  43.72 
 
 		 499 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.863253  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0190  lysyl-tRNA synthetase (class II)  44.49 
 
 		 496 aa  446  1.0000000000000001e-124  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3014  lysyl-tRNA synthetase  46.44 
 
 		 503 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.270584  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0007  lysyl-tRNA synthetase  48.78 
 
 		 497 aa  448  1.0000000000000001e-124  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0757  lysyl-tRNA synthetase  46.44 
 
 		 492 aa  442  1e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0478688  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1129  lysyl-tRNA synthetase  45.1 
 
 		 502 aa  444  1e-123  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0254067  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1028  lysyl-tRNA synthetase  47.08 
 
 		 510 aa  442  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.296051  normal  0.894371 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0539  lysyl-tRNA synthetase  43.86 
 
 		 515 aa  443  1e-123  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00455686  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0084  lysyl-tRNA synthetase  43.32 
 
 		 499 aa  445  1e-123  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.016168  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1034  lysyl-tRNA synthetase  44.6 
 
 		 496 aa  442  1e-123  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5424  lysyl-tRNA synthetase  45.93 
 
 		 524 aa  442  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0553  lysyl-tRNA synthetase  43.86 
 
 		 515 aa  443  1e-123  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0116888  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1711  lysyl-tRNA synthetase  45.88 
 
 		 512 aa  442  1e-123  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0072  lysyl-tRNA synthetase  43.12 
 
 		 499 aa  444  1e-123  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000341012  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3975  lysyl-tRNA synthetase  43.47 
 
 		 561 aa  445  1e-123  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.761967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0009  lysyl-tRNA synthetase  47.77 
 
 		 489 aa  442  1e-123  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00617172  hitchhiker  0.00000378083 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0116  lysyl-tRNA synthetase  46.25 
 
 		 493 aa  443  1e-123  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0354257  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4482  lysyl-tRNA synthetase  47.56 
 
 		 499 aa  443  1e-123  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3556  lysyl-tRNA synthetase  45.57 
 
 		 503 aa  444  1e-123  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000444514  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1001  lysyl-tRNA synthetase  45.1 
 
 		 502 aa  444  1e-123  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000393607  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0396  lysyl-tRNA synthetase  47.31 
 
 		 499 aa  444  1e-123  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0628  lysyl-tRNA synthetase  48.42 
 
 		 631 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.350218  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2028  lysyl-tRNA synthetase  45.63 
 
 		 508 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2136  lysyl-tRNA synthetase  45.83 
 
 		 508 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.251549 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0836  lysyl-tRNA synthetase  46.12 
 
 		 500 aa  439  9.999999999999999e-123  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5959  lysyl-tRNA synthetase  45.83 
 
 		 508 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2155  lysyl-tRNA synthetase  45.63 
 
 		 508 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.351617  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0131  lysyl-tRNA synthetase  47.12 
 
 		 490 aa  440  9.999999999999999e-123  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.0000000275305  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2118  lysyl-tRNA synthetase  45.83 
 
 		 508 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414372  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0620  lysyl-tRNA synthetase  44.74 
 
 		 503 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1132  lysyl-tRNA synthetase  46.95 
 
 		 500 aa  441  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1152  lysyl-tRNA synthetase  46.21 
 
 		 508 aa  438  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.562013  normal  0.115463 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0302  lysyl-tRNA synthetase  45.36 
 
 		 523 aa  437  1e-121  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1586  lysyl-tRNA synthetase  44.2 
 
 		 507 aa  436  1e-121  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0159  lysyl-tRNA synthetase  46.65 
 
 		 502 aa  437  1e-121  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18071  lysyl-tRNA synthetase  45.67 
 
 		 512 aa  437  1e-121  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.66414  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0958  lysyl-tRNA synthetase  45.7 
 
 		 514 aa  436  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0760523 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0893  lysyl-tRNA synthetase  45.45 
 
 		 514 aa  438  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.246749  normal  0.0933962 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>