More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1092 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_1092  thymidylate kinase  100 
 
 
219 aa  447  1e-125  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.733791  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0156  thymidylate kinase  47.06 
 
 
206 aa  191  8e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1145  thymidylate kinase  46.12 
 
 
244 aa  185  5e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.446337  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0040  dTMP kinase  45.63 
 
 
210 aa  179  2.9999999999999997e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16190  thymidylate kinase  46.6 
 
 
234 aa  175  5e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000139363 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0372  thymidylate kinase  43.33 
 
 
217 aa  174  6e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000036403 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09210  thymidylate kinase  50.27 
 
 
295 aa  170  1e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0808366 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1461  dTMP kinase  46.6 
 
 
203 aa  170  1e-41  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2318  thymidylate kinase  46.7 
 
 
217 aa  170  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0629646  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1460  dTMP kinase  47.4 
 
 
223 aa  169  3e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1691  thymidylate kinase  44.22 
 
 
216 aa  168  5e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.38478e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1495  thymidylate kinase  47.6 
 
 
210 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845785  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20380  dTMP kinase  50.26 
 
 
207 aa  165  5e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0053  dTMP kinase  43.48 
 
 
203 aa  164  6.9999999999999995e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.115625  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2940  dTMP kinase  39.55 
 
 
225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.230772 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0121  thymidylate kinase  45.41 
 
 
213 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.505241  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2501  thymidylate kinase  44.83 
 
 
205 aa  164  1.0000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1165  dTMP kinase  47 
 
 
214 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3795  thymidylate kinase  47.12 
 
 
210 aa  162  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.398765  normal  0.441646 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4152  thymidylate kinase  46.41 
 
 
210 aa  162  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.898638  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0100  thymidylate kinase  40.35 
 
 
233 aa  162  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000072842 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1946  dTMP kinase  46.03 
 
 
212 aa  161  9e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30449  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2229  thymidylate kinase  42.86 
 
 
213 aa  160  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.558567  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0158  thymidylate kinase  46.08 
 
 
220 aa  160  1e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3827  thymidylate kinase  44.83 
 
 
210 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.058171  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1633  thymidylate kinase  44.83 
 
 
210 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1941  thymidylate kinase  41.92 
 
 
209 aa  160  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3153  dTMP kinase  43.4 
 
 
213 aa  159  4e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133636  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1530  thymidylate kinase  44.93 
 
 
207 aa  158  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.609014 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0010  thymidylate kinase  39 
 
 
213 aa  157  1e-37  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.852172  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0042  thymidylate kinase  46.23 
 
 
207 aa  157  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000722791 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0059  dTMP kinase  42.11 
 
 
207 aa  157  1e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.804352  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1665  dTMP kinase  42.13 
 
 
219 aa  157  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1652  thymidylate kinase  44.02 
 
 
210 aa  156  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.401857  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0036  dTMP kinase  43.69 
 
 
221 aa  157  2e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0026  thymidylate kinase  39.42 
 
 
210 aa  155  7e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0033  dTMP kinase  42.44 
 
 
206 aa  155  7e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2338  thymidylate kinase  41.63 
 
 
212 aa  154  8e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0085  thymidylate kinase  42.13 
 
 
211 aa  154  1e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0925  thymidylate kinase  40.72 
 
 
222 aa  153  2e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3232  dTMP kinase  39.64 
 
 
226 aa  153  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1611  dTMP kinase  40.09 
 
 
217 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1405  thymidylate kinase  40.48 
 
 
215 aa  152  2.9999999999999998e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.201868  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2263  thymidylate kinase  44.23 
 
 
206 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0386042  normal  0.293028 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1939  thymidylate kinase  43.75 
 
 
206 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622457  normal  0.256999 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0526  thymidylate kinase  42.65 
 
 
209 aa  152  2.9999999999999998e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0683  thymidylate kinase  40.82 
 
 
216 aa  151  8e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0093  thymidylate kinase  42.65 
 
 
215 aa  151  8e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.564378  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25740  thymidylate kinase  44.33 
 
 
210 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.602436 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0398  dTMP kinase  41.18 
 
 
222 aa  150  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.559161 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2461  thymidylate kinase  44.33 
 
 
202 aa  149  3e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.645027 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl676  thymidylate kinase  39.9 
 
 
211 aa  149  3e-35  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1128  thymidylate kinase  40.2 
 
 
209 aa  149  3e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000377122  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3720  dTMP kinase  38.12 
 
 
229 aa  149  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00484768 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0704  thymidylate kinase  40.3 
 
 
208 aa  149  3e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3467  thymidylate kinase  42.31 
 
 
686 aa  149  3e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2199  thymidylate kinase  43.84 
 
 
210 aa  149  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14970  thymidylate kinase  43.9 
 
 
211 aa  149  4e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1275  thymidylate kinase  42.49 
 
 
206 aa  149  5e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1575  thymidylate kinase  41.23 
 
 
211 aa  148  7e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1962  thymidylate kinase  39.11 
 
 
211 aa  148  7e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0101939  normal  0.909912 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0445  thymidylate kinase  39.3 
 
 
211 aa  148  7e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1983  thymidylate kinase  45.11 
 
 
210 aa  147  1.0000000000000001e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2194  thymidylate kinase  40 
 
 
221 aa  146  2.0000000000000003e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0386  thymidylate kinase  39.6 
 
 
222 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.203543  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4191  dTMP kinase  41.01 
 
 
244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.97771  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2699  thymidylate kinase  45.6 
 
 
208 aa  146  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.741794  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1971  thymidylate kinase  39.42 
 
 
688 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.270362  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1029  dTMP kinase  39.02 
 
 
217 aa  146  3e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1310  thymidylate kinase  41.21 
 
 
214 aa  145  3e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3327  dTMP kinase  42.64 
 
 
216 aa  145  5e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1634  thymidylate kinase  40.21 
 
 
208 aa  145  5e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.60217  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1828  thymidylate kinase  42.86 
 
 
200 aa  145  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.179808  normal  0.0308742 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8399  thymidylate kinase  42.21 
 
 
901 aa  144  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3024  thymidylate kinase  38.5 
 
 
209 aa  144  1e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0927  dTMP kinase  42.21 
 
 
199 aa  144  1e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0241028  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1257  thymidylate kinase  41.67 
 
 
207 aa  143  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.199425  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1350  thymidylate kinase  37.75 
 
 
212 aa  142  3e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0484  thymidylate kinase  41.26 
 
 
208 aa  142  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1407  thymidylate kinase  39.52 
 
 
213 aa  142  3e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.255239  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_684  thymidylate kinase  40.51 
 
 
207 aa  142  4e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1354  thymidylate kinase  37.75 
 
 
212 aa  142  4e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2380  thymidylate kinase  44.67 
 
 
209 aa  142  5e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.723503  normal  0.922007 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0718  thymidylate kinase  38.79 
 
 
219 aa  142  5e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.881728  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4544  thymidylate kinase  37.74 
 
 
671 aa  142  5e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4562  dTMP kinase  42.35 
 
 
244 aa  141  8e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0973906 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1577  thymidylate kinase  39.13 
 
 
223 aa  140  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0174932  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0778  thymidylate kinase  40 
 
 
207 aa  140  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0843  dTMP kinase  42.86 
 
 
232 aa  140  9.999999999999999e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.224695 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0608  thymidylate kinase  39.13 
 
 
223 aa  140  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00959948  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4404  dTMP kinase  41.35 
 
 
703 aa  140  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0440173 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1829  dTMP kinase  41.51 
 
 
218 aa  140  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0498  dTMP kinase  36.05 
 
 
236 aa  139  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2267  dTMP kinase  37.93 
 
 
212 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.799684  normal  0.27429 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1717  thymidylate kinase  39.52 
 
 
217 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.351649  normal  0.313232 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1543  thymidylate kinase  41.09 
 
 
204 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.145095  normal  0.0739271 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0400  dTMP kinase  35.08 
 
 
204 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1987  thymidylate kinase  39.52 
 
 
217 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0023  dTMP kinase  41.62 
 
 
215 aa  139  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0182529 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2144  dTMP kinase  41.58 
 
 
199 aa  139  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>