29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1002 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1002  protein of unknown function DUF6 transmembrane  100 
 
 		 315 aa  615  1e-175  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08310  membrane protein  60.69 
 
 		 360 aa  364  1e-99  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.229987 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0609  hypothetical protein  36.66 
 
 		 322 aa  210  2e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0595  integral membrane protein  36.62 
 
 		 322 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.437392  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1187  hypothetical protein  38.94 
 
 		 312 aa  202  4e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0941  hypothetical protein  42.38 
 
 		 343 aa  176  7e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0975  putative choline transport or trimethylamine permease  33.21 
 
 		 346 aa  139  7.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.4103099999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2074  integral membrane protein  32.82 
 
 		 336 aa  136  6.0000000000000005e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2349  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.62 
 
 		 342 aa  125  6e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1412  membrane spanning protein  27.78 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3285  hypothetical protein  28.77 
 
 		 362 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14730  hypothetical protein  28.02 
 
 		 370 aa  101  2e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000357479 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1460  lic-1 operon protein (LicB)  27.76 
 
 		 310 aa  99  1e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.717026  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3288  hypothetical protein  28.01 
 
 		 359 aa  90.1  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2432  hypothetical protein  26.56 
 
 		 369 aa  82  0.00000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1354  hypothetical protein  25 
 
 		 365 aa  79.7  0.00000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.189044  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1367  transmembrane protein MttP  28.63 
 
 		 348 aa  71.6  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.0000000000000313497  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1504  trimethylamine permease  27.3 
 
 		 348 aa  66.6  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0142032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2311  trimethylamine transporter  29.34 
 
 		 347 aa  60.5  0.00000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0501876  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4052  hypothetical protein  26.81 
 
 		 301 aa  49.3  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1636  hypothetical protein  25.99 
 
 		 335 aa  48.1  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0644  protein of unknown function DUF6 transmembrane  20.58 
 
 		 287 aa  48.1  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000380606  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2918  hypothetical protein  25.97 
 
 		 315 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.103188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2143  putative transmembrane protein  26.98 
 
 		 302 aa  45.8  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0530  hypothetical protein  26.07 
 
 		 341 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.584657  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1505  hypothetical protein  32.32 
 
 		 305 aa  42.7  0.007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3877  hypothetical protein  24.91 
 
 		 300 aa  42.7  0.007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.421169  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4993  transporter, Drug/Metabolite Exporter family  22.35 
 
 		 306 aa  42.4  0.01  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.570492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3804  hypothetical protein  27.27 
 
 		 331 aa  42.4  0.01  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>