100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0888 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0888  cell wall hydrolase/autolysin  100 
 
 
890 aa  1819    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000852469  normal  0.142876 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0891  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  44.35 
 
 
762 aa  249  1e-64  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0223841  normal  0.138276 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2053  cell wall hydrolase/autolysin  41.71 
 
 
1805 aa  120  1.9999999999999998e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0944143  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0488  putative lipoprotein  43.2 
 
 
201 aa  93.6  2e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.241796  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25520  conserved repeat protein  30.23 
 
 
613 aa  92  4e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3791  cell wall hydrolase/autolysin  36.43 
 
 
450 aa  87.8  8e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3687  cell wall hydrolase/autolysin  37.6 
 
 
450 aa  87.4  9e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1228  cell wall hydrolase/autolysin  37.23 
 
 
438 aa  84.3  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000450762  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0538  hypothetical protein  40.5 
 
 
204 aa  81.3  0.00000000000007  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00554774  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07880  glucan-binding domain-containing protein  27.64 
 
 
651 aa  79.7  0.0000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00352799 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0490  cell wall binding repeat-containing protein  27.55 
 
 
1557 aa  79  0.0000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14450  glucan-binding domain-containing protein  27.92 
 
 
532 aa  75.1  0.000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.521361  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2080  cell wall hydrolase/autolysin  33.33 
 
 
274 aa  74.7  0.000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000802973  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14460  glucan-binding domain-containing protein  26.96 
 
 
757 aa  74.3  0.000000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.706218  normal  0.855897 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0605  cell wall binding repeat-containing protein/mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase domain-containing protein  30.46 
 
 
807 aa  72  0.00000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.187255  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0550  cell wall binding repeat-containing protein  29.09 
 
 
330 aa  71.2  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.515915  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0606  cell wall binding repeat-containing protein/zinc carboxypeptidase family protein  28.44 
 
 
550 aa  70.5  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.907737  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1752  glycosyl hydrolase  28.4 
 
 
1514 aa  70.1  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0611  cell wall binding repeat-containing protein  24.16 
 
 
430 aa  70.1  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0066  cell wall hydrolase/autolysin  34.4 
 
 
450 aa  68.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0597  surface protein pspA precursor  26.97 
 
 
434 aa  66.2  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0591  cell wall binding repeat-containing protein/zinc carboxypeptidase family protein  25.69 
 
 
573 aa  66.2  0.000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000159659  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0593  cell wall binding repeat-containing protein  26.07 
 
 
552 aa  65.5  0.000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.000201841  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00690  putative cell wall binding protein  29.95 
 
 
2495 aa  65.1  0.000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11330  putative cell wall binding protein  26.51 
 
 
502 aa  65.1  0.000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.307599  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06260  glucan-binding domain-containing protein  26.13 
 
 
324 aa  64.7  0.000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0382  copper amine oxidase-like protein  34.53 
 
 
403 aa  63.9  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0857  glycosyl hydrolase  22.32 
 
 
2821 aa  63.9  0.00000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00880  putative cell wall binding protein  27.96 
 
 
478 aa  64.3  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.938683  normal  0.955176 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00230  dipeptidase  30.18 
 
 
750 aa  64.3  0.00000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00762022 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09550  putative cell wall binding protein  28.52 
 
 
331 aa  63.5  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0189396  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16000  putative cell wall binding protein  30.24 
 
 
316 aa  62.8  0.00000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000272933 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14530  glucan-binding domain-containing protein  25.17 
 
 
602 aa  60.5  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.259034 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14440  subtilase family protease  27.82 
 
 
817 aa  59.7  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16990  glucan-binding domain-containing protein  25.53 
 
 
342 aa  59.3  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0607  cell wall binding repeat-containing protein  25.74 
 
 
454 aa  57.4  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1534  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.3 
 
 
562 aa  57.4  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0577934  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1747  YG repeat-containing glycosyl hydrolase family 70 protein  22.85 
 
 
1527 aa  57  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3732  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.08 
 
 
338 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000534753  normal  0.117524 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0436  copper amine oxidase domain-containing protein  36.21 
 
 
471 aa  56.6  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0544  YG repeat-containing glycosyl hydrolase  21.35 
 
 
1475 aa  56.6  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3678  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.08 
 
 
338 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08300  glycosyl hydrolase family 25  31.89 
 
 
592 aa  56.2  0.000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.39526 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14470  putative cell wall binding protein  22.27 
 
 
512 aa  55.8  0.000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.437968  normal  0.444931 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0592  cell wall binding repeat-containing protein/mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  25.69 
 
 
891 aa  56.2  0.000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0288009  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2689  hypothetical protein  28.09 
 
 
212 aa  55.5  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0189  cell wall hydrolase/autolysin  38.82 
 
 
138 aa  55.8  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00357396  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06430  M6 family metalloprotease domain-containing protein  26.6 
 
 
811 aa  54.7  0.000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0919314 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2281  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.72 
 
 
253 aa  53.9  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0442752  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0664  cell wall hydrolase/autolysin  27.72 
 
 
339 aa  54.3  0.00001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0862  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.39 
 
 
619 aa  52.4  0.00003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00159133  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05950  glucan-binding domain-containing protein  23.03 
 
 
753 aa  53.1  0.00003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000330124  hitchhiker  0.0000000000107499 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1405  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.15 
 
 
659 aa  52.8  0.00003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.834523  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1077  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  34.09 
 
 
657 aa  52.4  0.00004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0200962 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0456  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.14 
 
 
659 aa  52.4  0.00004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000000189951  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39690  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.3 
 
 
382 aa  52.4  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.587198 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0232  cell wall hydrolase/autolysin  32.48 
 
 
641 aa  52  0.00005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.416726  normal  0.560186 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1285  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.43 
 
 
659 aa  51.6  0.00007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000000381718  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3123  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  40.24 
 
 
332 aa  51.2  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02530  glucan-binding domain-containing protein  27.88 
 
 
377 aa  50.4  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.459016  normal  0.0379723 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0620  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30 
 
 
646 aa  49.7  0.0002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3124  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  34.78 
 
 
471 aa  50.4  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0129818  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3187  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.34 
 
 
474 aa  49.7  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0462523  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0776  cell wall hydrolase/autolysin  26.82 
 
 
236 aa  50.1  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4298  copper amine oxidase domain protein  27.07 
 
 
452 aa  50.1  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0700285  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06811  cell wall hydrolase/autolysin  37.8 
 
 
364 aa  50.1  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.197381  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3345  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.37 
 
 
448 aa  49.3  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1322  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.8 
 
 
364 aa  48.9  0.0004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.779123  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18640  calcineurin-like phosphoesterase  27.87 
 
 
1732 aa  48.9  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.993356 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0585  N-acetylmuramoyl-l-alanine amidase II  36.08 
 
 
382 aa  48.9  0.0005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.726468  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2589  cell wall hydrolase/autolysin  30.41 
 
 
188 aa  48.1  0.0007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1465  cell wall hydrolase/autolysin  33.33 
 
 
627 aa  48.1  0.0007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000155726  normal  0.0455493 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15510  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  40.24 
 
 
746 aa  48.1  0.0007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0430  cell wall hydrolase/autolysin  32.26 
 
 
253 aa  47.8  0.0008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2027  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.48 
 
 
279 aa  47  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2890  cell wall hydrolase/autolysin  26.9 
 
 
262 aa  47.4  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00534864  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0645  cell wall hydrolase/autolysin  29.03 
 
 
227 aa  47.8  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0894  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  34.88 
 
 
472 aa  47.8  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5657  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  34.04 
 
 
390 aa  47  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0722  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.25 
 
 
469 aa  47.4  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.033556  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7088  cell wall hydrolase/autolysin  28.46 
 
 
379 aa  47.4  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5403  cell wall hydrolase/autolysin  29.03 
 
 
383 aa  46.6  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1272  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.93 
 
 
242 aa  46.2  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000305091 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0864  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.06 
 
 
476 aa  45.8  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.721049  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0486  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain-containing protein  32.56 
 
 
491 aa  46.2  0.003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0595  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  27.49 
 
 
350 aa  46.2  0.003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0114709  normal  0.325418 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0040  hypothetical protein  29.71 
 
 
203 aa  45.8  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0039  hypothetical protein  29.71 
 
 
201 aa  45.8  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0729  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.65 
 
 
484 aa  45.8  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1644  copper amine oxidase domain-containing protein  34.95 
 
 
446 aa  45.8  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5584  cell wall binding repeat-containing protein  24.72 
 
 
737 aa  45.4  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0812  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36.9 
 
 
406 aa  45.4  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2528  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32 
 
 
410 aa  45.1  0.006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000564272  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1278  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.56 
 
 
427 aa  45.1  0.006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0986256  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2268  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32 
 
 
410 aa  45.1  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000138501  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2310  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32 
 
 
410 aa  45.1  0.006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.2191900000000004e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2351  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32 
 
 
410 aa  45.1  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000872091  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2543  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, family 3  32 
 
 
410 aa  45.1  0.007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.7515e-61 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4538  cell wall hydrolase/autolysin  33.33 
 
 
438 aa  44.3  0.009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0757  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  29.56 
 
 
324 aa  44.3  0.009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>