172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0676 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0676  Radical SAM domain protein  100 
 
 
621 aa  1295    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00732227  normal  0.444552 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14180  Fe-S oxidoreductase  49.75 
 
 
626 aa  616  1e-175  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06130  Fe-S oxidoreductase  49.36 
 
 
626 aa  610  1e-173  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000171239 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1263  Radical SAM domain protein  49.68 
 
 
681 aa  591  1e-167  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0245777  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4341  Radical SAM domain protein  43 
 
 
618 aa  524  1e-147  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.898209  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14150  Radical SAM domain protein  42.28 
 
 
626 aa  521  1e-146  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000319843  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0554  radical SAM family protein  46.17 
 
 
626 aa  518  1.0000000000000001e-145  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0525  Radical SAM domain protein  40.46 
 
 
657 aa  518  1.0000000000000001e-145  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.268937  normal  0.0105227 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2538  radical SAM domain-containing protein  41.92 
 
 
624 aa  505  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00569062  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1317  Radical SAM domain protein  41.6 
 
 
614 aa  505  9.999999999999999e-143  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0158  radical SAM domain-containing protein  41.92 
 
 
599 aa  505  1e-141  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.172348  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0156  radical SAM domain-containing protein  41.92 
 
 
599 aa  505  1e-141  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0141  Radical SAM domain protein  42.69 
 
 
828 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1946  Radical SAM domain protein  42.55 
 
 
619 aa  491  1e-137  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0470  Radical SAM domain protein  43.38 
 
 
828 aa  489  1e-137  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2123  radical SAM domain-containing protein  41.89 
 
 
617 aa  484  1e-135  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0450793  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0158  Radical SAM domain protein  42.16 
 
 
828 aa  482  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1616  hypothetical protein  39.61 
 
 
638 aa  479  1e-134  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0156  radical SAM family protein  40.54 
 
 
613 aa  481  1e-134  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3784  Protein of unknown function DUF2344  42.5 
 
 
971 aa  479  1e-134  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.539179  normal  0.106507 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3328  Radical SAM domain protein  39.48 
 
 
633 aa  478  1e-133  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00435818  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1511  Radical SAM domain protein  40.17 
 
 
627 aa  478  1e-133  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1374  radical SAM domain-containing protein  40.8 
 
 
610 aa  475  1e-132  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0300  radical SAM domain-containing protein  41.11 
 
 
842 aa  474  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000298698  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1455  radical SAM domain-containing protein  42.24 
 
 
619 aa  474  1e-132  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1629  radical SAM domain-containing protein  39.58 
 
 
611 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1176  Radical SAM domain protein  41.09 
 
 
655 aa  469  1.0000000000000001e-131  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0351  radical SAM domain-containing protein  39.9 
 
 
826 aa  467  9.999999999999999e-131  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.247056  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2565  radical SAM domain-containing protein  38 
 
 
628 aa  468  9.999999999999999e-131  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2463  radical SAM domain-containing protein  41.22 
 
 
640 aa  465  1e-129  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.123021 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0753  radical SAM domain-containing protein  39.65 
 
 
654 aa  463  1e-129  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7274  Fe-S oxidoreductase  40.03 
 
 
636 aa  464  1e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.867612  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0097  radical SAM domain-containing protein  41.43 
 
 
817 aa  462  1e-129  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1202  Radical SAM domain protein  40.74 
 
 
600 aa  465  1e-129  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3191  radical SAM family protein  40.75 
 
 
842 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0845541  hitchhiker  0.0000000000326362 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3240  radical SAM domain-containing protein  42.06 
 
 
812 aa  456  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.47861  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5483  Radical SAM domain-containing protein  40.13 
 
 
653 aa  458  1e-127  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3484  radical SAM domain-containing protein  41.33 
 
 
663 aa  456  1e-127  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1544  Radical SAM domain protein  39.49 
 
 
640 aa  457  1e-127  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0496911  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3863  radical SAM domain-containing protein  41.49 
 
 
661 aa  457  1e-127  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.721561  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2585  Fe-S oxidoreductase  41.64 
 
 
836 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00679393  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2131  Radical SAM domain protein  37.82 
 
 
613 aa  449  1e-125  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2185  Elongator protein 3/MiaB/NifB  39.34 
 
 
644 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.972123  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2388  radical SAM domain-containing protein  38.03 
 
 
617 aa  447  1.0000000000000001e-124  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.938561  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2100  radical SAM domain-containing protein  38.03 
 
 
617 aa  447  1.0000000000000001e-124  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.232765  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3459  radical SAM domain-containing protein  38.97 
 
 
663 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.525782  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1585  Radical SAM domain protein  39.52 
 
 
642 aa  442  1e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.458582  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0731  Radical SAM domain protein  39.64 
 
 
898 aa  445  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0737  radical SAM domain-containing protein  38.95 
 
 
897 aa  444  1e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5264  radical SAM domain-containing protein  39.29 
 
 
677 aa  445  1e-123  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.187686 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0730  Radical SAM domain protein  39.64 
 
 
898 aa  445  1e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0695  radical SAM family protein  39.71 
 
 
898 aa  439  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.609463  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1216  radical SAM family protein  38.24 
 
 
679 aa  440  9.999999999999999e-123  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.837024  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3383  Radical SAM domain protein  38.82 
 
 
645 aa  440  9.999999999999999e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.660882  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0387  Radical SAM domain protein  38.92 
 
 
860 aa  438  1e-121  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0978  radical SAM domain-containing protein  39.16 
 
 
600 aa  437  1e-121  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1280  radical SAM family protein  37.64 
 
 
879 aa  432  1e-119  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00695626  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0662  Radical SAM domain protein  38.06 
 
 
856 aa  426  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2030  Elongator protein 3/MiaB/NifB  38.19 
 
 
894 aa  422  1e-117  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1644  radical SAM domain-containing protein  40.4 
 
 
864 aa  422  1e-117  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0682  Radical SAM domain protein  38.06 
 
 
857 aa  425  1e-117  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.877734 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0312  Elongator protein 3/MiaB/NifB  38.4 
 
 
887 aa  422  1e-116  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0485  radical SAM family protein  37.72 
 
 
910 aa  421  1e-116  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.363594  normal  0.576766 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7280  Radical SAM domain protein  37.06 
 
 
645 aa  422  1e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16231  Fe-S oxidoreductase  37.46 
 
 
882 aa  421  1e-116  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0877  Elongator protein 3/MiaB/NifB  37.74 
 
 
872 aa  416  9.999999999999999e-116  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00856877 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0512  Radical SAM domain protein  38.28 
 
 
852 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00242025  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0179  radical SAM domain-containing protein  35.41 
 
 
591 aa  419  9.999999999999999e-116  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.11642  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0267  Radical SAM domain protein  37.04 
 
 
874 aa  414  1e-114  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148371  decreased coverage  0.00763103 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1025  Radical SAM domain protein  38.03 
 
 
922 aa  412  1e-114  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0239  Beta tubulin, autoregulation binding site  37.86 
 
 
897 aa  410  1e-113  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0547979 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0670  hypothetical protein  36.84 
 
 
898 aa  411  1e-113  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1610  radical SAM domain-containing protein  36.93 
 
 
849 aa  408  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1701  Elongator protein 3/MiaB/NifB  37.52 
 
 
860 aa  402  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2192  Protein of unknown function DUF2344  38.06 
 
 
842 aa  396  1e-109  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1233  Radical SAM domain protein  35.76 
 
 
597 aa  395  1e-108  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1639  Radical SAM domain protein  32.99 
 
 
803 aa  372  1e-101  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3698  Radical SAM domain protein  32.89 
 
 
589 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.360742  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3781  Radical SAM domain protein  32.73 
 
 
589 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3475  radical SAM domain-containing protein  33.17 
 
 
613 aa  286  1.0000000000000001e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00430694  normal  0.324644 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3640  radical SAM family protein  32.54 
 
 
589 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3766  radical SAM domain-containing protein  31.97 
 
 
593 aa  273  5.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3062  radical SAM domain-containing protein  32.01 
 
 
563 aa  270  5.9999999999999995e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.477497  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3961  radical SAM domain-containing protein  31.47 
 
 
566 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000506678  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0327  radical SAM domain-containing protein  30.8 
 
 
544 aa  259  1e-67  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00004315  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0418  radical SAM family protein  31.49 
 
 
557 aa  257  5e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_288  radical SAM domain protein  30.27 
 
 
559 aa  255  2.0000000000000002e-66  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000164247  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2195  Fe-S oxidoreductase  31.83 
 
 
573 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.113281  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3282  radical SAM domain-containing protein  33.56 
 
 
563 aa  253  7e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0422762  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0348  radical SAM domain-containing protein  30.8 
 
 
544 aa  250  5e-65  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000123778  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0560  Radical SAM domain protein  29.83 
 
 
557 aa  243  6e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.12594e-30 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0548  Radical SAM domain protein  29.53 
 
 
557 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.011862  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0662  Radical SAM domain protein  30.23 
 
 
545 aa  231  2e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0764321  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1241  Radical SAM domain protein  28.79 
 
 
551 aa  222  9.999999999999999e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0874851  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18361  Fe-S oxidoreductase  30.28 
 
 
513 aa  218  2e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30001  Fe-S oxidoreductase  28.88 
 
 
532 aa  216  9.999999999999999e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.601707 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2298  Elongator protein 3/MiaB/NifB  32.47 
 
 
465 aa  206  7e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.217918  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2669  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.95 
 
 
528 aa  204  6e-51  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0247408  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1159  radical SAM family protein  28.81 
 
 
510 aa  196  8.000000000000001e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.044499  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0586  radical SAM family protein  30.04 
 
 
544 aa  186  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>