More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0546 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0546  integrase family protein  100 
 
 		 403 aa  844    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.849888  hitchhiker  0.000145945 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0926  integrase family protein  27.65 
 
 		 438 aa  107  3e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0476  integrase family protein  26.53 
 
 		 371 aa  95.5  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  29.82 
 
 		 391 aa  95.1  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0820  integrase family protein  26.78 
 
 		 378 aa  94.7  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  27.13 
 
 		 370 aa  94  4e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14150  site-specific recombinase XerD  22.36 
 
 		 451 aa  91.7  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  25.07 
 
 		 369 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  26.64 
 
 		 391 aa  92  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  26.28 
 
 		 378 aa  89.7  9e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  25.79 
 
 		 373 aa  89.4  9e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  26.57 
 
 		 400 aa  88.6  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  28.67 
 
 		 414 aa  89  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0512  phage integrase  26.69 
 
 		 506 aa  88.6  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000591844  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0883  phage integrase family site specific recombinase  23.4 
 
 		 435 aa  85.5  0.000000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0113166  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0493  phage integrase family protein  26.84 
 
 		 383 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000132895  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2267  phage integrase  26.64 
 
 		 392 aa  85.1  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000397895  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0415  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  24.52 
 
 		 374 aa  82  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0427  prophage lambdaba04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  24.52 
 
 		 374 aa  82  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  24.92 
 
 		 370 aa  82  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  27.34 
 
 		 379 aa  81.6  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  23.49 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  27.05 
 
 		 312 aa  80.9  0.00000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  29.03 
 
 		 404 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08320  site-specific recombinase XerD  24.51 
 
 		 460 aa  78.6  0.0000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.113738 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4536  integrase family protein  26.25 
 
 		 409 aa  77.4  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  24.38 
 
 		 402 aa  77.4  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1885  prophage LambdaSa2, site-specific recombinase phage integrase family protein  21.35 
 
 		 356 aa  77  0.0000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  26.12 
 
 		 477 aa  77  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3461  phage integrase  24.48 
 
 		 381 aa  77  0.0000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1422  phage integrase  26.27 
 
 		 442 aa  77  0.0000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1440  phage integrase family protein  26.27 
 
 		 393 aa  77  0.0000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2777  integrase family protein  24.84 
 
 		 387 aa  76.6  0.0000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.684948  normal  0.708845 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1698  integrase family protein  23.75 
 
 		 314 aa  76.3  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  23.75 
 
 		 390 aa  75.5  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1100  phage integrase family protein  24.62 
 
 		 383 aa  75.1  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3468  integrase family protein  24.35 
 
 		 381 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  23.49 
 
 		 369 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2923  phage integrase  27.34 
 
 		 379 aa  74.3  0.000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2967  phage integrase family protein  27.34 
 
 		 379 aa  74.3  0.000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1849  integrase family protein  26.21 
 
 		 413 aa  73.9  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  26.1 
 
 		 389 aa  73.9  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  24.85 
 
 		 453 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  25.85 
 
 		 377 aa  73.6  0.000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  24.76 
 
 		 304 aa  73.2  0.000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0098  integrase family protein  24.92 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4851  integrase family protein  26.21 
 
 		 294 aa  72.4  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  27.36 
 
 		 377 aa  72.8  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  25.74 
 
 		 325 aa  72.4  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0846  phage integrase family protein  25.53 
 
 		 368 aa  72  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  23.78 
 
 		 309 aa  71.6  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  28.32 
 
 		 365 aa  71.6  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  22.89 
 
 		 363 aa  71.2  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  24.76 
 
 		 294 aa  71.2  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.4 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0926  phage integrase family site specific recombinase  24.3 
 
 		 354 aa  70.9  0.00000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000719898  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2020  LigA  26.32 
 
 		 397 aa  70.5  0.00000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.389387  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  23.81 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0018  phage integrase family protein  23.58 
 
 		 388 aa  70.5  0.00000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0173  tyrosine recombinase XerD  22.98 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.861385  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  23.77 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  24.55 
 
 		 327 aa  69.7  0.00000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2783  phage integrase family protein  27.27 
 
 		 367 aa  69.7  0.00000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00148084  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1189  integrase family protein  22.67 
 
 		 297 aa  68.9  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203109  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  23.47 
 
 		 383 aa  69.3  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1419  integrase family protein  25.67 
 
 		 390 aa  68.9  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.447287  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2616  integron integrase  25.32 
 
 		 468 aa  69.3  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2467  bifunctional hypothetical protein/integrase  26.37 
 
 		 457 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  25.7 
 
 		 305 aa  68.9  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3508  integrase family protein  24.92 
 
 		 443 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  24.5 
 
 		 282 aa  68.9  0.0000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  24.56 
 
 		 431 aa  68.2  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.48 
 
 		 294 aa  68.2  0.0000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1474  phage integrase family site specific recombinase  26.86 
 
 		 386 aa  67.8  0.0000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0051357  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  23.18 
 
 		 401 aa  67.8  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  24.68 
 
 		 319 aa  66.6  0.0000000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.41 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.41 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1344  integrase family protein  24.09 
 
 		 292 aa  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000678444  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0800  phage integrase family protein  24.92 
 
 		 356 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.501928  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0877  phage integrase family protein  24.92 
 
 		 356 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.41 
 
 		 300 aa  66.2  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  26.79 
 
 		 398 aa  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1574  integrase family protein  27.49 
 
 		 385 aa  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00294023  normal  0.46427 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.3 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.37 
 
 		 296 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.3 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1133  phage integrase  27.36 
 
 		 454 aa  65.5  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00289406  hitchhiker  0.000832848 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4828  phage integrase  26.82 
 
 		 433 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.281268  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4726  integrase family protein  26.06 
 
 		 404 aa  65.5  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.981437  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2889  lambda integrase  25.25 
 
 		 356 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00939202  normal  0.0727877 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  24.87 
 
 		 367 aa  64.7  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  22.46 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.04 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.04 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  24.76 
 
 		 292 aa  64.3  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.04 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.04 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  25.08 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  24.23 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>