More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0383 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0383  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 
260 aa  512  1e-144  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1106  small-conductance mechanosensitive channel  39.48 
 
 
265 aa  167  1e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19990  small-conductance mechanosensitive channel  33.61 
 
 
264 aa  122  6e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2569  MscS Mechanosensitive ion channel  38.96 
 
 
321 aa  122  8e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08200  small-conductance mechanosensitive channel  34.47 
 
 
257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.335106 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1124  MscS Mechanosensitive ion channel  28.3 
 
 
345 aa  83.6  0.000000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.745547  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1153  MscS Mechanosensitive ion channel  28.16 
 
 
352 aa  79.7  0.00000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2357  hypothetical protein  33.15 
 
 
348 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.116724  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0617  MscS mechanosensitive ion channel  26.6 
 
 
338 aa  72.8  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210835  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  24.42 
 
 
275 aa  72.4  0.000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  31.06 
 
 
479 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  24.42 
 
 
275 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  27.65 
 
 
283 aa  71.2  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  23.96 
 
 
275 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  23.96 
 
 
275 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1066  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 
261 aa  68.6  0.00000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  26.29 
 
 
262 aa  68.6  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  27.88 
 
 
547 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  29.31 
 
 
435 aa  67  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2295  mechanosensitive ion channel family protein  24.35 
 
 
289 aa  65.9  0.0000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  27.32 
 
 
1111 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  22.59 
 
 
330 aa  65.1  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2985  hypothetical protein  27.49 
 
 
351 aa  63.9  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0299284  normal  0.0305677 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0226  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  34.75 
 
 
473 aa  63.9  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.512445  normal  0.203081 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1895  MscS Mechanosensitive ion channel  37.38 
 
 
348 aa  64.3  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000167428  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  25.82 
 
 
275 aa  64.3  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2771  MscS Mechanosensitive ion channel  26.32 
 
 
296 aa  64.3  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  22.37 
 
 
275 aa  64.3  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  25.9 
 
 
544 aa  64.3  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1770  MscS mechanosensitive ion channel  28.93 
 
 
406 aa  63.2  0.000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2829  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 
294 aa  63.2  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 
533 aa  62.8  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  26.97 
 
 
288 aa  62.8  0.000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  24.39 
 
 
547 aa  62.8  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2396  MscS mechanosensitive ion channel  32 
 
 
283 aa  62.8  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000120764  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2519  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  23.98 
 
 
492 aa  62.8  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.806579  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1916  MscS mechanosensitive ion channel  30.86 
 
 
308 aa  62.8  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.944422 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03115  MscS Mechanosensitive ion channel  29.94 
 
 
378 aa  62.8  0.000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2775  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  23.98 
 
 
493 aa  62.8  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  27.36 
 
 
274 aa  62.8  0.000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2981  hypothetical protein  36.11 
 
 
298 aa  62.4  0.000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0759175  normal  0.0858863 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1446  MscS mechanosensitive ion channel  28.1 
 
 
648 aa  62.4  0.000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.770596  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0407  MscS mechanosensitive ion channel  30.43 
 
 
315 aa  62.4  0.000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.323817  normal  0.0164618 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2128  MscS mechanosensitive ion channel  26.1 
 
 
270 aa  62  0.000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  23.64 
 
 
538 aa  62  0.000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  26.32 
 
 
275 aa  62  0.000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  25.42 
 
 
362 aa  61.6  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  26.9 
 
 
275 aa  61.6  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3071  hypothetical protein  25 
 
 
366 aa  61.6  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.962312  normal  0.378174 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5759  potassium efflux protein KefA  31.97 
 
 
1118 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.738971  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0015  MscS mechanosensitive ion channel  27.57 
 
 
287 aa  61.6  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  24.77 
 
 
274 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  23.2 
 
 
356 aa  61.6  0.00000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66400  potassium efflux protein KefA  31.97 
 
 
1118 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1188  MscS mechanosensitive ion channel  23.91 
 
 
267 aa  61.2  0.00000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.765639  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  30.92 
 
 
304 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6057  MscS Mechanosensitive ion channel  29.89 
 
 
779 aa  60.8  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0571  MscS Mechanosensitive ion channel  25.65 
 
 
260 aa  61.2  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000639441  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  25.23 
 
 
283 aa  60.8  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  23.74 
 
 
328 aa  61.2  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  28.66 
 
 
275 aa  61.2  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1460  MscS mechanosensitive ion channel  28.05 
 
 
493 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4090  MscS mechanosensitive ion channel  27.23 
 
 
349 aa  60.8  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6368  MscS mechanosensitive ion channel  28.05 
 
 
493 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  22.22 
 
 
274 aa  61.2  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1178  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.47 
 
 
505 aa  60.1  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.811879  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  27.7 
 
 
532 aa  60.1  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2780  hypothetical protein  32.62 
 
 
301 aa  60.5  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.188886  normal  0.0383383 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0108  MscS mechanosensitive ion channel  29.08 
 
 
304 aa  60.1  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0014  MscS Mechanosensitive ion channel  24.78 
 
 
289 aa  60.5  0.00000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  27.06 
 
 
359 aa  60.5  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  25.15 
 
 
275 aa  60.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  25.15 
 
 
275 aa  60.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0970  small-conductance mechanosensitive ion channel  27.45 
 
 
650 aa  60.1  0.00000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371389 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12461  transmembrane protein  29.17 
 
 
481 aa  60.1  0.00000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  29.24 
 
 
393 aa  59.7  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3375  MscS mechanosensitive ion channel  20 
 
 
302 aa  59.7  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.190462  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  23.96 
 
 
274 aa  59.3  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5330  mechanosensitive ion channel family protein  25.64 
 
 
293 aa  59.3  0.00000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.368223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5158  mechanosensitive ion channel family protein  25.64 
 
 
293 aa  59.3  0.00000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5664  mechanosensitive ion channel family protein  25.64 
 
 
293 aa  59.3  0.00000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.11477  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5726  mechanosensitive ion channel family protein  25.64 
 
 
293 aa  59.3  0.00000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0727395  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  27.45 
 
 
795 aa  59.7  0.00000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0691  MscS Mechanosensitive ion channel  28.87 
 
 
362 aa  59.7  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1534  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.71 
 
 
501 aa  59.7  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231252  normal  0.283254 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5587  mechanosensitive ion channel family protein  25.64 
 
 
293 aa  59.3  0.00000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000187397 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5024  potassium efflux system protein KefA, putative  23.67 
 
 
1134 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5174  mechanosensitive ion channel family protein  25.64 
 
 
293 aa  59.3  0.00000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2054  MscS Mechanosensitive ion channel  26.34 
 
 
350 aa  59.3  0.00000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.553207  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3756  hypothetical protein  29.66 
 
 
1107 aa  59.3  0.00000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  27.03 
 
 
563 aa  59.3  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  27.61 
 
 
286 aa  58.9  0.00000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7035  MscS mechanosensitive ion channel  27.38 
 
 
493 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.666416  normal  0.218312 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  27.61 
 
 
286 aa  58.9  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  28.24 
 
 
293 aa  59.3  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  27.61 
 
 
286 aa  58.9  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  27.61 
 
 
286 aa  58.9  0.00000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  26.98 
 
 
276 aa  58.9  0.00000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  24.7 
 
 
551 aa  58.9  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  24.7 
 
 
551 aa  58.9  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>