More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0240 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0240  peptidase  100 
 
 
460 aa  956    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.0000000787577  normal  0.24947 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2652  M20/DapE family protein YgeY  67.51 
 
 
443 aa  603  1.0000000000000001e-171  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1663  M20/DapE family protein YgeY  65.98 
 
 
436 aa  602  1.0000000000000001e-171  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1432  peptidase  66.36 
 
 
445 aa  599  1e-170  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0424  M20/DapE family protein YgeY  58.94 
 
 
413 aa  522  1e-147  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02705  hypothetical protein  57.74 
 
 
403 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0820  M20/DapE family protein YgeY  57.74 
 
 
403 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0836  peptidase  57.74 
 
 
403 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3005  peptidase  57.74 
 
 
403 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3032  peptidase  57.74 
 
 
403 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3197  peptidase  57.97 
 
 
403 aa  494  9.999999999999999e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02667  hypothetical protein  57.74 
 
 
402 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4162  peptidase  57.74 
 
 
403 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1729  peptidase  53.79 
 
 
400 aa  473  1e-132  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0117  peptidase  46.06 
 
 
401 aa  372  1e-101  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1646  peptidase  37.92 
 
 
401 aa  277  3e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.017723 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0710  peptidase  27.27 
 
 
394 aa  154  2.9999999999999998e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00268178  normal  0.0281992 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1500  peptidase  30.42 
 
 
394 aa  154  4e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4537  peptidase  29.68 
 
 
386 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.468696  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0260  peptidase  30.67 
 
 
394 aa  149  7e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1267  peptidase  29.27 
 
 
394 aa  146  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0255  peptidase M20  28.19 
 
 
402 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2961  peptidase  28.02 
 
 
395 aa  132  9e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2374  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.88 
 
 
410 aa  98.6  2e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.428442  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2064  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.12 
 
 
407 aa  97.1  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2101  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.12 
 
 
407 aa  97.1  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.239154  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2364  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.72 
 
 
405 aa  92.4  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0190  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.41 
 
 
381 aa  89  2e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3020  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.64 
 
 
431 aa  85.9  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.425319 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2118  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  26.62 
 
 
422 aa  85.9  0.000000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1854  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.2 
 
 
396 aa  84.7  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000102296  normal  0.0130262 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2253  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.67 
 
 
414 aa  84.3  0.000000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3625  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  32.93 
 
 
417 aa  79.7  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.209482  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2405  acetylornithine deacetylase  22.63 
 
 
422 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.741155  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0030  acetylornithine deacetylase  25 
 
 
446 aa  79  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1685  acetylornithine deacetylase  22.53 
 
 
422 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.56308  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2580  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  24.84 
 
 
357 aa  78.2  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2331  acetylornithine deacetylase  22.63 
 
 
422 aa  77.8  0.0000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.055832  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0363  acetylornithine deacetylase  29.91 
 
 
387 aa  77.8  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.65739  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1104  acetylornithine deacetylase  23.96 
 
 
391 aa  77  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.681147 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3894  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25 
 
 
433 aa  76.6  0.0000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01583  acetylornithine deacetylase, hypothetical (Eurofung)  27.86 
 
 
393 aa  75.9  0.000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0352078 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0019  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.96 
 
 
428 aa  75.9  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.191094  hitchhiker  0.000354462 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2076  acetylornithine deacetylase  22.3 
 
 
422 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.21 
 
 
387 aa  75.1  0.000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0027  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  29.77 
 
 
355 aa  75.1  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0783  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.7 
 
 
435 aa  75.1  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2278  acetylornithine deacetylase  21.3 
 
 
422 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2142  acetylornithine deacetylase  22.53 
 
 
422 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0818142  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2080  acetylornithine deacetylase  22.53 
 
 
422 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2297  acetylornithine deacetylase  22.53 
 
 
422 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0233  peptidase M20  24.03 
 
 
420 aa  74.3  0.000000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.571831  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4522  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.43 
 
 
428 aa  74.7  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.61 
 
 
398 aa  74.3  0.000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  23.47 
 
 
368 aa  73.9  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0475  acetylornithine deacetylase  24.45 
 
 
424 aa  73.9  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4443  acetylornithine deacetylase  24.57 
 
 
383 aa  73.9  0.000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0410  acetylornithine deacetylase  24.73 
 
 
424 aa  73.9  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2322  acetylornithine deacetylase  22.53 
 
 
422 aa  73.9  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.11 
 
 
385 aa  73.6  0.000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4059  acetylornithine deacetylase  25.12 
 
 
383 aa  73.2  0.000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4029  acetylornithine deacetylase (ArgE)  25.12 
 
 
383 aa  73.2  0.000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03842  acetylornithine deacetylase  25.12 
 
 
383 aa  73.2  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0467  acetylornithine deacetylase  24.18 
 
 
426 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4496  acetylornithine deacetylase  25.12 
 
 
383 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.815882  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0493  acetylornithine deacetylase  24.18 
 
 
426 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.53 
 
 
381 aa  72.8  0.00000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03791  hypothetical protein  25.12 
 
 
383 aa  73.2  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.4 
 
 
395 aa  72.8  0.00000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4191  acetylornithine deacetylase  25.12 
 
 
383 aa  73.2  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0406  acetylornithine deacetylase  24.45 
 
 
424 aa  72.4  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0420  putative acetylornithine deacetylase  22.13 
 
 
382 aa  72.4  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.879042  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0548  acetylornithine deacetylase  24.18 
 
 
424 aa  72  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000707223  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3269  acetylornithine deacetylase  22.79 
 
 
382 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0376318 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.24 
 
 
375 aa  72.4  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5417  acetylornithine deacetylase  25.12 
 
 
383 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4285  acetylornithine deacetylase  26.64 
 
 
432 aa  72.4  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0115964 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2432  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.76 
 
 
395 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.402388  normal  0.522542 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2115  acetylornithine deacetylase  23.11 
 
 
422 aa  71.6  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.496864  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1477  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.2 
 
 
399 aa  71.6  0.00000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.81 
 
 
387 aa  71.2  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0548  acetylornithine deacetylase  24.45 
 
 
424 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.166552  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4616  peptidase M20  24.93 
 
 
378 aa  71.2  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.75 
 
 
399 aa  70.9  0.00000000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4361  acetylornithine deacetylase  24.44 
 
 
383 aa  70.9  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4451  acetylornithine deacetylase  24.38 
 
 
383 aa  70.9  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.600923  hitchhiker  0.000712813 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4448  acetylornithine deacetylase  24.38 
 
 
383 aa  70.9  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000227619 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4404  acetylornithine deacetylase  24.88 
 
 
383 aa  70.5  0.00000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.268381 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4330  acetylornithine deacetylase  24.38 
 
 
383 aa  70.9  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.19698  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4525  acetylornithine deacetylase  24.38 
 
 
383 aa  70.9  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000031235 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0255  acetylornithine deacetylase  28.95 
 
 
383 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1445  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.44 
 
 
365 aa  70.5  0.00000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0181667  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0497  acetylornithine deacetylase  23.14 
 
 
424 aa  70.5  0.00000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00375868  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3045  acetylornithine deacetylase  21.3 
 
 
422 aa  70.5  0.00000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3558  acetylornithine deacetylase  28.96 
 
 
387 aa  70.5  0.00000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0709  diaminopimelate aminotransferase  31.41 
 
 
415 aa  70.1  0.00000000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.123026  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2425  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.74 
 
 
433 aa  70.1  0.00000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002311  acetylornithine deacetylase  28.43 
 
 
378 aa  70.1  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1762  acetylornithine deacetylase  27.62 
 
 
411 aa  70.1  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8178  peptidase M20  23.84 
 
 
373 aa  69.7  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>