48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0193 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0193  SMC domain protein  100 
 
 		 895 aa  1813    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.711323  normal  0.0164189 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1540  SMC domain-containing protein  25.94 
 
 		 943 aa  228  4e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.719038 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3605  SMC domain-containing protein  25.61 
 
 		 955 aa  221  6e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.637524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2629  phosphotransferase domain-containing protein  23.71 
 
 		 929 aa  202  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.525375  normal  0.100409 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1607  SMC domain-containing protein  21.57 
 
 		 909 aa  162  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3230  hypothetical protein  22.22 
 
 		 896 aa  145  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1734  SMC domain-containing protein  21.3 
 
 		 906 aa  145  4e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195763 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1286  hypothetical protein  26.39 
 
 		 633 aa  139  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.25486  normal  0.139744 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2715  hypothetical protein  24.89 
 
 		 633 aa  138  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.320753  hitchhiker  0.00854437 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1358  hypothetical protein  25.04 
 
 		 633 aa  138  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.019808  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1891  hypothetical protein  23.08 
 
 		 877 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1611  putative DNA repair ATPase  25.79 
 
 		 966 aa  121  4.9999999999999996e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.230196  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3009  phosphotransferase domain-containing protein  47.48 
 
 		 931 aa  121  6e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3041  ABC transporter  43.9 
 
 		 1028 aa  103  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.905111  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5033  PHP-like  38.1 
 
 		 894 aa  102  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2794  hypothetical protein  46.28 
 
 		 894 aa  101  5e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3193  PHP domain protein  46.28 
 
 		 894 aa  101  5e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5854  ABC transporter  42.28 
 
 		 1028 aa  98.6  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2865  hypothetical protein  44.54 
 
 		 883 aa  98.6  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.151414  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1493  SMC domain protein  44.72 
 
 		 892 aa  95.9  3e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0840  hypothetical protein  40.31 
 
 		 937 aa  95.9  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0968  hypothetical protein  40.31 
 
 		 916 aa  95.5  4e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.386021 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1737  hypothetical protein  40.56 
 
 		 617 aa  94.4  8e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0183917  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2527  hypothetical protein  40 
 
 		 889 aa  94.4  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000761316 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1108  hypothetical protein  42.98 
 
 		 853 aa  92.8  2e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0667  DNA repair ATPase  40.91 
 
 		 888 aa  92.4  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12740  hypothetical protein  31.21 
 
 		 938 aa  90.5  1e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00274818  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2437  hypothetical protein  39.39 
 
 		 428 aa  90.1  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.920457  normal  0.504331 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03553  RecF/RecN/SMC N terminal domain protein  38.17 
 
 		 884 aa  90.5  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.262366  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4740  hypothetical protein  39.57 
 
 		 972 aa  86.7  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.462121  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1048  SMC domain-containing protein  41.09 
 
 		 995 aa  85.9  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0215906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0676  DNA repair ATPase  39.37 
 
 		 897 aa  85.9  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2772  hypothetical protein  35.17 
 
 		 992 aa  80.1  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1748  SMC domain protein  35.16 
 
 		 1011 aa  77.4  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.259166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4550  hypothetical protein  36.05 
 
 		 990 aa  73.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5978  hypothetical protein  33.91 
 
 		 145 aa  71.6  0.00000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.484158 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5575  hypothetical protein  33.91 
 
 		 145 aa  71.6  0.00000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.315867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1391  putative transcriptional regulator  23.99 
 
 		 586 aa  64.7  0.000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1243  hypothetical protein  23.8 
 
 		 743 aa  55.5  0.000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1641  AAA-4 family protein  26.21 
 
 		 773 aa  50.1  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.49775  hitchhiker  0.0026953 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1312  AAA-4 family protein  26.21 
 
 		 774 aa  50.1  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.201459  normal  0.370509 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1922  SMC domain protein  30.39 
 
 		 987 aa  49.3  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.664102 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1646  AAA-4 family protein  26.45 
 
 		 770 aa  48.1  0.0007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2301  SMC domain protein  31.37 
 
 		 987 aa  48.1  0.0008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4076  phosphotransferase domain-containing protein  30.59 
 
 		 486 aa  47  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4332  AAA-4 family protein  22.46 
 
 		 777 aa  47  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20030  PHP domain protein  33.68 
 
 		 225 aa  45.1  0.006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000845189  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29255  predicted protein  31.11 
 
 		 1076 aa  44.7  0.009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.170598  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>