33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_R0065 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_R0065  tRNA-Leu  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26000  tRNA-Leu  98.68 
 
 
77 bp  143  7e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.905057  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0030  tRNA-Leu  92.11 
 
 
77 bp  103  6e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0037  tRNA-Leu  92.11 
 
 
77 bp  103  6e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0045  tRNA-Leu  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.687091  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0021  tRNA-Leu  89.47 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.729183  normal  0.627845 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0050  tRNA-Leu  88.16 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.858981  normal  0.692248 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0040  tRNA-Leu  90.32 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14017  tRNA-Leu  90.32 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.285332  normal  0.0623737 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0037  tRNA-Leu  86.84 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000292769  hitchhiker  0.000542598 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0016  tRNA-Leu  86.84 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.442827  normal  0.0561514 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0043  tRNA-Leu  88.71 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.217988  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0025  tRNA-Leu  88.71 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0045  tRNA-Leu  88.71 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.760508 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0040  tRNA-Leu  88.71 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14020  tRNA-Leu  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.579057 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0059  tRNA-Leu  86.84 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.495199  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0041  tRNA-Leu  86.76 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07920  tRNA-Leu  85.53 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0780487  normal  0.280122 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0011  tRNA-Leu  87.3 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00310588  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0024  tRNA-Leu  93.02 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.304311  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0046  tRNA-Leu  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.745536  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32170  tRNA-Leu  92.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.933066  normal  0.161534 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0042  tRNA-Leu  84.21 
 
 
77 bp  56  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.140875  normal  0.0159157 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07980  tRNA-Leu  84.21 
 
 
77 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.096426  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1377  tRNA-Leu  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0013  tRNA-Leu  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0584453  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0005  tRNA-Leu  96.15 
 
 
89 bp  44.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0641673 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0051  tRNA-Leu  93.33 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000393189 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1372  tRNA-Leu  96.15 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.169608  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0003  tRNA-Leu  96.15 
 
 
86 bp  44.1  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1633  tRNA-Leu  96.15 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.372837  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  93.33 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>