299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_R0004 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_R0046  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0004  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0064  tRNA-Gly  97.26 
 
 		 73 bp  129  9.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0173961  normal  0.106433 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0030  tRNA-Gly  97.26 
 
 		 73 bp  129  9.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.0533128 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14032  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156026  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0020  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.748277  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0017  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0024  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0474961  hitchhiker  0.000422709 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0016  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0020  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0023  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0016  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0044  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.363029  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0038  tRNA-Gly  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0499148  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0044  tRNA-Gly  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0037  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14880  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.67591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00820  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.193578  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0041  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00225081  hitchhiker  0.00893878 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0034  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0020  tRNA-Gly  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0370755  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0060  tRNA-Gly  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000000635466  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0027  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000425018 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0024  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0025  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.627551 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0028  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.584066 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0027  tRNA-Gly  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.012963  normal  0.0666996 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0030  tRNA-Gly  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.554651 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0018  tRNA-Gly  93.44 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.746026  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0039  tRNA-Gly  93.44 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.433295  normal  0.207379 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0032  tRNA-Gly  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.520916  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt36  tRNA-Gly  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt36  tRNA-Gly  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0034  tRNA-Gly  91.8 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.793072  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt13  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt52  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.894326 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0027  tRNA-Gly  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0028  tRNA-Gly  91.8 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0030  tRNA-Gly  91.8 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0040  tRNA-Gly  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0861757  normal  0.0439849 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0040  tRNA-Gly  91.8 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0053459  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0028  tRNA-Gly  91.8 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179764  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0031  tRNA-Gly  91.8 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0043  tRNA-Gly  92.98 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0622835 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0048  tRNA-Gly  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0062  tRNA-Gly  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000167826  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0043  tRNA-Gly  91.8 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00050261  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13870  tRNA-Gly  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0328341  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10770  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.029864  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10740  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.0089339  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13850  tRNA-Gly  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.15127  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0024  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.129235  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0044  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108076  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0038  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259846  hitchhiker  0.000504235 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0085  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0032  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0192134 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0041  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0179504  normal  0.583011 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0002  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.231907  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0002  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0019  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309363  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0038  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16750  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.190541  normal  0.0593144 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0034  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0035  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.0257466 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0046  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0354159  normal  0.0175465 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlyVIMSS1309288  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0313014 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0056  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000515386  normal  0.717167 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0030  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00403555 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0035  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16780  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.189854  normal  0.0581004 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0050  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000158922  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00080  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000419569  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0044  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.35893e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0083  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.37865e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t35  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t61  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.58231  normal  0.0299254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0048  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0352694  hitchhiker  0.000658137 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t21  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t23  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t38  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.288871  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA45  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000360899  normal  0.702683 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA57  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.256598  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA59  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609929  normal  0.691703 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4671  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  7.05705e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0080  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.8513  normal  0.517696 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0039  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.936837  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0075  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000219757  hitchhiker  0.00000000043748 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0045  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0905677 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0707  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0600854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2055  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000108601  hitchhiker  0.000600208 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0706  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0583224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0037  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.133837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0044  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0908576 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0024  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000696404  hitchhiker  0.000000493359 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0053  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0078  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67777  normal  0.517696 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4724  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.56815e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0077  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.707613  normal  0.5241 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0012  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000103528  unclonable  0.00000189015 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>