More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6204 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



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Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_6204  ROK family protein  100 
 
 
350 aa  674    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0270912  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1108  ROK family protein  39.71 
 
 
382 aa  202  6e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.231439  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08010  transcriptional regulator/sugar kinase  41.31 
 
 
368 aa  189  5e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.440764  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  35.7 
 
 
417 aa  176  7e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2379  ROK family protein  39.23 
 
 
417 aa  169  5e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.257768  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  40 
 
 
429 aa  162  6e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1594  ROK family protein  37.54 
 
 
754 aa  153  4e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.630242  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01930  transcriptional regulator/sugar kinase  34.87 
 
 
403 aa  150  4e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  30.41 
 
 
425 aa  149  1.0000000000000001e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  31.56 
 
 
391 aa  139  4.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3729  ROK family protein  36.94 
 
 
390 aa  138  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.201606  normal  0.0168592 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  34.68 
 
 
401 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0267  ROK family protein  32.61 
 
 
414 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.234434  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  23.02 
 
 
408 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  29.39 
 
 
396 aa  130  3e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0705  ROK family protein  32.49 
 
 
374 aa  130  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  37.31 
 
 
401 aa  129  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01250  transcriptional regulator/sugar kinase  34.8 
 
 
424 aa  129  7.000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2445  ROK family protein  33.98 
 
 
417 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  31.61 
 
 
386 aa  127  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  28.53 
 
 
409 aa  126  5e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  25 
 
 
396 aa  126  6e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1381  ROK family protein  41.29 
 
 
427 aa  125  9e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.917088  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  30.85 
 
 
397 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0043  ROK family protein  39.83 
 
 
421 aa  124  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2298  ROK family protein  32.69 
 
 
391 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.193884  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0316  ROK family protein  21.24 
 
 
388 aa  125  2e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0149  ROK family protein  40 
 
 
473 aa  123  4e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0514897 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5303  transcriptional regulator ROK family  34.66 
 
 
379 aa  123  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0855  ROK family protein  25.39 
 
 
385 aa  122  6e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4825  ROK family protein  37.6 
 
 
417 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  31.63 
 
 
390 aa  120  4.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2517  ROK family protein  39.18 
 
 
418 aa  119  7e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  35.89 
 
 
425 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1809  ROK family protein  31.8 
 
 
396 aa  119  9.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4658  ROK family protein  34.27 
 
 
503 aa  119  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00909635  hitchhiker  0.00487921 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  33.07 
 
 
399 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2486  ROK family protein  29.88 
 
 
417 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4286  ROK family protein  34.42 
 
 
402 aa  118  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.333911  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  27.74 
 
 
414 aa  118  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0399  ROK domain-containing protein  35.55 
 
 
402 aa  117  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000118651  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2402  ROK family protein  34.24 
 
 
392 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  33.13 
 
 
393 aa  117  3.9999999999999997e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1858  NagC family Transcriptional regulator  30 
 
 
389 aa  116  6e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00000905056  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  28.95 
 
 
410 aa  116  6e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8260  ROK family protein  32.91 
 
 
393 aa  116  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00405696 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  35.48 
 
 
425 aa  116  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2298  ROK family protein  35.9 
 
 
389 aa  116  6.9999999999999995e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000166992  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4867  ROK family protein  30.08 
 
 
389 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14840  transcriptional regulator/sugar kinase  33.55 
 
 
443 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  28.61 
 
 
405 aa  115  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2001  putative xylose repressor  29 
 
 
414 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.244297  normal  0.176601 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1044  ROK family protein  32.87 
 
 
383 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.339449  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5021  ROK family protein  33.55 
 
 
387 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  32.15 
 
 
404 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4247  ROK family protein  28.72 
 
 
408 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.120914  normal  0.401593 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  25.58 
 
 
400 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  24.49 
 
 
399 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  27.25 
 
 
428 aa  114  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0693  ROK family protein  31.21 
 
 
402 aa  114  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1105  ROK family protein  32.69 
 
 
396 aa  114  3e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.348719  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2620  ROK family protein  36.48 
 
 
425 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.92 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4114  ROK family protein  24.34 
 
 
406 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27730  transcriptional regulator/sugar kinase  34.45 
 
 
410 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.514205 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  30.12 
 
 
395 aa  113  5e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2328  ROK family protein  30.22 
 
 
404 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0550455  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3275  ROK family protein  28.88 
 
 
372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.545553  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4558  ROK family protein  36.17 
 
 
409 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.864466 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34830  transcriptional regulator/sugar kinase  34.69 
 
 
384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  31.47 
 
 
406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10490  transcriptional regulator/sugar kinase  30.12 
 
 
395 aa  110  3e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4279  ROK family protein  33.42 
 
 
390 aa  110  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.141771 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2653  ROK family protein  29.75 
 
 
405 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.296978  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7220  ROK family protein  31.78 
 
 
402 aa  110  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.501197  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1182  ROK family protein  31.92 
 
 
396 aa  110  5e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000198514 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4777  ROK family protein  31.19 
 
 
381 aa  109  8.000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000235996 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0575  ROK family protein  32.93 
 
 
420 aa  107  2e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.193602  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  26.1 
 
 
383 aa  108  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5336  ROK family protein  34.54 
 
 
392 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.955979 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0579  ROK family protein  23.32 
 
 
388 aa  107  3e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.255348  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09540  transcriptional regulator/sugar kinase  32.46 
 
 
427 aa  107  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.208854 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6967  ROK family protein  32.78 
 
 
401 aa  107  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.553424  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4041  ROK family protein  23.95 
 
 
390 aa  107  5e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.787367  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5489  ROK family protein  36.41 
 
 
321 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.269543 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6292  ROK family protein  33.57 
 
 
372 aa  106  5e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.360789  normal  0.0986994 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4946  ROK family protein  31.89 
 
 
424 aa  106  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4335  ROK family protein  28.96 
 
 
381 aa  105  9e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.306469  normal  0.0512746 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00770  ROK family protein  22.4 
 
 
378 aa  105  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000483979  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3852  ROK family protein  33.33 
 
 
390 aa  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2683  ROK domain-containing protein  34.18 
 
 
400 aa  105  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0904  ROK domain-containing protein  37.4 
 
 
408 aa  104  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  26.24 
 
 
399 aa  104  2e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4939  ROK family protein  29.8 
 
 
419 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3539  transcriptional repressor of the xylose operon  28.84 
 
 
395 aa  104  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.689033  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  30.1 
 
 
422 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2407  ROK family protein  35.25 
 
 
403 aa  104  3e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6619  ROK family protein  30.8 
 
 
400 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.326282  normal  0.212393 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  27.08 
 
 
435 aa  103  6e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4635  ROK family protein  35.36 
 
 
401 aa  103  6e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.892035  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_3120  ROK family protein  32.31 
 
 
401 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
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