17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5467 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_5467  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  100 
 
 
943 aa  1840    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4207  Tetratricopeptide TPR_4  39.54 
 
 
882 aa  181  4e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.024812  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0694  Tetratricopeptide TPR_4  30.8 
 
 
1162 aa  134  5e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1830  hypothetical protein  38.76 
 
 
368 aa  127  1e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0268  hypothetical protein  28.72 
 
 
1015 aa  121  6e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.564116 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0494  hypothetical protein  31.49 
 
 
735 aa  101  9e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1391  hypothetical protein  30.52 
 
 
544 aa  85.9  0.000000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.706287 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23130  hypothetical protein  28.94 
 
 
664 aa  83.2  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0979095 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0381  tetratricopeptide TPR_4  29.23 
 
 
359 aa  81.3  0.00000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1349  hypothetical protein  30.21 
 
 
544 aa  80.5  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00027921 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2986  hypothetical protein  25.6 
 
 
647 aa  67  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2462  hypothetical protein  27.75 
 
 
942 aa  59.3  0.0000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0374837 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4022  hypothetical protein  26.44 
 
 
750 aa  51.6  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000110855  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1780  hypothetical protein  24.56 
 
 
363 aa  50.4  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2671  tetratricopeptide TPR_2  24.71 
 
 
828 aa  49.7  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.290452  normal  0.798665 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0963  hypothetical protein  24.29 
 
 
331 aa  45.4  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.028158  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.13 
 
 
991 aa  45.1  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>