128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5378 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_5378  WD40 domain protein beta Propeller  100 
 
 
1066 aa  2087    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0193905  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0146  hyalin  36.29 
 
 
521 aa  189  3e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4044  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  35.34 
 
 
647 aa  159  3e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2931  WD40 domain protein beta Propeller  32.08 
 
 
1029 aa  148  6e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2256  putative FHA domain containing protein  30.1 
 
 
1151 aa  110  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.282225  hitchhiker  0.00158846 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0716  von Willebrand factor, type A  35.67 
 
 
372 aa  78.2  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0133  von Willebrand factor, type A  35.03 
 
 
372 aa  73.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0572  von Willebrand factor type A  35.44 
 
 
372 aa  67  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0231  hypothetical protein  30.53 
 
 
251 aa  64.7  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.209293  normal  0.107963 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1890  integrin, beta chain-like  30.86 
 
 
663 aa  63.9  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006683  CNN00240  expressed protein  34.15 
 
 
430 aa  62.8  0.00000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2481  conserved repeat domain protein  31.53 
 
 
3921 aa  62  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  30.73 
 
 
440 aa  61.6  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  30.73 
 
 
437 aa  61.2  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0854  conserved repeat domain protein  30.91 
 
 
1150 aa  60.5  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.31154  normal  0.948957 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0776  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  30.46 
 
 
395 aa  60.5  0.0000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.605794  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2285  conserved repeat domain protein  30.91 
 
 
1168 aa  58.9  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.22424 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  29.81 
 
 
572 aa  58.5  0.0000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0941  hypothetical protein  29.93 
 
 
458 aa  57.4  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  unclonable  0.0000000894355  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  37.78 
 
 
427 aa  57.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  39.24 
 
 
415 aa  56.2  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0859  WD40 domain-containing protein  29.25 
 
 
442 aa  56.2  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.318178  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0686  translocation protein TolB  30.86 
 
 
461 aa  56.2  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.223253  normal  0.228867 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0747  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  27.72 
 
 
444 aa  56.2  0.000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000257607  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  33.71 
 
 
407 aa  55.8  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000266488  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  34.44 
 
 
432 aa  55.5  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  37.84 
 
 
443 aa  55.5  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  27.67 
 
 
430 aa  55.5  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  30.3 
 
 
428 aa  55.5  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5764  Periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  43.96 
 
 
635 aa  55.1  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0700956  normal  0.065042 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3123  von Willebrand factor, type A  27.44 
 
 
1300 aa  54.7  0.000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0136  WD40 domain protein beta Propeller  30.46 
 
 
419 aa  54.7  0.000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  33.71 
 
 
407 aa  53.9  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0133  WD40 domain protein beta Propeller  27.74 
 
 
445 aa  54.7  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1375  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  30.94 
 
 
708 aa  53.9  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.635972  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1711  WD40 domain protein beta Propeller  29.75 
 
 
444 aa  53.9  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000750977  decreased coverage  0.0000915698 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2474  conserved repeat domain protein  30.18 
 
 
1293 aa  53.5  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.558033  hitchhiker  0.00737149 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  27.56 
 
 
440 aa  53.9  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0272  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  29.3 
 
 
686 aa  53.5  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0262  translocation protein TolB  28.48 
 
 
434 aa  53.5  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000248265  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0106  hypothetical protein  38.1 
 
 
511 aa  53.5  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0199677  normal  0.111027 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0750  WD40 domain protein beta Propeller  27.78 
 
 
441 aa  53.5  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000257042  normal  0.0548288 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  31.95 
 
 
433 aa  53.1  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  34.92 
 
 
446 aa  53.1  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  31.95 
 
 
423 aa  53.1  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  29.59 
 
 
441 aa  52.4  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  31.36 
 
 
423 aa  52.8  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2041  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  28.79 
 
 
277 aa  52.4  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.365131  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4234  transcriptional regulatory protein-like  39.24 
 
 
469 aa  52.4  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03155  Acylaminoacyl-peptidase  30.15 
 
 
685 aa  52  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  30.77 
 
 
423 aa  52  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1738  conserved repeat domain protein  27.55 
 
 
1519 aa  52  0.00006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  29.47 
 
 
429 aa  51.6  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000000050948  normal 
 
 
 
NC_009972  Haur_1427  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  31.75 
 
 
682 aa  51.6  0.00008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  29.38 
 
 
430 aa  51.6  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0977  WD40 domain-containing protein  32.79 
 
 
316 aa  51.6  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  32.03 
 
 
450 aa  50.8  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  32.65 
 
 
441 aa  50.8  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4532  serine/threonine protein kinase  30.19 
 
 
642 aa  50.8  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000271647  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  27.51 
 
 
432 aa  50.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0614  TolB protein, putative  28.14 
 
 
449 aa  50.8  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00377452  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0948  serine/threonine protein kinase  33.33 
 
 
734 aa  50.1  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.21638 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  35.06 
 
 
437 aa  50.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3533  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  28.89 
 
 
697 aa  49.7  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0194  hypothetical protein  27.87 
 
 
380 aa  49.3  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3171  translocation protein TolB  25 
 
 
439 aa  49.3  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0216692  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  28.93 
 
 
567 aa  49.3  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2161  WD40 domain protein beta Propeller  25.71 
 
 
440 aa  49.3  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000041437  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0782  translocation protein TolB  28.65 
 
 
425 aa  49.3  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0181245  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  28.83 
 
 
435 aa  49.3  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1155  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  29.2 
 
 
407 aa  48.9  0.0005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  33.33 
 
 
434 aa  48.9  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  29.76 
 
 
717 aa  48.9  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  33.33 
 
 
435 aa  48.5  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1253  TolB periplasmic receptor  27.54 
 
 
430 aa  48.5  0.0007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0142198  normal  0.831456 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1577  serine/threonine protein kinase  30.65 
 
 
969 aa  48.5  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.713812 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  35.16 
 
 
424 aa  48.1  0.0008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0489  von Willebrand factor, type A  28.33 
 
 
645 aa  48.1  0.0009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.31991  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  26.67 
 
 
427 aa  47.8  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  29.52 
 
 
430 aa  47.8  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0392  WD40-like beta propeller protein  27.17 
 
 
354 aa  47.8  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1133  TolB-like  30.43 
 
 
430 aa  47.4  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.166843  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3933  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  26.29 
 
 
298 aa  47.8  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.560245 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6131  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  25.44 
 
 
667 aa  47.8  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2416  TolB domain-containing protein  27.74 
 
 
453 aa  47.4  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3971  hypothetical protein  26.23 
 
 
3602 aa  47.4  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  30.34 
 
 
1005 aa  48.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0536  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  32.14 
 
 
435 aa  47.8  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00175631  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4812  hypothetical protein  29.06 
 
 
362 aa  47.8  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  29.76 
 
 
430 aa  48.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4589  Periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  37.1 
 
 
305 aa  47  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.519629  normal  0.731459 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  32.54 
 
 
434 aa  47  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1775  amidohydrolase  31.4 
 
 
1010 aa  47  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0563559  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5592  serine/threonine protein kinase  30.95 
 
 
721 aa  46.6  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.294025 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  28.57 
 
 
427 aa  47.4  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2220  WD40 domain protein beta Propeller  32.38 
 
 
275 aa  46.6  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0661774  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0857  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  25.21 
 
 
670 aa  47.4  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2393  hypothetical protein  27.04 
 
 
1809 aa  46.2  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  29.29 
 
 
1014 aa  46.6  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2210  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  26.42 
 
 
438 aa  46.6  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000769838  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>