More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3442 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_3442  transcriptional regulator, DeoR family  100 
 
 
249 aa  471  1e-132  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000177835  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  31.73 
 
 
250 aa  138  8.999999999999999e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14330  transcriptional regulator, DeoR family  43.58 
 
 
282 aa  134  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
256 aa  133  3e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1179  DeoR family transcriptional regulator  37.66 
 
 
254 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.698203  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45150  putative transcriptional regulator  37.4 
 
 
258 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2691  DeoR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
254 aa  131  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134445  hitchhiker  0.00149692 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0131  DeoR family transcriptional regulator  39.44 
 
 
253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3861  regulatory protein DeoR  32.52 
 
 
249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2390  transcriptional regulator, DeoR family  37.35 
 
 
258 aa  130  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.248992  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0890  transcriptional regulator, DeoR family  41.4 
 
 
260 aa  129  5.0000000000000004e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.390832  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2219  regulatory protein DeoR  38.28 
 
 
256 aa  129  6e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.0075585  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1079  DeoR family transcriptional regulator  35.53 
 
 
251 aa  128  9.000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  36.86 
 
 
258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1182  DeoR family transcriptional regulator  37.35 
 
 
286 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.330735  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1140  galactitol utilization operon repressor  32.93 
 
 
263 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.556636  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1308  transcriptional regulator, DeoR family  38.86 
 
 
250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.225197  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3673  DeoR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
267 aa  126  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.373167 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1854  regulatory protein, DeoR  41.41 
 
 
252 aa  126  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.0000517285  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5087  transcriptional regulator, DeoR family  38.57 
 
 
254 aa  125  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5344  transcriptional regulator, DeoR family  40.25 
 
 
290 aa  125  8.000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1363  regulatory protein DeoR  37.91 
 
 
250 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.225271  normal  0.212224 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1563  transcriptional regulator, DeoR family  37.91 
 
 
250 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0289258  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2850  transcriptional regulator, DeoR family  39.13 
 
 
262 aa  123  3e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.115087  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1861  transcriptional regulator, DeoR family  40.37 
 
 
261 aa  123  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
267 aa  123  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0841  transcriptional regulator, DeoR family  35.2 
 
 
249 aa  123  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2807  DeoR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
260 aa  123  3e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.807975  normal  0.355136 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4658  transcriptional regulator, DeoR family  28.15 
 
 
261 aa  122  4e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0287988  normal  0.686311 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3833  transcriptional regulator, DeoR family  37.5 
 
 
258 aa  122  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4850  transcriptional regulator, DeoR family  41.7 
 
 
255 aa  122  6e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.786631  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.8 
 
 
269 aa  122  7e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7919  transcriptional regulator, DeoR family  37.87 
 
 
267 aa  119  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2563  transcriptional regulator, DeoR family  38.87 
 
 
254 aa  119  3e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.488958  normal  0.0207401 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3744  regulatory protein, DeoR  34 
 
 
256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5197  DeoR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
258 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.342459  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2107  transcriptional regulator, DeoR family  40 
 
 
263 aa  119  6e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.408646  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0922  transcriptional regulator, DeoR family  32.02 
 
 
248 aa  119  6e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.44653  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0512  transcriptional regulator, DeoR family  37.19 
 
 
256 aa  119  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.826881  normal  0.165905 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3574  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  33.33 
 
 
257 aa  119  6e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4225  transcriptional regulator, DeoR family  38.01 
 
 
253 aa  118  7e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.320526  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4235  DeoR family transcriptional regulator  34 
 
 
268 aa  118  9e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00275113  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4204  DeoR family transcriptional regulator  37.19 
 
 
256 aa  118  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5410  DeoR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
258 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.378654  hitchhiker  0.00216246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5292  DeoR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
258 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.358766 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3617  galactitol utilization operon repressor  33.6 
 
 
257 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1120  DeoR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
266 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2919  DeoR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
257 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.357868  normal  0.238188 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.28 
 
 
269 aa  117  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4361  DeoR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.14783  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4905  transcriptional regulator, DeoR family  40.34 
 
 
289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.23552  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3451  galactitol utilization operon repressor  33.6 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.717131  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0618  transcriptional regulator, DeoR family  41.02 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3557  galactitol utilization operon repressor  33.6 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0739  transcriptional regulator, DeoR family  33.47 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5428  DeoR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3840  DeoR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.897226  hitchhiker  0.000196031 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3520  galactitol utilization operon repressor  33.6 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0227  DeoR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
315 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0585887  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4893  DeoR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
256 aa  116  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.2 
 
 
269 aa  116  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3449  galactitol utilization operon repressor  33.6 
 
 
257 aa  116  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4503  DeoR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
257 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.259499  normal  0.116271 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3952  DeoR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
256 aa  116  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00923928  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.2 
 
 
269 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  31.2 
 
 
269 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0344  transcriptional regulator, DeoR family  33.49 
 
 
252 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.273291  hitchhiker  0.00282371 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1069  DeoR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
274 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.2 
 
 
269 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2141  DeoR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
261 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.2 
 
 
269 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  31.2 
 
 
269 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.2 
 
 
269 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.2 
 
 
269 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1734  transcriptional regulators of sugar metabolism  36.18 
 
 
260 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1646  DeoR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
274 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.288824  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1228  DeoR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
274 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0813024  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4161  transcriptional regulator, DeoR family  37.5 
 
 
253 aa  115  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0358  DeoR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
260 aa  115  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4603  DeoR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
256 aa  115  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3182  DeoR family transcriptional regulator  37.65 
 
 
255 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.457235  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4306  transcriptional regulator, DeoR family  33.77 
 
 
257 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000121893 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0061  DeoR family transcriptional regulator  36.6 
 
 
376 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4362  DeoR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
257 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0187642  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1875  transcriptional regulator, DeoR family  34.5 
 
 
259 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5444  transcriptional regulator, DeoR family  38.06 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4041  transcriptional regulator, DeoR family protein  34 
 
 
256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112055  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4860  DeoR family transcriptional regulator  32.61 
 
 
270 aa  114  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1193  GlpR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0974  galactitol utilization operon repressor  32.08 
 
 
259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.430087 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0631  glycerol-3-phosphate regulon repressor  34.17 
 
 
257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.405946  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3135  DeoR family transcriptional regulator  35.9 
 
 
265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3069  galactitol utilization operon repressor  32.08 
 
 
259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.377342  hitchhiker  0.0000149488 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0720  DeoR family transcriptional regulator  37.34 
 
 
253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.528248  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4482  DeoR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000793967 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1535  transcriptional regulator, DeoR family  41.12 
 
 
253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.556819  hitchhiker  0.00734434 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2378  galactitol utilization operon repressor  32.48 
 
 
257 aa  113  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  32.27 
 
 
258 aa  113  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>