109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3153 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3153  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 222 aa  429  1e-119  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5811  TetR family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 227 aa  135  6.0000000000000005e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.692507 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0033  TetR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 221 aa  115  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.228128  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3572  transcriptional regulator, TetR family  43.35 
 
 		 221 aa  114  7.999999999999999e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3333  transcriptional regulator, TetR family  44.25 
 
 		 227 aa  114  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2790  transcriptional regulator, TetR family  41.95 
 
 		 221 aa  107  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.765768  normal  0.318997 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0853  regulatory protein TetR  37.61 
 
 		 223 aa  92.8  3e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0137644  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2557  transcriptional regulator, TetR family  37.06 
 
 		 232 aa  75.1  0.0000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10458  transcriptional regulator  31.61 
 
 		 253 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18430  transcriptional regulator, tetR family  26.34 
 
 		 212 aa  68.6  0.00000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.120419  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4274  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 220 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5659  regulatory protein TetR  26.46 
 
 		 221 aa  58.9  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2324  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 213 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 213 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  42.19 
 
 		 213 aa  52.8  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1365  transcriptional regulator  40 
 
 		 211 aa  52  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.575727 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  26.14 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 189 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4844  transcriptional regulator, TetR family  34.72 
 
 		 252 aa  50.4  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2629  transcriptional regulator, TetR family  33.75 
 
 		 212 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  25.57 
 
 		 212 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  33.75 
 
 		 212 aa  49.7  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01016  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.57 
 
 		 212 aa  49.7  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1128  transcriptional regulator RutR  25.57 
 
 		 212 aa  49.7  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2582  TetR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 212 aa  49.7  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1131  transcriptional regulator RutR  25.57 
 
 		 212 aa  48.9  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.33999  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1426  TetR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 260 aa  48.9  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2860  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  48.9  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.253372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4033  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 219 aa  48.5  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000937448 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0661  transcriptional regulator, TetR family  26.5 
 
 		 205 aa  48.9  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0460  transcriptional regulator, TetR family  36.92 
 
 		 236 aa  48.1  0.00009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.466873  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4062  TetR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 218 aa  47.8  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1499  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 203 aa  47.8  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0951967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2692  transcriptional regulator, TetR family  25.7 
 
 		 249 aa  47.8  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28950  Transcriptional regulator, TetR family  25.32 
 
 		 184 aa  48.1  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1216  HTH-type transcriptional regulator RutR  31.25 
 
 		 212 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.591915 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1231  HTH-type transcriptional regulator RutR  31.25 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1186  HTH-type transcriptional regulator RutR  31.25 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1081  HTH-type transcriptional regulator RutR  31.25 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1196  HTH-type transcriptional regulator RutR  31.25 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32320  transcriptional regulator, TetR family  26.35 
 
 		 200 aa  47  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.247928 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0934  transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 		 209 aa  47  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4194  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 201 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2460  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 201 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.315446  normal  0.37249 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3373  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 211 aa  46.2  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1023  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 269 aa  46.6  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.048156  normal  0.0140553 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00759  transcriptional regulator, TetR family protein  28.24 
 
 		 224 aa  46.6  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8504  putative transcriptional regulator, TetR family  42.59 
 
 		 197 aa  46.2  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0265  TetR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 194 aa  45.8  0.0005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1824  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 224 aa  45.8  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87921  normal  0.175095 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0558  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 211 aa  45.4  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.235529  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0432  transcriptional regulator, TetR family  36.54 
 
 		 214 aa  45.4  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0796504  hitchhiker  0.00000000967411 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1158  transcriptional regulator, TetR family  31.33 
 
 		 218 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.91676  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0255  transcriptional regulator, TetR family  36.54 
 
 		 243 aa  45.4  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.540416  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0963  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 214 aa  45.1  0.0009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.553529  normal  0.247244 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1000  regulatory protein, TetR  31.33 
 
 		 242 aa  45.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3988  regulatory protein, TetR  34.67 
 
 		 233 aa  44.3  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.100564  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 203 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4193  TetR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 200 aa  44.3  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 203 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2461  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 234 aa  44.3  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.460998  normal  0.536684 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1539  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 212 aa  44.7  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4107  transcriptional regulator  31.06 
 
 		 187 aa  45.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.198218  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  26.26 
 
 		 207 aa  45.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1637  transcriptional regulator, TetR family  33.75 
 
 		 193 aa  44.7  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.890844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1665  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 221 aa  43.9  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.271808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3297  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 98 aa  43.5  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.368335  normal  0.535572 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3722  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 202 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.869277  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3795  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 202 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796114  normal  0.124585 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3734  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 202 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0165853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2972  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 207 aa  44.3  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 205 aa  43.5  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 205 aa  43.9  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0040  transcriptional regulator, TetR family  37.69 
 
 		 225 aa  43.9  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 241 aa  43.9  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1562  putative transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 194 aa  43.5  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.196181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5621  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 195 aa  43.1  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00254336 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 228 aa  43.5  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 203 aa  43.5  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 210 aa  43.5  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  34.67 
 
 		 207 aa  43.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3724  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 200 aa  43.1  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.29601  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3797  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 200 aa  43.1  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.388195  normal  0.0386626 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4778  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 217 aa  43.1  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3736  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 200 aa  43.1  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.042499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1947  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 197 aa  42.7  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02513  transcriptional regulator, TetR family protein  35.59 
 
 		 214 aa  42.7  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3389  transcriptional regulator, TetR family  38.57 
 
 		 187 aa  43.1  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2836  transcriptional regulator, TetR family  43.28 
 
 		 207 aa  42.7  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00562159  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  38.18 
 
 		 280 aa  42.7  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2292  transcriptional regulator, TetR family  28.87 
 
 		 186 aa  42.7  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.030142  hitchhiker  0.00610108 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2974  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 209 aa  42.4  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 193 aa  42.4  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  29.27 
 
 		 251 aa  42.4  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 223 aa  42.4  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1914  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 221 aa  42  0.007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000166268  normal  0.222991 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4783  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 201 aa  42  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.697373  normal  0.690259 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0147  transcriptional regulator, TetR family  26.8 
 
 		 217 aa  42  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2444  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 211 aa  42  0.007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0505938 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>