More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3139 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_3139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
244 aa  473  1e-132  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.85 
 
 
245 aa  311  7.999999999999999e-84  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.51 
 
 
248 aa  288  4e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.44 
 
 
254 aa  280  2e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.150923 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2373  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.14 
 
 
261 aa  276  2e-73  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.812252  normal  0.718016 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.32 
 
 
245 aa  261  8e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0547462  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5811  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.32 
 
 
245 aa  260  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3357  short chain dehydrogenase  56.5 
 
 
247 aa  259  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0533956 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3099  short chain dehydrogenase  54.47 
 
 
247 aa  258  6e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0900092 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.92 
 
 
250 aa  257  9e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.146293 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.33 
 
 
247 aa  252  4.0000000000000004e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.963194  normal  0.327663 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2692  short chain dehydrogenase  54.55 
 
 
246 aa  251  6e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3448  short chain dehydrogenase  55.6 
 
 
246 aa  251  9.000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.97 
 
 
247 aa  250  1e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.91 
 
 
245 aa  249  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.455308  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.37 
 
 
247 aa  249  4e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.681241  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.96 
 
 
246 aa  247  1e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.25 
 
 
246 aa  246  3e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.73 
 
 
245 aa  245  4e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.73 
 
 
245 aa  245  4e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314744  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.92 
 
 
245 aa  242  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 
260 aa  241  6e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0785  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  53.56 
 
 
246 aa  240  2e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4640  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.28 
 
 
246 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.384242  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.09 
 
 
247 aa  237  1e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55 
 
 
246 aa  237  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.11 
 
 
254 aa  236  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.5 
 
 
245 aa  236  3e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.1 
 
 
245 aa  235  6e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.912792 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.23 
 
 
254 aa  234  7e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0504887  normal  0.311319 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.13 
 
 
246 aa  232  4.0000000000000004e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06560  short chain dehydrogenase  52.03 
 
 
245 aa  230  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.5 
 
 
253 aa  229  4e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.72 
 
 
246 aa  228  9e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.45 
 
 
247 aa  227  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.973802  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1428  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.67 
 
 
247 aa  226  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
245 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.821225  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.33 
 
 
246 aa  224  1e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
246 aa  222  4e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348425  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0769  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.93 
 
 
244 aa  221  9e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3856  short chain dehydrogenase  54.47 
 
 
245 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.578417  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45430  short chain dehydrogenase  54.47 
 
 
245 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3012  putative short-chain dehydrogenase  51.24 
 
 
247 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.08 
 
 
269 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1622  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.56 
 
 
245 aa  209  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1104  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.5 
 
 
247 aa  205  5e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.12325  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0256  short chain dehydrogenase  52.5 
 
 
247 aa  205  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1687  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.5 
 
 
247 aa  205  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1272  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.5 
 
 
247 aa  205  5e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0103  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.5 
 
 
247 aa  205  5e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0321  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.5 
 
 
247 aa  205  5e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.732036  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1775  dehydrogenases with different specificities  52.5 
 
 
247 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.25 
 
 
247 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07806  Versicolorin reductase (EC 1.1.-.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00791]  43.6 
 
 
264 aa  186  2e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00450533  normal  0.460888 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.11 
 
 
242 aa  186  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000101099  normal  0.101895 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06450  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G01040)  41.39 
 
 
247 aa  177  2e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
249 aa  177  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  43.33 
 
 
255 aa  169  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1318  glucose-1-dehydrogenase  44.08 
 
 
248 aa  167  9e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573048  normal  0.212962 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4263  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.84 
 
 
247 aa  167  1e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.218256  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
248 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45 
 
 
243 aa  166  2e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.151121  normal  0.0260274 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
262 aa  166  4e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000874  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  40.83 
 
 
243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3241  glucose-1-dehydrogenase  43.27 
 
 
248 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00146  oxidoreductase, putative (Eurofung)  38.89 
 
 
265 aa  162  4.0000000000000004e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.465009  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2032  glucose-1-dehydrogenase  44.49 
 
 
248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal  0.784384 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1381  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  43.8 
 
 
248 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.049098  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0470  enoyl-(acyl carrier protein) reductase  41.56 
 
 
249 aa  161  9e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000863447  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 
249 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.17 
 
 
243 aa  160  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
248 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3909  hypothetical protein  41.63 
 
 
248 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 
250 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.17 
 
 
286 aa  159  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.361512 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1097  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.94 
 
 
247 aa  158  6e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000264481  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 
251 aa  158  7e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
248 aa  158  8e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
248 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.49 
 
 
248 aa  157  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.25 
 
 
246 aa  157  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
248 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.470556  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2504  glucose-1-dehydrogenase  44.21 
 
 
248 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
250 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.372073  normal  0.103756 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
236 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.09 
 
 
246 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39 
 
 
246 aa  156  3e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
242 aa  156  3e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.56 
 
 
271 aa  156  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39 
 
 
246 aa  156  3e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
257 aa  155  4e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.02 
 
 
247 aa  156  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
248 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.464003 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.32 
 
 
261 aa  156  4e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0266  putative short-chain dehydrogenase  40.25 
 
 
248 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1035  glucose-1-dehydrogenase  44.08 
 
 
261 aa  155  6e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
249 aa  154  9e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>