187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2249 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_2249  putative transcriptional regulator protein  100 
 
 		 327 aa  638    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21980  predicted transcriptional regulator  67.89 
 
 		 327 aa  410  1e-113  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.143715  normal  0.382871 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2509  hypothetical protein  54.06 
 
 		 326 aa  305  9.000000000000001e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.308334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2472  hypothetical protein  53.75 
 
 		 326 aa  302  7.000000000000001e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2517  hypothetical protein  53.75 
 
 		 326 aa  302  7.000000000000001e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3444  hypothetical protein  50.61 
 
 		 335 aa  298  1e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12131  hypothetical protein  51.23 
 
 		 332 aa  297  2e-79  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000529286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3091  hypothetical protein  51.55 
 
 		 359 aa  295  8e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.727496  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2367  hypothetical protein  52.19 
 
 		 330 aa  281  8.000000000000001e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2686  hypothetical protein  54.93 
 
 		 327 aa  276  4e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2249  hypothetical protein  52.27 
 
 		 330 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00588148  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1826  transcriptional regulator protein-like protein  52.94 
 
 		 313 aa  261  8.999999999999999e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2610  transcriptional regulator-like  50 
 
 		 361 aa  258  1e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000080301  normal  0.16283 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4456  transcriptional regulator,-like protein  50.32 
 
 		 335 aa  255  7e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.427678  normal  0.167477 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2466  transcriptional regulator protein-like protein  49.55 
 
 		 331 aa  254  2.0000000000000002e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0245457  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5862  transcriptional regulator protein-like protein  49.23 
 
 		 318 aa  253  3e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.167693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2316  DeoR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 331 aa  249  5e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000471902  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2434  hypothetical protein  45.94 
 
 		 361 aa  244  9.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1501  transcriptional regulator  47.88 
 
 		 683 aa  243  3e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.634725  decreased coverage  0.0000677289 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1879  transcriptional regulator-like  48.1 
 
 		 352 aa  243  3e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2167  hypothetical protein  47.96 
 
 		 325 aa  243  3.9999999999999997e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.175858  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2959  transcriptional regulator protein-like protein  44.08 
 
 		 364 aa  224  1e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000346913  hitchhiker  0.00472926 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4872  hypothetical protein  46.59 
 
 		 401 aa  222  6e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.136813 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1200  transcriptional regulator-like  46.73 
 
 		 315 aa  217  2e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.386828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1771  transcriptional regulator  45.11 
 
 		 675 aa  212  7e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.193993  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2650  transcriptional regulator-like  42.17 
 
 		 323 aa  196  3e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.535773  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18560  predicted transcriptional regulator  40.18 
 
 		 361 aa  195  8.000000000000001e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.0049611  normal  0.0116825 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1866  transcriptional regulator protein-like protein  44.62 
 
 		 354 aa  174  9.999999999999999e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00621522  normal  0.291628 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1783  transcriptional regulator protein-like protein  41.23 
 
 		 337 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  unclonable  0.000000000261192  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2057  transcriptional regulator-like protein  39.49 
 
 		 320 aa  167  2e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.090135  normal  0.188447 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13990  predicted transcriptional regulator  39.94 
 
 		 348 aa  164  2.0000000000000002e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0412748  normal  0.158003 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1287  putative transcriptional regulator protein  36.08 
 
 		 334 aa  152  1e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.271739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1924  transcriptional regulator-like protein  37.99 
 
 		 663 aa  149  7e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000155311 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2181  transcriptional regulator-like protein  36.25 
 
 		 663 aa  139  6e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117971  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5753  putative DeoR-family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 369 aa  92.8  6e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16040  predicted transcriptional regulator  36.59 
 
 		 664 aa  92.4  9e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11950  predicted transcriptional regulator  36.54 
 
 		 699 aa  84  0.000000000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.308253  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  25.97 
 
 		 687 aa  70.9  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  23.81 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  23.81 
 
 		 313 aa  69.3  0.00000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  24.01 
 
 		 313 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  24.78 
 
 		 313 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.27 
 
 		 327 aa  67.4  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.4 
 
 		 316 aa  66.2  0.0000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.58 
 
 		 324 aa  65.1  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.48 
 
 		 327 aa  64.7  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.3 
 
 		 315 aa  63.5  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.01 
 
 		 321 aa  62  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.17 
 
 		 319 aa  62.4  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4015  transcriptional regulator protein-like protein  31.78 
 
 		 512 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.33 
 
 		 336 aa  61.6  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 231 aa  60.8  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.89 
 
 		 324 aa  59.7  0.00000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  30.92 
 
 		 351 aa  59.3  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  34.62 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.38 
 
 		 330 aa  58.5  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.49 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.94 
 
 		 312 aa  59.3  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.7 
 
 		 313 aa  58.2  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0623  DeoR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 335 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.18 
 
 		 325 aa  57.8  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.31 
 
 		 324 aa  55.8  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  31.02 
 
 		 318 aa  55.5  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  24.84 
 
 		 351 aa  55.1  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4065  transcriptional regulator protein-like protein  31.36 
 
 		 511 aa  54.7  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.62 
 
 		 337 aa  54.7  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4033  transcriptional regulator protein-like protein  31.36 
 
 		 511 aa  55.1  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.559835  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3925  transcriptional regulator-like  31.28 
 
 		 345 aa  54.3  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.836948  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.82 
 
 		 229 aa  54.3  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0607  putative DeoR-family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 334 aa  53.5  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.87 
 
 		 230 aa  53.5  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0615  putative DeoR-family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 334 aa  53.5  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.77 
 
 		 327 aa  53.1  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  27.5 
 
 		 323 aa  53.1  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.74 
 
 		 339 aa  53.1  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.58 
 
 		 324 aa  53.1  0.000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  22.87 
 
 		 317 aa  52.8  0.000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.36 
 
 		 228 aa  52.8  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.33 
 
 		 317 aa  52.8  0.000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.36 
 
 		 228 aa  52.8  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.29 
 
 		 319 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.03 
 
 		 334 aa  52  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.15 
 
 		 321 aa  52.4  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.22 
 
 		 324 aa  52  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.74 
 
 		 328 aa  52  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2687  transcriptional regulator-like protein  36.3 
 
 		 331 aa  51.6  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.24 
 
 		 321 aa  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.96 
 
 		 237 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.55 
 
 		 317 aa  51.2  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.39 
 
 		 316 aa  50.8  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.22 
 
 		 318 aa  50.8  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  28.5 
 
 		 238 aa  50.8  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  29.01 
 
 		 323 aa  50.8  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.13 
 
 		 325 aa  50.8  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 322 aa  50.8  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.64 
 
 		 329 aa  50.4  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.02 
 
 		 334 aa  50.4  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0580  DeoR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 334 aa  50.1  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.51 
 
 		 237 aa  50.4  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.64 
 
 		 321 aa  50.1  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>