27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_1540 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008782  Ajs_1540  plasmid-like conjugative transfer protein TraE  100 
 
 
188 aa  382  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.475003  normal  0.191593 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2315  plasmid-like conjugative transfer protein TraE  79.78 
 
 
188 aa  313  6e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2648  plasmid-like conjugative transfer protein TraE  79.78 
 
 
188 aa  313  9.999999999999999e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4183  hypothetical protein  31.9 
 
 
197 aa  84.3  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.0000132578  hitchhiker  0.0000422379 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0320  conserved hypothetical sex pilus assembly and synthesis protein  24.46 
 
 
192 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3781  putative sex pilus assembly and synthesis protein  25.15 
 
 
199 aa  72.4  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.271719  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0257  putative sex pilus assembly and synthesis protein  26.95 
 
 
192 aa  69.7  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.788798  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6792  hypothetical protein  31.3 
 
 
203 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2157  hypothetical protein  28.48 
 
 
190 aa  62.8  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4631  type IV conjugative transfer system protein TraE  25.53 
 
 
188 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.802184 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0037  conjugal transfer pilus assembly protein TraE  27.45 
 
 
188 aa  59.7  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4446  TraE family protein  25 
 
 
188 aa  59.7  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.622638  normal 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4498  type IV conjugative transfer system protein TraE  25.71 
 
 
188 aa  58.9  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4539  type IV conjugative transfer system protein TraE  25.71 
 
 
188 aa  58.2  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.369103  normal  0.416907 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4374  type IV conjugative transfer system protein TraE  25.71 
 
 
188 aa  58.2  0.00000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.23647  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4442  type IV conjugative transfer system protein TraE  25.71 
 
 
188 aa  57.8  0.00000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5366  TraE family protein  28.02 
 
 
188 aa  56.2  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.163981 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0075  conjugal transfer pilus assembly protein TraE  27.78 
 
 
187 aa  56.2  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4011  TraE family protein  27.44 
 
 
207 aa  55.1  0.0000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.57449  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1079  type IV conjugative transfer system protein TraE  25.32 
 
 
204 aa  55.1  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360981  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0930  putative conjugative transfer protein TraE  25 
 
 
192 aa  52.4  0.000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0844234  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0365  sex pilus assembly protein  28.19 
 
 
213 aa  52  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0623018  normal 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_04  conjugative transfer protein TraE  26.19 
 
 
186 aa  51.2  0.000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0074  type IV conjugative transfer system protein TraE  25.34 
 
 
208 aa  48.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4285  TraE family protein  28.57 
 
 
193 aa  47.8  0.00009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0016  hypothetical protein  24.73 
 
 
189 aa  47.8  0.00009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.813355  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0024  hypothetical protein  21.43 
 
 
185 aa  44.3  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>