More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1505 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_1505  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
185 aa  360  9e-99  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  decreased coverage  0.00989017  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1576  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.55 
 
 
220 aa  76.3  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000134885  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0379  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.12 
 
 
215 aa  72.8  0.000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1582  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.44 
 
 
186 aa  68.9  0.00000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.29 
 
 
188 aa  66.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5519  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.9 
 
 
241 aa  64.7  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.241519 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0648  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.03 
 
 
210 aa  63.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0722  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.12 
 
 
206 aa  63.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.344115  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2838  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.45 
 
 
169 aa  64.3  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0120302  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0498  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.52 
 
 
203 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0366  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.52 
 
 
189 aa  63.2  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4772  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  28.12 
 
 
171 aa  61.6  0.000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.336986  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0669  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.83 
 
 
183 aa  61.6  0.000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4409  RNA polymerase sigma-70 factor  29.45 
 
 
171 aa  61.6  0.000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  29.65 
 
 
202 aa  61.6  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.46 
 
 
203 aa  61.2  0.000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4490  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.98 
 
 
181 aa  61.2  0.000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4798  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.77 
 
 
181 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2776  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
182 aa  59.7  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.835774  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4778  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  28.77 
 
 
171 aa  59.3  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1935  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.66 
 
 
213 aa  59.3  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000393762  normal  0.0999283 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2320  RNA polymerase sigma-24 factor, putative  31.16 
 
 
213 aa  58.9  0.00000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.213027  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0245  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.54 
 
 
167 aa  58.9  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2491  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
171 aa  58.9  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.731807  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1905  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 
182 aa  58.9  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.32 
 
 
198 aa  58.2  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1270  RNA polymerase sigma factor  26.67 
 
 
161 aa  58.2  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.125733  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3513  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.04 
 
 
187 aa  58.2  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116912 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.27 
 
 
220 aa  57.4  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  27.27 
 
 
190 aa  57  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1215  RNA polymerase sigma factor  25.49 
 
 
161 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  25.7 
 
 
192 aa  56.6  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1868  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.61 
 
 
222 aa  56.2  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.928596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1907  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.43 
 
 
183 aa  57  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1958  RNA polymerase sigma factor  28.24 
 
 
192 aa  57  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00853605  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1035  RNA polymerase sigma factor  27.33 
 
 
161 aa  55.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000122565  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5577  RNA polymerase sigma factor  25.28 
 
 
194 aa  56.2  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal  0.605302 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1113  RNA polymerase sigma factor  27.33 
 
 
161 aa  55.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4795  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  28.08 
 
 
171 aa  56.2  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.568094  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3190  RNA polymerase sigma factor  27.48 
 
 
192 aa  55.5  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1521  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.06 
 
 
190 aa  55.5  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.316828 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2124  RNA polymerase sigma factor  28.24 
 
 
192 aa  55.5  0.0000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.11 
 
 
195 aa  55.5  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.78 
 
 
199 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0428  RNA polymerase sigma factor SigX  26.14 
 
 
181 aa  55.5  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0309  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.93 
 
 
197 aa  55.1  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0745731 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1945  RNA polymerase sigma factor  27.48 
 
 
192 aa  55.1  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0207098  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0900  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.16 
 
 
191 aa  55.1  0.0000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.581812  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.89 
 
 
192 aa  55.1  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2058  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.4 
 
 
173 aa  55.1  0.0000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1169  RNA polymerase sigma factor  26.57 
 
 
161 aa  55.1  0.0000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00105347  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.37 
 
 
199 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.37 
 
 
199 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1966  RNA polymerase sigma factor  28.24 
 
 
192 aa  54.7  0.0000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2957  putative RNA polymerase sigma factor  30.13 
 
 
199 aa  54.7  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.37 
 
 
199 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.37 
 
 
199 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2114  RNA polymerase sigma factor  28.24 
 
 
192 aa  54.7  0.0000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.37 
 
 
199 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2148  RNA polymerase sigma factor  27.48 
 
 
192 aa  54.7  0.0000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.37 
 
 
199 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0147  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.9 
 
 
170 aa  54.7  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.4 
 
 
199 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2471  sigma-24 (FecI-like)  26.74 
 
 
208 aa  54.7  0.0000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0956767  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4183  sigma-24  30.81 
 
 
238 aa  54.3  0.0000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000601717  normal  0.750213 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.78 
 
 
199 aa  54.3  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.33 
 
 
202 aa  54.3  0.0000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0550  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.78 
 
 
227 aa  54.3  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.78 
 
 
199 aa  54.3  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0982  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.31 
 
 
185 aa  53.5  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.614695  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2246  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.05 
 
 
189 aa  54.3  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4172  RNA polymerase sigma factor  26.57 
 
 
161 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4558  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.19 
 
 
181 aa  53.5  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1013  RNA polymerase sigma factor  26.57 
 
 
161 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0372577  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4204  sigma-70 region 2 domain-containing protein  28.65 
 
 
217 aa  54.3  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.52678 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1020  RNA polymerase sigma factor  25.33 
 
 
161 aa  54.3  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.585247  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2597  RNA polymerase sigma factor SigD  33.12 
 
 
212 aa  54.3  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.26 
 
 
392 aa  54.3  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.53 
 
 
199 aa  54.3  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4913  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.19 
 
 
181 aa  53.5  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.608282  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2959  putative RNA polymerase sigma factor  30.07 
 
 
181 aa  53.9  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.520301 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.53 
 
 
199 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.53 
 
 
199 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3311  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.22 
 
 
182 aa  53.9  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.161259  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.53 
 
 
199 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3765  sigma-70 region 4 domain-containing protein  31.45 
 
 
190 aa  53.9  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0212214  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.26 
 
 
223 aa  53.9  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.22 
 
 
199 aa  53.1  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.49 
 
 
192 aa  53.5  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  32.45 
 
 
194 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0238  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.86 
 
 
197 aa  53.1  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.41 
 
 
200 aa  53.5  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0518  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.16 
 
 
215 aa  53.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00604646  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.23 
 
 
192 aa  52.8  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1193  RNA polymerase sigma factor  26 
 
 
161 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3022  putative RNA polymerase sigma factor  27.11 
 
 
175 aa  52.8  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.97 
 
 
205 aa  52.4  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.97 
 
 
205 aa  52.4  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02865  ECF sigma factor  38.3 
 
 
171 aa  52.8  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0782  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.44 
 
 
219 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>