202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1144 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_1144  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 
608 aa  1240    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.471002  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1520  extracellular solute-binding protein family 5  59.93 
 
 
610 aa  715    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1141  extracellular solute-binding protein family 5  87.23 
 
 
612 aa  1013    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.121856  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0886  extracellular solute-binding protein family 5  42.63 
 
 
610 aa  423  1e-117  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2666  extracellular solute-binding protein family 5  35.76 
 
 
617 aa  363  5.0000000000000005e-99  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.955399  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2145  extracellular solute-binding protein  37.12 
 
 
601 aa  357  2.9999999999999997e-97  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.377347  normal  0.0104158 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4778  extracellular solute-binding protein  36.11 
 
 
600 aa  348  1e-94  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.584214  decreased coverage  0.0000356618 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4336  extracellular solute-binding protein  35.45 
 
 
599 aa  343  5e-93  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.168516  normal  0.284884 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8321  extracellular solute-binding protein family 5  33.89 
 
 
643 aa  298  2e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.860873 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2491  extracellular solute-binding protein family 5  29.72 
 
 
593 aa  207  5e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000117082  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2261  extracellular solute-binding protein family 5  31.74 
 
 
579 aa  200  6e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0252536  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2258  extracellular solute-binding protein family 5  30.73 
 
 
591 aa  199  1.0000000000000001e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000752385  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2492  extracellular solute-binding protein family 5  29.33 
 
 
568 aa  192  2e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000108616  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2987  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.3 
 
 
543 aa  173  9e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2600  extracellular solute-binding protein family 5  27.43 
 
 
500 aa  166  9e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2605  extracellular solute-binding protein family 5  28.33 
 
 
547 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2992  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.41 
 
 
498 aa  148  4.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.022499  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1185  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 
532 aa  145  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0409  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.09 
 
 
527 aa  73.6  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0352  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.09 
 
 
527 aa  73.6  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.61 
 
 
534 aa  71.6  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  21.06 
 
 
607 aa  69.3  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4682  extracellular solute-binding protein family 5  25.41 
 
 
532 aa  68.2  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  23.95 
 
 
534 aa  67.4  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  20.88 
 
 
607 aa  65.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1367  extracellular solute-binding protein family 5  22.66 
 
 
577 aa  65.5  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0090511  hitchhiker  0.000580883 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  21.54 
 
 
576 aa  65.1  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  22.61 
 
 
565 aa  64.7  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3167  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  23.67 
 
 
542 aa  64.7  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0093  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 
604 aa  63.9  0.000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1143  extracellular solute-binding protein family 5  24.21 
 
 
577 aa  63.2  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0057674  normal  0.283725 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  22.95 
 
 
518 aa  62.4  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1649  extracellular solute-binding protein family 5  21.46 
 
 
584 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  24.19 
 
 
495 aa  60.8  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4796  extracellular solute-binding protein family 5  23.49 
 
 
532 aa  60.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.478428  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  21.57 
 
 
524 aa  59.7  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1880  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.29 
 
 
543 aa  58.9  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08370  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.55 
 
 
547 aa  58.9  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.273822  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0599  extracellular solute-binding protein family 5  21.56 
 
 
619 aa  58.5  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.300607 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1874  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.74 
 
 
543 aa  58.9  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1399  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.74 
 
 
543 aa  58.9  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.530492  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1937  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.74 
 
 
543 aa  58.9  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.26638 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2800  extracellular solute-binding protein  23.31 
 
 
630 aa  58.5  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  25.23 
 
 
517 aa  58.9  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  21.29 
 
 
559 aa  58.2  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1581  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.74 
 
 
543 aa  58.2  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197291  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1621  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  22.2 
 
 
594 aa  57.8  0.0000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4719  extracellular solute-binding protein  21.97 
 
 
591 aa  57.8  0.0000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.42042  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  23.78 
 
 
544 aa  57.8  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  23.91 
 
 
516 aa  57.8  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  22.83 
 
 
555 aa  57.4  0.0000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  23.1 
 
 
575 aa  57.4  0.0000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.1 
 
 
575 aa  57.4  0.0000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  22.83 
 
 
559 aa  57  0.0000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  22.83 
 
 
575 aa  57  0.0000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1172  family 1 extracellular solute-binding protein  23.18 
 
 
594 aa  56.6  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  21.61 
 
 
526 aa  57  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1093  extracellular solute-binding protein  23.22 
 
 
629 aa  56.6  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0361636  hitchhiker  0.00886374 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0947  extracellular solute-binding protein family 5  22.85 
 
 
622 aa  57  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2385  extracellular solute-binding protein family 5  24.6 
 
 
594 aa  56.2  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0564  extracellular solute-binding protein  22.99 
 
 
607 aa  56.2  0.000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000010438  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  25.27 
 
 
502 aa  56.2  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33430  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  20.93 
 
 
562 aa  55.8  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.175667 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2961  extracellular solute-binding protein  21.9 
 
 
541 aa  55.1  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2285  extracellular solute-binding protein family 5  23.08 
 
 
556 aa  55.1  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5357  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  21.26 
 
 
502 aa  54.7  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0991682  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2701  extracellular solute-binding protein  21.1 
 
 
545 aa  54.7  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.301975  hitchhiker  0.00251286 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  23.62 
 
 
542 aa  54.3  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1810  extracellular solute-binding protein  24.13 
 
 
595 aa  53.9  0.000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0500  extracellular solute-binding protein  22.14 
 
 
643 aa  53.9  0.000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.464453  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 
575 aa  53.5  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  21.06 
 
 
534 aa  53.5  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  23.34 
 
 
575 aa  53.1  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0691  extracellular solute-binding protein family 5  21.85 
 
 
600 aa  52.8  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  21.58 
 
 
562 aa  52.8  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0324  extracellular solute-binding protein  22.06 
 
 
586 aa  52.8  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000261589  hitchhiker  0.0038707 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 
508 aa  52.4  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3843  extracellular solute-binding protein family 5  22.75 
 
 
530 aa  52.4  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0512301  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24 
 
 
511 aa  52.4  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0145  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 
552 aa  52.8  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.602191 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  20.45 
 
 
495 aa  52  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  23.56 
 
 
581 aa  52  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2944  extracellular solute-binding protein family 5  22.11 
 
 
587 aa  52  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0305195 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  23.78 
 
 
575 aa  51.6  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0245  oligopeptide-binding protein OppA  26.74 
 
 
575 aa  51.6  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0551474  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.49 
 
 
534 aa  51.6  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1097  putative binding-dependent transport protein (periplasmic)  22.31 
 
 
528 aa  51.6  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2302  extracellular solute-binding protein  22.81 
 
 
544 aa  51.6  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00365913  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0585  extracellular solute-binding protein family 5  20.86 
 
 
628 aa  51.6  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.952367  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0265  oligopeptide-binding protein OppA  22.32 
 
 
566 aa  51.6  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1663  extracellular solute-binding protein family 5  25.3 
 
 
578 aa  52  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0397427  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2702  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
545 aa  51.6  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108728  hitchhiker  0.000845971 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1984  extracellular solute-binding protein family 5  23.08 
 
 
556 aa  51.2  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0404  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  24.15 
 
 
562 aa  51.2  0.00006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.195292  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  24.37 
 
 
531 aa  51.2  0.00006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3547  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  23.29 
 
 
515 aa  50.8  0.00006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000727174  normal  0.0236631 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1386  extracellular solute-binding protein  20.53 
 
 
578 aa  50.8  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.37673  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2070  extracellular solute-binding protein  22.08 
 
 
545 aa  50.4  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.174491  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  22.22 
 
 
524 aa  50.8  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1960  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  22.08 
 
 
545 aa  50.8  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.390049  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>