110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0886 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_0886  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 
610 aa  1246    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1141  extracellular solute-binding protein family 5  44.91 
 
 
612 aa  434  1e-120  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.121856  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1144  extracellular solute-binding protein family 5  43.21 
 
 
608 aa  432  1e-120  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.471002  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1520  extracellular solute-binding protein family 5  43.33 
 
 
610 aa  422  1e-117  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4778  extracellular solute-binding protein  35.97 
 
 
600 aa  327  3e-88  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.584214  decreased coverage  0.0000356618 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4336  extracellular solute-binding protein  35.42 
 
 
599 aa  319  1e-85  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.168516  normal  0.284884 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2666  extracellular solute-binding protein family 5  31.24 
 
 
617 aa  261  3e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.955399  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2145  extracellular solute-binding protein  31.29 
 
 
601 aa  240  5e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.377347  normal  0.0104158 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8321  extracellular solute-binding protein family 5  31.99 
 
 
643 aa  229  1e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.860873 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2261  extracellular solute-binding protein family 5  30.57 
 
 
579 aa  203  6e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0252536  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2492  extracellular solute-binding protein family 5  29.4 
 
 
568 aa  178  3e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000108616  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2491  extracellular solute-binding protein family 5  28.92 
 
 
593 aa  175  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000117082  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2258  extracellular solute-binding protein family 5  29.43 
 
 
591 aa  172  2e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000752385  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1185  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 
532 aa  152  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2605  extracellular solute-binding protein family 5  26.94 
 
 
547 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2992  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.94 
 
 
498 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.022499  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2987  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.26 
 
 
543 aa  135  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2600  extracellular solute-binding protein family 5  25.88 
 
 
500 aa  131  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7448  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  25.39 
 
 
626 aa  63.9  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.338891  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  24.18 
 
 
524 aa  63.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5370  extracellular solute-binding protein family 5  26.43 
 
 
629 aa  62  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.358498 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  23.24 
 
 
545 aa  60.8  0.00000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3167  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  23.44 
 
 
542 aa  58.5  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  25.81 
 
 
562 aa  57.4  0.0000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2944  extracellular solute-binding protein family 5  22.66 
 
 
587 aa  56.6  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0305195 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 
530 aa  54.7  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  24.64 
 
 
502 aa  54.7  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1169  oligopeptide-binding protein of oligopeptide ABC transporter  25.58 
 
 
587 aa  54.3  0.000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.317639  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04010  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.31 
 
 
548 aa  53.9  0.000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.115797  normal  0.0514058 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  21.88 
 
 
575 aa  53.5  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.4 
 
 
575 aa  53.5  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.3 
 
 
575 aa  53.1  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  23.93 
 
 
559 aa  52.4  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  23.93 
 
 
555 aa  52.4  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0324  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 
586 aa  52  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000261589  hitchhiker  0.0038707 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1649  extracellular solute-binding protein family 5  23.5 
 
 
584 aa  51.2  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.03 
 
 
566 aa  51.2  0.00006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.70881  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  23.08 
 
 
575 aa  50.8  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  24.11 
 
 
607 aa  50.8  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  21.23 
 
 
524 aa  50.4  0.00009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 
517 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  22.19 
 
 
575 aa  49.7  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  24.8 
 
 
607 aa  49.7  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5080  oligopeptide-binding protein OppA  25.67 
 
 
575 aa  50.4  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19910  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.69 
 
 
589 aa  50.1  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000984023  hitchhiker  0.000242655 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  20.95 
 
 
529 aa  49.7  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0205  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.72 
 
 
575 aa  49.7  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  20.76 
 
 
528 aa  49.3  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1789  extracellular solute-binding protein  22.3 
 
 
572 aa  49.7  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  26.78 
 
 
528 aa  49.7  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1578  extracellular solute-binding protein  24.69 
 
 
595 aa  49.7  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.259952  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0214  extracellular solute-binding protein family 5  25.53 
 
 
609 aa  49.7  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000434403  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  20.96 
 
 
528 aa  49.3  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2203  extracellular solute-binding protein family 5  21.84 
 
 
549 aa  49.3  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4406  twin-arginine translocation pathway signal  21.82 
 
 
541 aa  48.9  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0490152 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.52 
 
 
534 aa  48.9  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1071  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  21.83 
 
 
525 aa  48.9  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0509495  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1125  extracellular solute-binding protein  21.83 
 
 
525 aa  48.9  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0107082  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0245  oligopeptide-binding protein OppA  25.28 
 
 
575 aa  48.9  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0551474  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3066  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 
547 aa  48.5  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  23.03 
 
 
520 aa  48.1  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  22.93 
 
 
536 aa  48.5  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  20.95 
 
 
529 aa  48.5  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  20.76 
 
 
528 aa  47.8  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0183  solute-binding family 5 protein  23.11 
 
 
546 aa  47.8  0.0006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1345  dipeptide ABC transporter, solute-binding protein  23.64 
 
 
552 aa  47.8  0.0006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.932628 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  20.76 
 
 
528 aa  47.8  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  30.87 
 
 
509 aa  47.8  0.0006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.2 
 
 
516 aa  47.8  0.0006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3547  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  21.83 
 
 
515 aa  47.4  0.0007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000727174  normal  0.0236631 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0206  extracellular solute-binding protein family 5  28.24 
 
 
561 aa  47.4  0.0007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.646254  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1273  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, peptide-binding protein  20.16 
 
 
531 aa  47.4  0.0008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0104885  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0239  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 
527 aa  47.4  0.0008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0886528  normal  0.618082 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  21.59 
 
 
511 aa  47.4  0.0008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0215  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  22.88 
 
 
546 aa  47  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  20.76 
 
 
528 aa  47  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  21.96 
 
 
575 aa  46.6  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3338  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 
524 aa  47  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165624  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0585  extracellular solute-binding protein family 5  22.49 
 
 
628 aa  47  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.952367  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0237  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  22.88 
 
 
546 aa  46.6  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0220  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  22.78 
 
 
546 aa  47  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  20.76 
 
 
528 aa  47  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1103  extracellular solute-binding protein family 5  22.55 
 
 
524 aa  46.6  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  22.29 
 
 
533 aa  47  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0196  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  22.88 
 
 
546 aa  46.2  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0186  solute-binding family 5 protein  22.88 
 
 
546 aa  46.2  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1420  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  22.67 
 
 
560 aa  45.8  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0195  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  22.88 
 
 
546 aa  46.2  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4407  twin-arginine translocation pathway signal  22.88 
 
 
541 aa  46.2  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.095613 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0545  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  23.27 
 
 
545 aa  46.2  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000683285  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2731  extracellular solute-binding protein family 5  21.96 
 
 
622 aa  45.8  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0599  extracellular solute-binding protein family 5  19.23 
 
 
619 aa  46.2  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.300607 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  22.36 
 
 
519 aa  45.8  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5106  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  22.68 
 
 
546 aa  46.2  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0215  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  22.88 
 
 
546 aa  46.2  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0426  extracellular solute-binding protein  22.31 
 
 
511 aa  45.4  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0619  extracellular solute-binding protein family 5  25.48 
 
 
551 aa  45.4  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1810  extracellular solute-binding protein  22 
 
 
595 aa  45.1  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  22.51 
 
 
565 aa  44.7  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5668  extracellular solute-binding protein family 5  26.9 
 
 
557 aa  45.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>