100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0757 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_0757  hypothetical protein  100 
 
 
259 aa  508  1e-143  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5903  RecB family exonuclease-like protein  39.29 
 
 
295 aa  162  6e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.016661  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2978  RecB family exonuclease-like protein  36.76 
 
 
323 aa  152  7e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000129924  hitchhiker  0.00505029 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1482  RecB family exonuclease-like protein  37.55 
 
 
302 aa  148  8e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2007  RecB family exonuclease-like protein  37.45 
 
 
284 aa  146  3e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.151824  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1198  RecB family exonuclease-like protein  35.32 
 
 
298 aa  145  9e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0768064  normal  0.151704 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1180  RecB family exonuclease  37.94 
 
 
266 aa  145  9e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.371869  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2236  hypothetical protein  38.49 
 
 
322 aa  144  1e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.636003  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2304  RecB family exonuclease-like protein  36.72 
 
 
311 aa  142  4e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00598996  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2353  hypothetical protein  37.85 
 
 
303 aa  142  5e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.978382  normal  0.150681 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22140  RecB family exonuclease  34.92 
 
 
333 aa  141  9e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180752  normal  0.721654 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1816  hypothetical protein  35.46 
 
 
280 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2634  RecB family exonuclease  36.61 
 
 
303 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4476  RecB family exonuclease-like protein  34.87 
 
 
267 aa  141  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2636  hypothetical protein  34.24 
 
 
299 aa  139  3e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20930  RecB family exonuclease  33.47 
 
 
297 aa  140  3e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.466535  normal  0.903432 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1478  hypothetical protein  35.77 
 
 
273 aa  139  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0682127  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12151  hypothetical protein  35.47 
 
 
278 aa  137  2e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3064  RecB family exonuclease  34.25 
 
 
291 aa  135  5e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.130933 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1844  RecB family exonuclease-like protein  34.92 
 
 
286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2414  RecB family exonuclease-like protein  35.69 
 
 
351 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1855  putative RecB family exonuclease  35.66 
 
 
294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2456  RecB family exonuclease-like protein  34.54 
 
 
295 aa  130  1.0000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3463  RecB family exonuclease  33.85 
 
 
304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2222  RecB family exonuclease-like protein  35.55 
 
 
297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.839667  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2676  hypothetical protein  35.88 
 
 
320 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.647188  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13930  RecB family exonuclease  34.27 
 
 
313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.199879  normal  0.841258 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4886  hypothetical protein  34.12 
 
 
334 aa  125  9e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.335853 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3137  RecB family exonuclease  33.46 
 
 
277 aa  120  3e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.67707  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3199  RecB family exonuclease  33.46 
 
 
277 aa  120  3e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.487401  normal  0.220799 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3149  RecB family exonuclease  33.46 
 
 
277 aa  120  3e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424506  normal  0.878116 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  25.1 
 
 
1019 aa  75.5  0.0000000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4666  UvrD/REP helicase  29.85 
 
 
1038 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0501158  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1801  UvrD/REP helicase  29.96 
 
 
1038 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.078646 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4258  hypothetical protein  31.15 
 
 
287 aa  70.5  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.500216  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1421  UvrD/REP helicase  30.55 
 
 
1051 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1403  UvrD/REP helicase  30.55 
 
 
1051 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1457  UvrD/REP helicase  30.55 
 
 
1051 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0431152  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0683  hypothetical protein  32.06 
 
 
302 aa  67.4  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.923342  normal  0.810121 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0965  hypothetical protein  28.46 
 
 
387 aa  66.2  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0904  hypothetical protein  30.62 
 
 
276 aa  64.7  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.107924 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2998  hypothetical protein  30.85 
 
 
306 aa  64.3  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4397  hypothetical protein  26.72 
 
 
615 aa  64.3  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.272271 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13225  ATP-dependent DNA helicase  28.96 
 
 
1055 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8396  hypothetical protein  28.42 
 
 
293 aa  62.8  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.75052 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0821  hypothetical protein  31.62 
 
 
279 aa  62.8  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00000666708  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1197  hypothetical protein  28.83 
 
 
312 aa  62  0.000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0561644  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  21.65 
 
 
1016 aa  61.6  0.00000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06610  RecB family exonuclease  27.2 
 
 
286 aa  61.6  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0737  hypothetical protein  31.94 
 
 
302 aa  58.9  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.907261  normal  0.486862 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5053  hypothetical protein  28.96 
 
 
267 aa  54.7  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.609849 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0777  hypothetical protein  27.34 
 
 
387 aa  55.1  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1068  hypothetical protein  20.83 
 
 
411 aa  53.1  0.000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0636  hypothetical protein  27.67 
 
 
387 aa  53.1  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0952  hypothetical protein  25.89 
 
 
263 aa  52.4  0.000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1752  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  32.31 
 
 
940 aa  52.4  0.000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.894533 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  29.41 
 
 
991 aa  51.6  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3501  UvrD/REP helicase  28.98 
 
 
1129 aa  51.2  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.235136  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1977  putative DNA repair protein  33.95 
 
 
913 aa  50.8  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.286475 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0593  exonuclease-like protein  26.45 
 
 
379 aa  50.4  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0865179  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_39374  predicted protein  22.55 
 
 
366 aa  49.3  0.00006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0620  hypothetical protein  25.32 
 
 
379 aa  49.3  0.00006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.638225  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0467  hypothetical protein  34.11 
 
 
912 aa  48.9  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0925  UvrD/REP helicase  38 
 
 
1135 aa  48.9  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.963076 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0088  hypothetical protein  26.09 
 
 
781 aa  48.5  0.0001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.217564  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1310  hypothetical protein  22.05 
 
 
247 aa  48.5  0.0001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.251322  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3754  UvrD/REP helicase  27.13 
 
 
1059 aa  48.5  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.216008  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0903  hypothetical protein  26.95 
 
 
387 aa  48.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0715  hypothetical protein  26.95 
 
 
387 aa  48.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.348942  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2144  UvrD/REP helicase  30.94 
 
 
1106 aa  47  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.101146  hitchhiker  0.00462342 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1024  hypothetical protein  26.56 
 
 
387 aa  47  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.115422  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1443  superfamily I DNA/RNA helicase  23.74 
 
 
920 aa  47  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.000000114812  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3814  hypothetical protein  36.3 
 
 
284 aa  47  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.18541  normal  0.492417 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08480  RecB family exonuclease  26.96 
 
 
889 aa  46.6  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.198348 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1570  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  30.05 
 
 
1043 aa  46.2  0.0005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2712  hypothetical protein  27.78 
 
 
543 aa  46.2  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000442298  hitchhiker  0.0000400817 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0825  hypothetical protein  26.56 
 
 
387 aa  45.8  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0799374  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0909  hypothetical protein  24.7 
 
 
783 aa  45.8  0.0007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2479  UvrD/REP helicase  28.82 
 
 
1115 aa  45.4  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000159355 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0137  double-strand break repair protein AddB  30.23 
 
 
1001 aa  44.7  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3749  UvrD/REP helicase  27.61 
 
 
1144 aa  44.3  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.203306 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  32.5 
 
 
1057 aa  43.9  0.002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_558  hypothetical protein  24.03 
 
 
379 aa  43.9  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7808  UvrD/REP helicase  23.22 
 
 
1134 aa  43.9  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2601  hypothetical protein  23.32 
 
 
263 aa  43.9  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.718705  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0735  hypothetical protein  26.09 
 
 
781 aa  43.5  0.003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0282  hypothetical protein  21.48 
 
 
279 aa  43.1  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5824  UvrD/REP helicase  25.77 
 
 
1052 aa  43.1  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.101502 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0765  hypothetical protein  29.67 
 
 
1100 aa  43.1  0.004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166845 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  28.31 
 
 
1226 aa  43.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2757  UvrD/REP helicase  27.12 
 
 
1150 aa  42.7  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.21598  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19200  DNA/RNA helicase, superfamily I  30.82 
 
 
1083 aa  43.1  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.0259599 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4244  UvrD/REP helicase  28.37 
 
 
1062 aa  43.1  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.664691  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1171  UvrD/REP helicase  25.67 
 
 
1098 aa  43.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.132239  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2143  UvrD/REP helicase  27.22 
 
 
1099 aa  43.1  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.23473  hitchhiker  0.00187143 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1131  UvrD/REP helicase  25.68 
 
 
1094 aa  42.7  0.006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2374  hypothetical protein  28.35 
 
 
968 aa  42.7  0.006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  35.94 
 
 
1147 aa  42.4  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0840  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  24.87 
 
 
1048 aa  42  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.564215  hitchhiker  0.00099262 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0781  hypothetical protein  41.1 
 
 
886 aa  42  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.384751  normal  0.165581 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>