More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0425 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_0425  ribosomal protein S4  100 
 
 		 208 aa  423  1e-118  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0592  30S ribosomal protein S4  57.89 
 
 		 208 aa  235  3e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1216  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 208 aa  232  3e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0261994 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  53.37 
 
 		 206 aa  231  8.000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1117  30S ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 208 aa  229  2e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.614224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 208 aa  229  2e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  56.94 
 
 		 208 aa  229  2e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  54.98 
 
 		 208 aa  224  6e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  55.45 
 
 		 206 aa  222  2e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4291  ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 209 aa  221  4.9999999999999996e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4480  ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 208 aa  221  6e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0963  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 208 aa  221  6e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.877521  normal  0.697465 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0609  30S ribosomal protein S4  55.71 
 
 		 209 aa  221  9e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.19344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3896  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 208 aa  220  9.999999999999999e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4287  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 208 aa  219  3e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000360056 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  52.13 
 
 		 208 aa  218  7e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6023  30S ribosomal protein S4  53.33 
 
 		 209 aa  215  5e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.181485 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  50.72 
 
 		 209 aa  214  5.9999999999999996e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1156  ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 208 aa  214  8e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000923588  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 208 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  50.72 
 
 		 208 aa  213  1.9999999999999998e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 208 aa  211  4.9999999999999996e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 208 aa  210  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  50.95 
 
 		 208 aa  209  2e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 		 208 aa  207  6e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  51.2 
 
 		 208 aa  207  6e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0222  SSU ribosomal protein S4P  52.63 
 
 		 209 aa  207  7e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  48.58 
 
 		 208 aa  207  1e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  48.8 
 
 		 208 aa  206  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  48.8 
 
 		 208 aa  206  3e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1497  ribosomal protein S4  53.3 
 
 		 208 aa  204  9e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  48.33 
 
 		 208 aa  203  1e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  48.8 
 
 		 208 aa  202  2e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 		 208 aa  202  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 		 208 aa  202  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 		 208 aa  202  3e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2371  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 206 aa  202  4e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.210121  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2686  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 206 aa  201  6e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  48.8 
 
 		 208 aa  201  7e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1254  SSU ribosomal protein S4P  48.82 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119667  normal  0.172003 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2750  ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 208 aa  199  3e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  46.41 
 
 		 208 aa  199  3e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 		 208 aa  197  6e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0727  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 209 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0449  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0010581  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0732  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.28 
 
 		 208 aa  195  4.0000000000000005e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00130119  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0242  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 208 aa  195  5.000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0353  ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 208 aa  194  7e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152733  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0252  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.36 
 
 		 208 aa  194  7e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.000000365501  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0523  ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 208 aa  194  7e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645379  unclonable  0.0000000000198285 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 		 209 aa  194  1e-48  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000499385  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  48.33 
 
 		 208 aa  194  1e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0685  30S ribosomal protein S4  48.33 
 
 		 208 aa  193  2e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3313  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 209 aa  192  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  192  4e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  191  5e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0743  ribosomal protein S4  50.69 
 
 		 206 aa  191  9e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.068041  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0429  30S ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 209 aa  189  2e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.857828  normal  0.0845292 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 208 aa  190  2e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  48.34 
 
 		 208 aa  190  2e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  46.41 
 
 		 208 aa  188  4e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2301  ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 208 aa  188  5e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0792347  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  48.1 
 
 		 206 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6584  30S ribosomal protein S4  49.29 
 
 		 201 aa  187  9e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.234143  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2232  30S ribosomal protein S4  47.39 
 
 		 208 aa  187  1e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0017217  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  47.6 
 
 		 200 aa  186  1e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 202 aa  187  1e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4032  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000124947  hitchhiker  0.0000000000798632 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  46.19 
 
 		 209 aa  186  2e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0223  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000278242  normal  0.0713336 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  46.19 
 
 		 209 aa  186  2e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0220  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000964484  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4146  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000109466  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  47.62 
 
 		 206 aa  186  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0172  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 		 206 aa  186  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000508668  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 206 aa  185  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3735  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 		 206 aa  185  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000110035  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  49.52 
 
 		 200 aa  184  6e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 206 aa  184  7e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1861  ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 208 aa  184  7e-46  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0650  ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 206 aa  184  8e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.955539  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4525  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 206 aa  184  8e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815516  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  48.1 
 
 		 206 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  48.1 
 
 		 206 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  48.1 
 
 		 206 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  47.62 
 
 		 206 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03147  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0417  ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000174636  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3612  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0916894  normal  0.743877 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20600  30S ribosomal protein S4  48.33 
 
 		 202 aa  183  2.0000000000000003e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.725693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5056  30S ribosomal protein S4  49.29 
 
 		 206 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00247728  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4618  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000445858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3779  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0105305  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3611  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00202112  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03098  hypothetical protein  48.57 
 
 		 206 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 206 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3490  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000164824  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3591  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 206 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0175638  normal  0.0749349 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>