More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeg_0002 on replicon NC_013385
Organism: Ammonifex degensii KC4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013385  Adeg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
372 aa  737    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0689  DNA polymerase III, beta subunit  62.5 
 
 
386 aa  434  1e-120  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.71 
 
 
365 aa  178  1e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0003  DNA polymerase III, beta subunit  33.07 
 
 
374 aa  177  2e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00459981  hitchhiker  0.00000116577 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.36 
 
 
367 aa  176  7e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.76 
 
 
389 aa  159  7e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.105928  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0002  DNA-directed DNA polymerase  29.5 
 
 
409 aa  158  1e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.54 
 
 
367 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.39 
 
 
370 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.09 
 
 
377 aa  153  4e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.09 
 
 
377 aa  153  4e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  27.34 
 
 
377 aa  148  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  28.46 
 
 
381 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000341772  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  28.46 
 
 
381 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  29.95 
 
 
376 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1513  DNA polymerase III, beta subunit  32.75 
 
 
381 aa  148  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000166783  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  30.1 
 
 
382 aa  147  4.0000000000000006e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.44 
 
 
387 aa  145  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.69 
 
 
381 aa  145  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.95 
 
 
381 aa  144  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  28.68 
 
 
379 aa  145  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.68 
 
 
379 aa  144  3e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.34 
 
 
378 aa  144  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  30.21 
 
 
390 aa  144  3e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  28.68 
 
 
379 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.17 
 
 
379 aa  144  4e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.17 
 
 
379 aa  144  4e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  29.84 
 
 
366 aa  142  7e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  27.39 
 
 
367 aa  142  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.32 
 
 
368 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000559768  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  27.91 
 
 
379 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.91 
 
 
379 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30 
 
 
374 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.017071  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  27.34 
 
 
376 aa  140  3e-32  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  28.42 
 
 
374 aa  139  7e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  27.98 
 
 
378 aa  139  1e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000128167  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  27.98 
 
 
378 aa  138  1e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  27.98 
 
 
378 aa  137  2e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.01 
 
 
378 aa  137  4e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2699  DNA polymerase III subunit beta  25.65 
 
 
376 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000020623 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2460  DNA polymerase III subunit beta  25.65 
 
 
376 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000810658  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2430  DNA polymerase III subunit beta  25.39 
 
 
376 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000841235  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1549  DNA polymerase III, beta subunit  28.08 
 
 
374 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.15445  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2604  DNA polymerase III subunit beta  26.85 
 
 
376 aa  134  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.756021  hitchhiker  0.0000491978 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.75 
 
 
372 aa  134  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0616  DNA polymerase III, beta subunit  29.33 
 
 
372 aa  134  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2499  DNA polymerase III subunit beta  25.26 
 
 
376 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000103767  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2684  DNA polymerase III subunit beta  25.26 
 
 
376 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.75 
 
 
372 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  29.68 
 
 
394 aa  133  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  28.27 
 
 
366 aa  132  6.999999999999999e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.56 
 
 
370 aa  131  2.0000000000000002e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.99 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.04 
 
 
367 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.2 
 
 
380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.46 
 
 
366 aa  130  3e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2706  DNA polymerase III subunit beta  27.11 
 
 
376 aa  130  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2720  DNA polymerase III subunit beta  25.39 
 
 
376 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.001463  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.71 
 
 
365 aa  130  4.0000000000000003e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2750  DNA polymerase III subunit beta  25.13 
 
 
376 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  25.32 
 
 
385 aa  129  7.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  28.68 
 
 
366 aa  129  7.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.38 
 
 
366 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1551  DNA polymerase III, beta subunit  27.59 
 
 
367 aa  129  8.000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.422589  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  29.13 
 
 
374 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4880  DNA polymerase III, beta subunit  29.11 
 
 
379 aa  128  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  28.53 
 
 
372 aa  127  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  31.09 
 
 
374 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3720  DNA polymerase III, beta subunit  28.02 
 
 
374 aa  127  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.626306  normal  0.408951 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  24.87 
 
 
385 aa  127  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.03 
 
 
376 aa  126  5e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  28.14 
 
 
393 aa  126  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  28.14 
 
 
393 aa  126  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.95 
 
 
368 aa  125  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2456  DNA polymerase III subunit beta  24.62 
 
 
376 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0115889  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.79 
 
 
375 aa  124  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.71 
 
 
369 aa  123  4e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.6 
 
 
367 aa  124  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.59 
 
 
375 aa  123  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1752  DNA polymerase III, beta subunit  28.69 
 
 
374 aa  123  6e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.236146  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.2 
 
 
375 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  24.1 
 
 
385 aa  122  8e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 
368 aa  122  8e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  27.44 
 
 
366 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  27.44 
 
 
366 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 
366 aa  122  9e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 
366 aa  122  9e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  27.44 
 
 
366 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  27.44 
 
 
366 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  27.44 
 
 
366 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.71 
 
 
375 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.71 
 
 
378 aa  122  9.999999999999999e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  27.18 
 
 
366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.18 
 
 
366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.27 
 
 
372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  27.18 
 
 
366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  28.42 
 
 
377 aa  121  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  27.18 
 
 
366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  27.18 
 
 
366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.18 
 
 
366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>