More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AVIN_0 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_06260  50S ribosomal protein L4  100 
 
 
603 bp  1195    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00260309  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0840  50S ribosomal protein L2  85.28 
 
 
822 bp  670    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06250  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
603 bp  1195    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00608659  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  AVIN_0  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2902 bp  5753    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  unclonable  0.0050285  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3906  50S ribosomal protein L2  87.27 
 
 
825 bp  799    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.289546  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08880  50S ribosomal protein L2  85.04 
 
 
822 bp  654    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0116261 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06280  50S ribosomal protein L2  100 
 
 
822 bp  1629    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396932  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06270  50S ribosomal protein L23  100 
 
 
300 bp  595  1e-167  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0219554  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0457  50S ribosomal protein L2  83.64 
 
 
825 bp  561  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.271317  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0490  50S ribosomal protein L2  83.64 
 
 
825 bp  561  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000000253797  normal  0.122474 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4746  50S ribosomal protein L2  83.64 
 
 
825 bp  561  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00153291  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0487  50S ribosomal protein L2  83.39 
 
 
825 bp  545  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0341387  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06240  30S ribosomal protein S10  100 
 
 
312 bp  531  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00394017  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4545  50S ribosomal protein L2  83.03 
 
 
825 bp  521  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0677044 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5076  50S ribosomal protein L2  83.03 
 
 
825 bp  521  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000626966  normal  0.299104 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  85.22 
 
 
636 bp  515  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  85.06 
 
 
636 bp  507  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  85.06 
 
 
636 bp  507  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000230335  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  84.98 
 
 
630 bp  496  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0629  ribosomal protein L2  82.55 
 
 
825 bp  490  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000177607  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  84.59 
 
 
636 bp  484  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  84.59 
 
 
636 bp  484  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838631  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  84.43 
 
 
636 bp  476  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  83.49 
 
 
636 bp  428  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  83.02 
 
 
636 bp  404  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  82.55 
 
 
636 bp  381  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374535  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3910  30S ribosomal protein S10  92.16 
 
 
312 bp  365  5e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00375138  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3908  50S ribosomal protein L4  82.78 
 
 
603 bp  357  1e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0610127  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0838  50S ribosomal protein L4  82.42 
 
 
603 bp  355  5e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33315  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08860  50S ribosomal protein L4  82.42 
 
 
603 bp  355  5e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00776029  normal  0.0237616 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0455  50S ribosomal protein L4  81.92 
 
 
603 bp  331  7e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.035261  unclonable  0.000000191468 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0485  50S ribosomal protein L4  81.92 
 
 
603 bp  331  7e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00632251  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0488  50S ribosomal protein L4  81.76 
 
 
603 bp  323  2e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000114619  normal  0.070368 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4748  50S ribosomal protein L4  81.43 
 
 
603 bp  307  1e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000074471  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06290  30S ribosomal protein S19  100 
 
 
276 bp  301  6e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.336646  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0836  30S ribosomal protein S10  88.81 
 
 
312 bp  293  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0236552  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08840  30S ribosomal protein S10  88.81 
 
 
312 bp  293  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000352676  normal  0.0199275 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0839  50S ribosomal protein L23  87 
 
 
300 bp  285  4e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225205  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0625  ribosomal protein S10  88.06 
 
 
312 bp  278  9e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000000466292  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4750  30S ribosomal protein S10  88.06 
 
 
312 bp  278  9e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000671466  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08870  50S ribosomal protein L23  86.67 
 
 
300 bp  278  9e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.679116  hitchhiker  0.00894178 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0486  30S ribosomal protein S10  87.69 
 
 
312 bp  270  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000131122  normal  0.0380301 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0453  30S ribosomal protein S10  87.31 
 
 
312 bp  262  5e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0704355  unclonable  0.000000189493 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0627  ribosomal protein L4  80.79 
 
 
603 bp  262  5e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000698865  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4549  30S ribosomal protein S10  87.31 
 
 
312 bp  262  5e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000213954  normal  0.0597614 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0483  30S ribosomal protein S10  87.31 
 
 
312 bp  262  5e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000151275  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5080  30S ribosomal protein S10  87.31 
 
 
312 bp  262  5e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000793453  normal  0.270334 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5078  50S ribosomal protein L4  80.43 
 
 
603 bp  260  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000647229  normal  0.290105 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0424  50S ribosomal protein L2  79.42 
 
 
828 bp  252  4.9999999999999997e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0891588  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3907  50S ribosomal protein L23  86.05 
 
 
300 bp  248  7.999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.104737  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4547  50S ribosomal protein L4  80.3 
 
 
603 bp  238  7.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0714588  normal  0.0640617 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3905  30S ribosomal protein S19  92.11 
 
 
276 bp  206  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.296371  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0488  30S ribosomal protein S19  92.47 
 
 
276 bp  202  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.124891  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0458  30S ribosomal protein S19  92.47 
 
 
276 bp  202  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000166272 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0491  30S ribosomal protein S19  92.47 
 
 
276 bp  202  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000257867  normal  0.101174 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04518  50S ribosomal protein L2  79.56 
 
 
819 bp  200  2e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114492  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5075  30S ribosomal protein S19  91.78 
 
 
276 bp  194  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000215365  normal  0.273051 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4745  30S ribosomal protein S19  91.78 
 
 
276 bp  194  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00116021  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08890  30S ribosomal protein S19  91.78 
 
 
276 bp  194  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0219063 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0841  30S ribosomal protein S19  91.78 
 
 
276 bp  194  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220559  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4544  30S ribosomal protein S19  91.28 
 
 
276 bp  192  4e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0628  ribosomal protein L23  83 
 
 
300 bp  190  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000267442  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5077  50S ribosomal protein L23  83.39 
 
 
300 bp  184  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000053863  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4546  50S ribosomal protein L23  82.67 
 
 
300 bp  182  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.215144  normal  0.061023 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0630  ribosomal protein S19  89.93 
 
 
276 bp  176  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000445779  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0420  SSU ribosomal protein S10P  83.66 
 
 
312 bp  176  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00124832  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0759  50S ribosomal protein L2  79.36 
 
 
828 bp  163  4e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000275273  normal  0.0208169 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0456  50S ribosomal protein L23  81.33 
 
 
300 bp  151  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0420406  unclonable  0.000000164588 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0489  50S ribosomal protein L23  81.33 
 
 
300 bp  151  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000000019112  normal  0.107844 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4002  30S ribosomal protein S10  82.1 
 
 
312 bp  145  7.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.000000661379  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0486  50S ribosomal protein L23  81 
 
 
300 bp  143  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00438289  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3335  50S ribosomal protein L2  87.41 
 
 
828 bp  141  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000000645842  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0279  50S ribosomal protein L2  83.76 
 
 
828 bp  137  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000000000585498  normal  0.0839884 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3916  ribosomal protein S10  82.28 
 
 
312 bp  137  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.06232e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0282  ribosomal protein S10  82.28 
 
 
312 bp  137  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000746506  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0270  50S ribosomal protein L2  83.76 
 
 
828 bp  137  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00297501  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0583  ribosomal protein S10  82.28 
 
 
312 bp  137  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000572032  normal  0.180599 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4747  50S ribosomal protein L23  80.67 
 
 
300 bp  135  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000334762  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0317  50S ribosomal protein L2  83.33 
 
 
828 bp  135  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000380441  decreased coverage  0.00287275 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3823  30S ribosomal protein S10  81.64 
 
 
312 bp  135  8.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000546327  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4545  ribosomal protein S10  81.67 
 
 
312 bp  133  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000155488  hitchhiker  0.00172679 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3314  50S ribosomal protein L2  92.63 
 
 
831 bp  133  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000017691  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3294  50S ribosomal protein L2  92.63 
 
 
831 bp  133  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000000105073  hitchhiker  0.00000920299 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00444  30S ribosomal protein S10  86.39 
 
 
312 bp  133  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0405184  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0850  50S ribosomal protein L2  88.52 
 
 
834 bp  131  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00104266  decreased coverage  0.0000130499 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3745  30S ribosomal protein S10  81.32 
 
 
312 bp  129  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00135486  normal  0.0277892 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3808  30S ribosomal protein S10  81.32 
 
 
312 bp  129  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000064612  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3710  ribosomal protein S10  81.32 
 
 
312 bp  129  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000120586  normal  0.692874 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0322  30S ribosomal protein S10  81.86 
 
 
312 bp  129  5e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000012719  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3637  ribosomal protein S10  81.32 
 
 
312 bp  129  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000269105  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0404  30S ribosomal protein S10  81.32 
 
 
312 bp  129  5e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0007092  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2321  50S ribosomal protein L2  77.29 
 
 
825 bp  129  5e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.0000099496  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3637  30S ribosomal protein S10  81.32 
 
 
312 bp  129  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000584006  normal  0.459498 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2947  50S ribosomal protein L2  91.67 
 
 
831 bp  127  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0126826  decreased coverage  0.00000017325 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4277  ribosomal protein S10  82.14 
 
 
312 bp  127  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000346918  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0408  50S ribosomal protein L2  82.91 
 
 
822 bp  125  7.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0468  30S ribosomal protein S10  84.81 
 
 
312 bp  123  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000173961  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0252  50S ribosomal protein L2  82.99 
 
 
828 bp  123  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000167103  normal  0.0370671 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3450  50S ribosomal protein L2  82.74 
 
 
828 bp  121  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000764843  decreased coverage  0.00435128 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0147  ribosomal protein S10  84.24 
 
 
312 bp  121  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000495355  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>