89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1158 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_1158  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.256191  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0023  tRNA-His  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00261193  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0014  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_R0060  tRNA-Ile  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAlaVIMSS1309089  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.984556  normal  0.270863 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0050  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200036 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0058  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0046  tRNA-His  86.54 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.216845  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0023  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000017569  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0041  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAAlaVIMSS1309372  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.272937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0072  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0008  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAlaVIMSS1309140  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAlaVIMSS1309204  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.72887  normal  0.842293 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0067  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000523585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0469123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAlaVIMSS1309163  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0023  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00104311  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0023  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000859824  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0016  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.262033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0057  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.185628  hitchhiker  0.000293533 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0049  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000556498  normal  0.485056 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0048  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.544704  hitchhiker  0.00053111 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0056  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0044  tRNA-His  86.54 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000143676 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0020  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0019  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.399377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0061  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0027  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0167749  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0005  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.352047  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0015  tRNA-His  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19680  tRNA-His  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.13556  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0082  tRNA-His  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0005  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00314904 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.407573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0025  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0057492  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0058  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.703111  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309282  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.127609 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0008  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0953331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0032  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.2035  normal  0.168105 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000215711  hitchhiker  0.00721353 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0037  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.344221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0051  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0001  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0032  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t04  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0018  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0308139  normal  0.84994 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0049  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000106448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0034  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000564918  normal  0.218531 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0193  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0046  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0258027  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0051  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00326143  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.892843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0041  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.312045 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309290  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0072  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t11  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75816  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t39  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522109  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA46  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00683435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA9  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000314512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0044  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0008  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00250215  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0031  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0053  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0054  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.579409  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0037  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00519956  normal  0.826758 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0073  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0074  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0049  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00105958  hitchhiker  0.000875041 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.370539 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0018  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0605541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0029  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.25599  normal  0.694984 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0027  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.877101  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>