More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene A9601_05861 on replicon NC_008816
Organism: Prochlorococcus marinus str. AS9601



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008816  A9601_05861  30S ribosomal protein S1 protein B, putative Nbp1  100 
 
 
401 aa  801    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.974619  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0530  SSU ribosomal protein S1P  91.44 
 
 
404 aa  731    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05561  30S ribosomal protein S1-like protein B, putative Nbp1  93.02 
 
 
401 aa  746    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.748166  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05941  30S ribosomal protein S1 protein B, putative Nbp1  73.65 
 
 
408 aa  571  1.0000000000000001e-162  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05331  30S ribosomal protein S1-like protein B, putative Nbp1  56.64 
 
 
416 aa  446  1.0000000000000001e-124  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.422935  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05861  30S ribosomal protein S1 protein B, putative Nbp1  56.32 
 
 
465 aa  433  1e-120  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1861  SSU ribosomal protein S1P  60.05 
 
 
431 aa  424  1e-117  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0931144  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07751  30S ribosomal protein S1 protein B, putative Nbp1  56.06 
 
 
481 aa  419  1e-116  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.761988 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0726  SSU ribosomal protein S1P  50.59 
 
 
424 aa  414  1e-114  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1637  RNA binding S1  52.91 
 
 
412 aa  411  1e-113  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.397933  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1591  RNA binding S1  42.39 
 
 
295 aa  233  4.0000000000000004e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.762694 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2933  RNA-binding S1 domain-containing protein  39.5 
 
 
301 aa  224  2e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.768911  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1211  RNA binding S1 domain protein  39.57 
 
 
284 aa  222  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0419  RNA binding S1 domain protein  39.44 
 
 
302 aa  220  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0430  RNA binding S1 domain protein  39.44 
 
 
302 aa  220  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.930952 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3732  SSU ribosomal protein S1P  38.57 
 
 
302 aa  219  5e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000110633  normal  0.180719 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2502  SSU ribosomal protein S1P  38.93 
 
 
304 aa  204  2e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0230802  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3643  RNA binding S1 domain protein  36.88 
 
 
292 aa  202  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.686885  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22161  30S ribosomal protein S1  34.83 
 
 
367 aa  182  6e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3490  30S ribosomal protein S1  32.34 
 
 
328 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4111  RNA-binding S1 domain-containing protein  33.22 
 
 
341 aa  178  1e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1505  30S ribosomal protein S1  33.22 
 
 
343 aa  177  3e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000040832  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3072  30S ribosomal protein S1  34.73 
 
 
331 aa  177  3e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3048  30S ribosomal protein S1  34.73 
 
 
331 aa  177  3e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00340355  normal  0.25508 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4028  30S ribosomal protein S1  33.81 
 
 
321 aa  177  3e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.861757  hitchhiker  0.00019437 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0468  30S ribosomal protein S1  35.17 
 
 
386 aa  174  1.9999999999999998e-42  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10847  predicted protein  34.77 
 
 
284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.695244  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1867  30S ribosomal protein S1  34.12 
 
 
367 aa  171  2e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.61448  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4663  30S ribosomal protein S1  31.72 
 
 
390 aa  170  4e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0608752  decreased coverage  0.00279875 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04021  30S ribosomal protein S1  34.48 
 
 
369 aa  170  5e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.337887 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1689  30S ribosomal protein S1  34.48 
 
 
369 aa  169  5e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.781588  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03361  30S ribosomal protein S1  32.18 
 
 
363 aa  169  6e-41  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03471  30S ribosomal protein S1  34.14 
 
 
371 aa  169  8e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03371  30S ribosomal protein S1  34 
 
 
363 aa  169  1e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03451  30S ribosomal protein S1  35.47 
 
 
363 aa  167  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0318  30S ribosomal protein S1  35.42 
 
 
366 aa  167  4e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.721162  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36339  Plastid ribosomal protein S1, imported to chloroplast, small ribosomal subunit  34.77 
 
 
339 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0694  30S ribosomal protein S1  33.21 
 
 
307 aa  157  2e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000685189  normal  0.456587 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1112  RNA binding S1 domain protein  31.23 
 
 
397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000019918  unclonable  0.0000000535173 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4287  RNA-binding S1 domain-containing protein  30.99 
 
 
393 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000310337  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0934  RNA-binding S1 domain-containing protein  30.99 
 
 
388 aa  130  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000731277  normal  0.167396 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  33.1 
 
 
687 aa  130  5.0000000000000004e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  32.95 
 
 
387 aa  130  6e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  31.05 
 
 
403 aa  129  6e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  29.84 
 
 
411 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  30.24 
 
 
400 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  32.68 
 
 
736 aa  128  2.0000000000000002e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  29.64 
 
 
686 aa  127  3e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  32.08 
 
 
678 aa  126  5e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  29.06 
 
 
672 aa  123  6e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  31.43 
 
 
644 aa  122  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  30.5 
 
 
694 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000369991  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3713  RNA-binding S1 domain-containing protein  28.62 
 
 
397 aa  120  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000276005  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1703  RNA binding S1 domain protein  31.95 
 
 
385 aa  119  9e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000241805  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1292  SSU ribosomal protein S1P  29.34 
 
 
396 aa  117  3e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00025498  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0502  RNA-binding S1 domain-containing protein  26.2 
 
 
415 aa  116  6e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  30.35 
 
 
672 aa  116  8.999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  28.93 
 
 
599 aa  115  1.0000000000000001e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  30.83 
 
 
418 aa  115  1.0000000000000001e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6076  30S ribosomal protein S1  34.44 
 
 
569 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  29.23 
 
 
654 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0455  30S ribosomal protein S1  30.38 
 
 
387 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3572  RNA binding S1 domain protein  30.52 
 
 
557 aa  114  3e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  29.12 
 
 
720 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6612  30S ribosomal protein S1  34.02 
 
 
569 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.328912  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0129  30S ribosomal protein S1  28.35 
 
 
586 aa  113  5e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10333  30S ribosomal protein S1  27.63 
 
 
619 aa  112  1.0000000000000001e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.869439  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  25.83 
 
 
529 aa  112  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  27.52 
 
 
485 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  29.88 
 
 
661 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  28.63 
 
 
505 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  28.52 
 
 
382 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  29.22 
 
 
403 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  27.64 
 
 
587 aa  112  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  27.52 
 
 
490 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0763  30S ribosomal protein S1  30.04 
 
 
416 aa  111  3e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000378884  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0644  30S ribosomal protein S1  28.63 
 
 
611 aa  111  3e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.35055 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  27.52 
 
 
496 aa  111  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  28.74 
 
 
598 aa  110  4.0000000000000004e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  27.91 
 
 
480 aa  110  5e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0029  30S ribosomal protein S1  31.93 
 
 
566 aa  109  7.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  26.67 
 
 
493 aa  109  7.000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  26.33 
 
 
405 aa  109  8.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  28.17 
 
 
591 aa  109  8.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  26.74 
 
 
495 aa  108  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  27.13 
 
 
495 aa  109  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2446  30S ribosomal protein S1  34.02 
 
 
570 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.822205  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1951  30S ribosomal protein S1  29.46 
 
 
606 aa  108  1e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.275526  normal  0.0589831 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  26.67 
 
 
487 aa  108  2e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1044  30S ribosomal protein S1  31.71 
 
 
392 aa  108  2e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0027  30S ribosomal protein S1  31.84 
 
 
566 aa  108  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.173864  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  27.45 
 
 
493 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0026  30S ribosomal protein S1  31.84 
 
 
566 aa  108  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  29.12 
 
 
491 aa  108  2e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  29.71 
 
 
579 aa  108  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  28.24 
 
 
488 aa  108  2e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  25.56 
 
 
677 aa  107  3e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1305  30S ribosomal protein S1  31.06 
 
 
566 aa  107  3e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000305659  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1421  30S ribosomal protein S1  28.25 
 
 
382 aa  107  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00177938  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  30.71 
 
 
676 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>