48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene A2cp1_2982 on replicon NC_011891
Organism: Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011891  A2cp1_2982  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 188 aa  354  2.9999999999999997e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0253387  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2890  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 188 aa  354  2.9999999999999997e-97  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00371276  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2795  sigma-24 (FecI-like)  92.55 
 
 		 188 aa  265  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.410794  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1434  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  57.75 
 
 		 193 aa  183  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.62 
 
 		 197 aa  158  5e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1836  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.74 
 
 		 194 aa  156  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2121  hypothetical protein  46.2 
 
 		 213 aa  155  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1754  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.37 
 
 		 194 aa  146  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3449  sigma-24 (FecI-like)  46.6 
 
 		 226 aa  144  6e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3531  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.6 
 
 		 190 aa  144  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0696156  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3599  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.6 
 
 		 226 aa  144  9e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.592101  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3557  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.21 
 
 		 189 aa  142  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0683868  normal  0.0254908 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.07 
 
 		 185 aa  53.9  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.88792 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3371  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.82 
 
 		 210 aa  50.8  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0253707 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1320  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.38 
 
 		 228 aa  49.3  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  30.36 
 
 		 187 aa  48.5  0.00005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 		 203 aa  48.1  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00112474  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5579  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.66 
 
 		 189 aa  47  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 		 223 aa  46.6  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0424  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  23.08 
 
 		 161 aa  46.2  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.582386 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.33 
 
 		 200 aa  45.4  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2838  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.21 
 
 		 169 aa  45.4  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0120302  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4469  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.82 
 
 		 191 aa  44.7  0.0007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00981278  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.86 
 
 		 192 aa  43.9  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.86 
 
 		 190 aa  43.5  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.68 
 
 		 194 aa  43.5  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.72 
 
 		 192 aa  43.5  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7159  RNA polymerase sigma factor  32.03 
 
 		 179 aa  42.7  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.693773 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.74 
 
 		 192 aa  42.7  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08291  RNA polymerase ECF-type sigma factor  23.58 
 
 		 164 aa  42.7  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.929291  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2320  RNA polymerase sigma-24 factor, putative  37.78 
 
 		 213 aa  42.7  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.213027  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3854  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.19 
 
 		 172 aa  42.4  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.87 
 
 		 199 aa  42  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.81 
 
 		 200 aa  42  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01711  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.14 
 
 		 206 aa  42  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45569  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.86 
 
 		 199 aa  42  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  27.95 
 
 		 208 aa  41.6  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6011  RNA polymerase sigma factor  31.37 
 
 		 179 aa  41.6  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784268  normal  0.0725494 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.95 
 
 		 208 aa  41.6  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.49 
 
 		 199 aa  41.6  0.007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0065  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.49 
 
 		 193 aa  41.6  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0245104  normal  0.695831 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0272  Fis family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 205 aa  41.6  0.007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.341377  normal  0.75535 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  29.75 
 
 		 214 aa  41.6  0.007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.86 
 
 		 199 aa  41.6  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0605  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.6 
 
 		 202 aa  41.6  0.008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000948588 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.91 
 
 		 199 aa  41.2  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.91 
 
 		 199 aa  41.2  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.91 
 
 		 199 aa  41.2  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>