| Gene Information Plasmid Coverage information Fosmid Coverage information Sequence |
Gene Information |
| Locus tag | Slin_4115 |
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| Symbol | |
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| ID | 8727874 |
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| Type | CDS |
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| Is gene spliced | No |
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| Is pseudo gene | No |
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| Organism name | Spirosoma linguale DSM 74 |
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| Kingdom | Bacteria |
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| Replicon accession | NC_013730 |
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| Strand | - |
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| Start bp | 4955659 |
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| End bp | 4962495 |
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| Gene Length | 6837 bp |
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| Protein Length | 2278 aa |
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| Translation table | 11 |
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| GC content | 55% |
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| IMG OID | |
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| Product | hypothetical protein |
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| Protein accession | YP_003388901 |
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| Protein GI | 284038971 |
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| COG category | |
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| COG ID | |
|---|
| TIGRFAM ID | |
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Plasmid Coverage information |
| Num covering plasmid clones | 0 |
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| Plasmid unclonability p-value | 0.143212 |
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| Plasmid hitchhiking | No |
|---|
| Plasmid clonability | normal |
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Fosmid Coverage information |
| Num covering fosmid clones | 12 |
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| Fosmid unclonability p-value | 0.000960597 |
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| Fosmid Hitchhiker | Yes |
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| Fosmid clonability | hitchhiker |
|---|
| |
Sequence |
| Gene sequence | ATGGCTTTAC CTGTACGCAT CTTTGTCCTC CTGTTAATTG GTTTATTGAG TTTAAGTAAA
CCTTCTCAGG CTCAGATTGT GGTTACTTCG GTTGCACCTA ACCCTGTTTG TCCCGGTGCC
AAAATCACGG CTACGTTTGT TACAGCCTCA ACTGCGCAAA AAACGCTTAC AATCTTGCTA
TTTAAGTCTG GAGTAAGTGG GTCAACGCGG TTAAGCCCAA CAACGACGAC TAATAGTGTT
GTGGGTACAA TTGAGGCCGT CATTCCACAG ACTACAACCG CAGGTTCGTA TTATATCCAG
ATTCAACAGG AAGTCACTTC GCCAACGGCC TCCACGATAC TTAGTAATGC AAGCTCGCAG
TTTACTGTTA ATGCGATTCC TGCCCCCCCA TCCGTTGCGA ACGTTACCTA TTGTCAGGGC
CAAACCAGTT CACCTCTATC GGCTACAGCG TCTGGCAGCG GTGGTACATT AAATTGGTAT
GACCCTTCCG GTAATCCACT GGGAGCGGCC CCTACGCCCC CAACTGCTAT ACCGGGCAAT
ACAATTTTCT CGGTTAGCCA AACCACTAAT GGGTGTGAAA GCGATAAAGT CTTTTTAACC
GTAACCATTA ATGGAAAGCC TGCTGTGGCT GGCACAACGA ACCTGAGTGT ATGCCAGAAT
AGTACTCCAG TTTCCTTACT GTCGGCGGTT ACGGCCACGG GTACGCTCAA GTGGTATACA
GGTCCCGTAG GAGGTACGGG CAGCACATCT ACCCCCACAC TCGTTACAAA TGCGGCAGGT
TCAACCACAT ACTATGTCAC TCAAACTGAT GCGAATGGCT GTGAGAGTGA CCGGGCATCC
ATCACCTACA CGGTTGTTGG ACTGCCTGTC GCGCCTGCCG TTTCGCCTGT TTCGGTTACC
TATTGCCAGG ATGTAACAGC CGTTCCGCTG GTGGCCACGC CATCCAACAA TGGTACACTG
AACTGGTATT TTGTAGCTGT AGGCGGCACC AGCGTTCCAT CGCTTACTCC GTCCACGGCG
GCCTCGGCTA ATTACTACGT GAGCCAAACG GTGGCCGGTT GCGAAGGACC GCGGGCTACC
CTGCGTGTCA GCATCAATGC CAAGCCTGAC AAGCCTGCGG TGATGGCCCC AATAGCATAT
TGCCAGGATG CCATCTCTAC TGCCCTAAGT GCTACGGTTG CGACGGGCAA CTACTCGCTG
CGCTGGTACG GCACGGATGC CACCGGGGGG ACCGGCTCAA CACTGGCTCC CATCCCCAAA
ACTGATACAC CGGGTTTGTT TAACTACTTT GTAACCCAAC GGGACCCCGT CGGTTGCGAA
AGCGATCGGG CGTCCATCCC GGTAACGGTA AATCCCCGCC CGGCAGCACC TGCTACAACG
GATATAACGG CATGTCAGAA TACCACTCCG GTTTCCTTAT TGTCGGCGGT TACGGCCACG
GGTGCACTCA CGTGGTATAC CGCTCCGACC GGAGGAGGAG CTTTATCTGG AACACCCATA
CTCTCCACAA CAGCGGTGGG GGTAAGCGCC TATTATGTCA GCCAGACCAG TGCCGAAGGC
TGTGAGAGTG ACCGGGCATC CATCAAGTAC ACCGTTCTTT CTCTTCCGGT CACGCCAACG
GTGTCCGGGA GCCCCCTCTT TTATTGTCAG AATGCAACGC CTGCCAACTT TGTGGCTACG
GCGGCAGGCA CGTTGAAATG GTATACAACC TTAACTGGTA CTGTTCCACT CGTTAGTCCA
GTACCCTCTA CCTCCGTTGC CGGAACCGCT ACGTACTACG TTAGCCAGAC CGATGGCAAT
GGTTGTGAAA GCCCACGGGC CAGCTTAACG GTAGTGACGA GTTCCCGACC TGCCTTGCCA
GCTGTTGTGT TACTGCCCGC TTACTGCCTG AATGCGGTAC CGGCGTCTCT GTCAGCTACG
GCACTTTCCA GTAATACCCT GCGCTGGTAT GGTACGAGTG AAACCAGTGG AACGGCATCT
GTAACACCCA GCGTACCGGC AACCAACAAT GCCGGTAGTT TCAGTTACTA CGTTAGTCAG
GTGGATGGCA ACGGCTGTGA AAGTGATCGG GCTGTCATTC CCGTTACGGT GAATGCGCTC
CCATCGGCTC CGACAACCTC GCCGATAGGT ATCTGTCAGA ACGCAACGGT TCCCCTGATA
ACATCGGCTG TATCGGCAGC CGGTTCCTTA AAGTGGTATA CGTCGCCGGT TAGCTCGGCC
TCGGTAGTAG CGCCTACGCT CGCAAGCTCT AGTGTAGGCT CGGTTACCTA CTACGTTACA
CAGACCGATG CCAACGGCTG CGAGAGTAGC CAGTCGTCTG TTTTGGTGAC CGTTAAGCCA
TTACCAGCGG CCCCTGTTGT ACCAACAAGC CCGATTATAC TTTGCCAGAG TTCGGTGGCG
GCCCCGCTGT CTGCAACGGG AACCGGCACC CTGGTTTGGT ATGACCCGGC AGGAAATACG
TTCAGTTCGC TAACCCCGTC TACAGCAACG GTTGCTCCGT CAACGTATAA AGTGAGTCAG
ATCGTTGACG GGTGCGAAGG GCCAACAGCC AGCATAACGG TTATTGTCAT CGCGAAGCCA
AACTTACCAA CCCTGACCGT TCCGGGGCCT TATTGTCAGT TCGAAACGCC TGCTCAGCTA
TCTGCCACCG GTCTTAACCT GAAGTGGTTT ACAGATCCCG TAGGTGGTAC ATTCTCTACC
GTAGCCCCCA CGCCATCGGC CAGTACACCC GGAACCACAA CTTACTATGT TACGCAGACG
GATGGTAATG GCTGCGAAAG TGACCGGGCC CCCATTGCCG TGCGGGTGAA GGTGAAGCCC
GCGCCACCGG GTACCGCTCC GATTAGTTTC TGTGCCAATC AGGTTACCAC CCTGACCGCT
ACGACTGTCA CAGGAGGGGC TTTAACCTGG TATGGTACTG ATCCAATTGC CGGTACCCCT
ACGTCAACCG CTCCCATTCC GGGTACTACG GTTATAGGGG CACCTGTTTC GTACTACGTG
AGCCAGACAG TAGAAAGCTG TGAAAGTGAT AAAGCAGCTA TTGCTGTTAC CATTCTTGGG
TTGCCCGTTG CCCCAACGGT TAGCGCTGCC CCGGTAGTCT ATTGTCAGGG AGCTGCATCT
GTACCGTTAT CCGCAACGGG TACGGGTACG CTCAACTGGT ATACGGTACA AACGGGCGGT
ACCGCATCGG CAGCCGCCCC GGTGCCCCAG ACCGGTAACC CAACCACGAC TTATTACTAT
GTGAGCCAGA CAGTAAACGG CTGCGAAGGG CCGAGAGCCA CGATTGCTGT TACCATCAAT
CCTAAGCCCG TGCAACCCCT GGTTACGCCG ACTGTGGTAT ATTGCCAAAA TGCTGTTGCT
ACCGTACTTG CTGCTAGTGC TCCTGGGTTG TTGCGCTGGT ATGCCGATGC TACGGGGAGT
ACCGTCATTC CTACGCCTAC GCCGTCAACA GCTACACCGG GGGGCACTAC ATATTACGTT
AGCCAGACCG ATGGCAATGG ATGTGAGAGT GATCGGGCCA GTATTGCCGT TTCGGTAGTG
GCAACGCCAG TCGCTCCTGC AACGTCGACC TTTATTCTCT GCCAGAACTC AGTGTCTGTA
CCGCTAACCG CTACACCGGC GGCCGGTGGT GTGCTGAACT GGTATACTGA TCCAAGCGGA
GGTGTAGGCA GCAGTGCAGC CCCCATACCA TCTACCGCAC AGGACGGTAC GTTTACGTAT
TATGTTAGTC AGTCGATAAG TGGTTGCGAG GGACCCCGGG CACCTGTTAC GGTTATTGTG
AAACCGATGC CAACGGCGCC GAGCGTTACG TCTACCCTGA TCAATACCTG TCTGAATGCT
CCGCCCGTAG CACTGGGTGC CACCCCATCG GGCGGAGGAA CCCTTAACTG GTATACCAGT
CAATCGGGGG GTGTTTCAAC GGCTACCGCC CCCTTGCCGC CTACAAATCA GGAAGGTACG
TTGATGTACT ATGTTAGTCA GACGGTAAAC GGTTGTGAAG GTTCCCGCAC GGCCATTACC
GTTGTTGTCA GGGGGCTGCC CGTTGCTCCG GGTGTCAGTG CGACCCCCAT AGTCTATTGC
CAGGGCACTA CGGCTGTAGC GCTAACCGCT ACGCCGACAA ACGGTGCTAC GCTGAACTGG
TACAGCTCAT CGCCCGGCAG TGTTGCTTCG ACCGTAGCGC CCACGCCGTC AACGACCACC
ACCGGCATAT TTACGTACTA CGTGAGTCAA AGTATGAACG GGTGTGAAGG GCCAAAGGCT
CCCATTGTGG TACTCATTCA GGGAACGCCG ACGGCCCCAT CGGTTGGCAG CGGGCAACTC
TACTGCCAGG GTGGGGCTGC TACGCCCGTG TCGGCTACGG CGTCGCCGGG TGGCGTACTA
AACTGGTACA CCACCCCAAC AGGCGGAAAC TCCTCGCTAA CGCCACCCAC GCCGGCATTG
ACCGGTACGG GTACTGTCCT CTATTACGTG AGTCAAAGTA TGAACGGGTG CGAAGGACCA
CGCGCCACCG TAACCGTAAC GATTAAGTCG GCCCCACCCG CTCCTACGGT AGGGGTATCT
CCGGCCTTTT GTCAGGGTAC TACCGCCAGT CAGTTAGTCG CGATTCCGTC GCCGGGGGGA
ACCCTGAACT GGTACACGGC GCAAACGGGT GGATCGGGAT CATCGGTGGC ACCCATTCCG
GCAACCAGTA GTGCTGGTAC CGTGGTGTAT TATGTCAGCC AGACAGACAT CACCGGTTGT
GAGAGTAACC GGGCATCCGT AACGGTGAAG ATTAATGCAT TGCCAACGTC GCCCACAACG
GCGTCGGTCA GTTACTGTCA GGGTGCTACT GCCGTTCCCT TGTCTGCGCT GGCCAATACT
GGCAGCACGT TAAACTGGTA CACTGCCCAG ACCGGCGGAA CCGCATCCAG CGTTGCTCCG
GTGCCGGTTA CGACGAGTAG CGGTGTCAAT ACATACTTTG TCAGCCAGAC AGATGCCAAT
GGTTGCGAAA GTACCCGAAG CCTCCTGCTG GTTGTCGTTC AGGCAACACC CGCTGCTCCG
TCCGTTACGC CACTGGCGCC CGTCTGTCAG AATAGCGTTC CTGTTGTGCT GCAAGCGGCC
GGTCAGAATC TAAAATGGTA TGCCGATGCA ACCTCCGCAA ATAGTATCGG TAATTCGGTA
ACTGTATCGA CAGTTCAGGC CGGACCCTAT TCGTACTACG TCAGCCAGAC CGTCAACCAG
TGCGAGAGCC CACGGGCGTT GGTTCAGGGC GTGGTCAATG CGCTACCGCT TCCACCAACC
GTTGCCAATA TAAACGTTTG TCAGGATGCG CCGACCCAGC CACTTACTGC CGTTGGAATA
GCCCTGCAGT GGTTCGATAG TAGCGATAGC CCGATTCCGG TCCCTACACC AGTAACGAAG
GTTGATGTGA ACCAGACGTA TATCTACAAG GTAAGCCAAA CCGTCAGCGG GTGTACCAGT
GCCAAAGCAA CCATGGTTTA TACGGTCAAC GTGACGCCAC CACCAACGGT TGTGACGCCT
GTTGCATACT GCCAGAATGC CGTTGCCAAG CCGTTACAGG CAACCGGAAG CAGCTTACGC
TGGTATAGCC CGGCCGGGGC CGTTACCACA GTGGCTCCCA CTCCGCCTAC CACCGTTGTA
ACAGCAGGTG CCAGCTATTC TGTCAGTCAA TTGAACTCGC TGGGTTGCGA AAGCCGTAAA
TCAGAAATCA AGGTTACCAT CAACGCATTA CCCACTGCCC GGCTGGAAGG AACGACAGCC
GTTAGCCTGG GTAATTCAGC GATTCTTTCG CTGACGCTCA CCGGAACAGG GCCTTACAGC
TATGTCATGT CTGACGGAGC CGTTGGTACG GCCGAAACAA GCGTCAGTTC TGACATTACC
GTCAGCAAAA TAACCGTTAC GCCCAGCACC ACAACCAGTT ATTCTGTCGT GAGTGTTACT
AATGCCTGCG GTAATGGTAC GGTAAGCGGT GTTGCCACGG TATCCGTGCA AGTGCCTTCT
GTTCTAACCG GTGTGCTGGG GTCATCATCC ATCTGTACGG GAACCTTACT GACCGTACCA
TTTTCGACAT CCGGCAAGTT TACGGATGCT AACACCTTCG TGGTCGAGAT TGCCGGAGCA
ACCGGCGATT CGCTGAGCCG CCGGTACACG CCCATTGCCA ACGGCTTACT ACAGGGAAAC
ACGATTGTAA CGACCATCCC CAATACGGTG GCTGCCGGAC TTTATTACAT TCGGGTGAGT
GCCACAAACG CCCCCTATGC CGTTCCGGGT ATCCGAAGCC CAACCTTGCT GACGGTTAAG
GCCTTGCCAA CGGCGTCGTT CAGTGCGAGC AAGAGGTTAA TTTATAAGGG AGAAAGTACC
GACCTGCTGT TTACCTTATC CGGTGATGCG CCCTGGAGTG TTTCGTACAC GGCTGGTTCG
GAGGGTAGGT CTGTCTCGGC AACGAAAAAT CTGTTCCCGG TGAGTGTTTC ACCCACTGCC
ACGACGACCT ACAAGCTGTG GTCGGTTTCG AATGGCTGCG GTGTCGGTAG AGTTGAAGGC
GTCGATACCA CCACCATTCG GGTTGATGTC TTGCTGGCCG AAGCCGATCC TTTTGGGAAT
TCGGTGAAGG TATATCCGGT TCCGGCCGAT GAAGTGGTTA CGGTTGATAT TGATCTTCCG
CTGCAAAAAG AACCTGCCCA GTTACAGCTG ATTGGTTTCG ACGGACACGT AGCCGAGCAG
TTGTTGACCC GGCAAAAGCA GACAAGCCTT CCTTTGGACA AGGTATCTGC CGGAACGTAT
CTGCTGCATA TCACTATCGG GAATAAAACA ACGGTGCGTA AGATTTTAAA AAGGTAA
|
|---|
| Protein sequence | MALPVRIFVL LLIGLLSLSK PSQAQIVVTS VAPNPVCPGA KITATFVTAS TAQKTLTILL
FKSGVSGSTR LSPTTTTNSV VGTIEAVIPQ TTTAGSYYIQ IQQEVTSPTA STILSNASSQ
FTVNAIPAPP SVANVTYCQG QTSSPLSATA SGSGGTLNWY DPSGNPLGAA PTPPTAIPGN
TIFSVSQTTN GCESDKVFLT VTINGKPAVA GTTNLSVCQN STPVSLLSAV TATGTLKWYT
GPVGGTGSTS TPTLVTNAAG STTYYVTQTD ANGCESDRAS ITYTVVGLPV APAVSPVSVT
YCQDVTAVPL VATPSNNGTL NWYFVAVGGT SVPSLTPSTA ASANYYVSQT VAGCEGPRAT
LRVSINAKPD KPAVMAPIAY CQDAISTALS ATVATGNYSL RWYGTDATGG TGSTLAPIPK
TDTPGLFNYF VTQRDPVGCE SDRASIPVTV NPRPAAPATT DITACQNTTP VSLLSAVTAT
GALTWYTAPT GGGALSGTPI LSTTAVGVSA YYVSQTSAEG CESDRASIKY TVLSLPVTPT
VSGSPLFYCQ NATPANFVAT AAGTLKWYTT LTGTVPLVSP VPSTSVAGTA TYYVSQTDGN
GCESPRASLT VVTSSRPALP AVVLLPAYCL NAVPASLSAT ALSSNTLRWY GTSETSGTAS
VTPSVPATNN AGSFSYYVSQ VDGNGCESDR AVIPVTVNAL PSAPTTSPIG ICQNATVPLI
TSAVSAAGSL KWYTSPVSSA SVVAPTLASS SVGSVTYYVT QTDANGCESS QSSVLVTVKP
LPAAPVVPTS PIILCQSSVA APLSATGTGT LVWYDPAGNT FSSLTPSTAT VAPSTYKVSQ
IVDGCEGPTA SITVIVIAKP NLPTLTVPGP YCQFETPAQL SATGLNLKWF TDPVGGTFST
VAPTPSASTP GTTTYYVTQT DGNGCESDRA PIAVRVKVKP APPGTAPISF CANQVTTLTA
TTVTGGALTW YGTDPIAGTP TSTAPIPGTT VIGAPVSYYV SQTVESCESD KAAIAVTILG
LPVAPTVSAA PVVYCQGAAS VPLSATGTGT LNWYTVQTGG TASAAAPVPQ TGNPTTTYYY
VSQTVNGCEG PRATIAVTIN PKPVQPLVTP TVVYCQNAVA TVLAASAPGL LRWYADATGS
TVIPTPTPST ATPGGTTYYV SQTDGNGCES DRASIAVSVV ATPVAPATST FILCQNSVSV
PLTATPAAGG VLNWYTDPSG GVGSSAAPIP STAQDGTFTY YVSQSISGCE GPRAPVTVIV
KPMPTAPSVT STLINTCLNA PPVALGATPS GGGTLNWYTS QSGGVSTATA PLPPTNQEGT
LMYYVSQTVN GCEGSRTAIT VVVRGLPVAP GVSATPIVYC QGTTAVALTA TPTNGATLNW
YSSSPGSVAS TVAPTPSTTT TGIFTYYVSQ SMNGCEGPKA PIVVLIQGTP TAPSVGSGQL
YCQGGAATPV SATASPGGVL NWYTTPTGGN SSLTPPTPAL TGTGTVLYYV SQSMNGCEGP
RATVTVTIKS APPAPTVGVS PAFCQGTTAS QLVAIPSPGG TLNWYTAQTG GSGSSVAPIP
ATSSAGTVVY YVSQTDITGC ESNRASVTVK INALPTSPTT ASVSYCQGAT AVPLSALANT
GSTLNWYTAQ TGGTASSVAP VPVTTSSGVN TYFVSQTDAN GCESTRSLLL VVVQATPAAP
SVTPLAPVCQ NSVPVVLQAA GQNLKWYADA TSANSIGNSV TVSTVQAGPY SYYVSQTVNQ
CESPRALVQG VVNALPLPPT VANINVCQDA PTQPLTAVGI ALQWFDSSDS PIPVPTPVTK
VDVNQTYIYK VSQTVSGCTS AKATMVYTVN VTPPPTVVTP VAYCQNAVAK PLQATGSSLR
WYSPAGAVTT VAPTPPTTVV TAGASYSVSQ LNSLGCESRK SEIKVTINAL PTARLEGTTA
VSLGNSAILS LTLTGTGPYS YVMSDGAVGT AETSVSSDIT VSKITVTPST TTSYSVVSVT
NACGNGTVSG VATVSVQVPS VLTGVLGSSS ICTGTLLTVP FSTSGKFTDA NTFVVEIAGA
TGDSLSRRYT PIANGLLQGN TIVTTIPNTV AAGLYYIRVS ATNAPYAVPG IRSPTLLTVK
ALPTASFSAS KRLIYKGEST DLLFTLSGDA PWSVSYTAGS EGRSVSATKN LFPVSVSPTA
TTTYKLWSVS NGCGVGRVEG VDTTTIRVDV LLAEADPFGN SVKVYPVPAD EVVTVDIDLP
LQKEPAQLQL IGFDGHVAEQ LLTRQKQTSL PLDKVSAGTY LLHITIGNKT TVRKILKR
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