78 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
PputGB1_0083  CDS  NC_010322  90257  91189  -  933  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_001666335  normal  0.417966  decreased coverage  0.00000000000000611556  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0084  CDS  NC_010322  91250  91756  -  507  peptide deformylase  YP_001666336  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0085  CDS  NC_010322  91963  93060  +  1098  DNA protecting protein DprA  YP_001666337  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0302  CDS  NC_010322  352081  353286  -  1206  hypothetical protein  YP_001666551  decreased coverage  0.000000220682  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0336  CDS  NC_010322  388484  389254  +  771  electron transfer flavoprotein alpha/beta-subunit  YP_001666585  decreased coverage  0.00000000000035876  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0435  CDS  NC_010322  507526  510324  -  2799  organic solvent tolerance protein  YP_001666682  decreased coverage  0.00337227  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0466  CDS  NC_010322  540864  542063  +  1200  tyrosyl-tRNA synthetase  YP_001666713  decreased coverage  0.000000000141551  normal  0.218715  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0470  CDS  NC_010322  550458  551651  +  1194  elongation factor Tu  YP_001666717  decreased coverage  0.00495731  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0471  CDS  NC_010322  551826  552194  +  369  preprotein translocase subunit SecE  YP_001666718  decreased coverage  0.00697351  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0483  CDS  NC_010322  568379  568690  +  312  30S ribosomal protein S10  YP_001666730  decreased coverage  0.000151275  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0498  CDS  NC_010322  575185  575577  +  393  30S ribosomal protein S8  YP_001666745  decreased coverage  0.000000149249  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0590  CDS  NC_010322  665804  667324  -  1521  aldehyde dehydrogenase  YP_001666837  decreased coverage  0.00363947  normal  0.154407  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0642  CDS  NC_010322  729468  730961  +  1494  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  YP_001666889  hitchhiker  0.00000000457228  decreased coverage  0.0000167809  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0891  CDS  NC_010322  1022096  1022296  +  201  FeS assembly protein IscX  YP_001667137  normal  1  decreased coverage  0.0000000154478  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0892  CDS  NC_010322  1022385  1022810  +  426  nucleoside diphosphate kinase  YP_001667138  normal  1  decreased coverage  0.0000000198835  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0895  CDS  NC_010322  1024757  1025791  +  1035  XRE family transcriptional regulator  YP_001667141  normal  1  decreased coverage  0.0000000331112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0989  CDS  NC_010322  1125326  1125814  -  489  RDD domain-containing protein  YP_001667235  decreased coverage  0.00320129  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1187  CDS  NC_010322  1346151  1346399  -  249  transcriptional regulator PrtN, putative  YP_001667431  decreased coverage  0.000000000000326709  normal  0.224267  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1229  CDS  NC_010322  1380985  1382043  +  1059  hypothetical protein  YP_001667472  normal  1  decreased coverage  0.00000000000235297  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1230  CDS  NC_010322  1382108  1382590  +  483  CinA domain-containing protein  YP_001667473  normal  1  decreased coverage  0.00000000000125807  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1231  CDS  NC_010322  1382694  1383761  +  1068  recombinase A  YP_001667474  normal  1  decreased coverage  0.00000000000176903  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1307  CDS  NC_010322  1462524  1462964  +  441  hypothetical protein  YP_001667550  decreased coverage  0.0000000000000504633  normal  0.282911  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1381  CDS  NC_010322  1544866  1545771  +  906  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  YP_001667624  normal  1  decreased coverage  0.000309254  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1404  CDS  NC_010322  1575478  1576068  -  591  isochorismatase hydrolase  YP_001667647  decreased coverage  0.00231254  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1481  CDS  NC_010322  1663680  1666940  -  3261  ribonuclease  YP_001667722  decreased coverage  0.00984617  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1574  CDS  NC_010322  1773361  1774440  +  1080  hypothetical protein  YP_001667815  decreased coverage  0.00346083  normal  0.58422  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1599  CDS  NC_010322  1805810  1806376  +  567  RNA polymerase sigma factor SigX  YP_001667840  hitchhiker  0.000000868927  decreased coverage  0.00213094  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1600  CDS  NC_010322  1806488  1807522  +  1035  OmpF family protein  YP_001667841  hitchhiker  0.0000000517848  decreased coverage  0.00289016  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_1741  CDS  NC_010322  1956693  1957604  +  912  hypothetical protein  YP_001667980  normal  1  decreased coverage  0.00000000000197568  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2127  CDS  NC_010322  2376209  2377852  +  1644  acetolactate synthase  YP_001668364  normal  0.240788  decreased coverage  0.000000336537  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2178  CDS  NC_010322  2427029  2429281  +  2253  multi-sensor hybrid histidine kinase  YP_001668415  decreased coverage  0.00477296  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2538  CDS  NC_010322  2850672  2851808  -  1137  acyl-CoA dehydrogenase type 2  YP_001668773  normal  0.844573  decreased coverage  0.00557828  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2539  CDS  NC_010322  2852019  2852909  -  891  LysR family transcriptional regulator  YP_001668774  normal  1  decreased coverage  0.00516112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2543  CDS  NC_010322  2855207  2856181  +  975  hypothetical protein  YP_001668778  normal  0.393427  decreased coverage  0.00552754  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2544  CDS  NC_010322  2856287  2857174  +  888  pirin domain-containing protein  YP_001668779  normal  1  decreased coverage  0.0054252  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2568  CDS  NC_010322  2884449  2885411  +  963  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  YP_001668803  decreased coverage  0.00217021  normal  0.110427  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2604  CDS  NC_010322  2924234  2924881  +  648  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  YP_001668839  normal  0.526451  decreased coverage  0.0032525  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2754    NC_010322  3089193  3091398  -  2206      decreased coverage  0.000272762  normal  0.589094  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2829  CDS  NC_010322  3173974  3174309  -  336  hypothetical protein  YP_001669059  decreased coverage  0.00084686  normal  0.0916172  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_2830  CDS  NC_010322  3174377  3174907  -  531  acetyltransferase  YP_001669060  decreased coverage  0.00579309  normal  0.0978513  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3069  CDS  NC_010322  3423216  3424166  -  951  AraC family transcriptional regulator  YP_001669297  decreased coverage  0.00244653  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3121  CDS  NC_010322  3495412  3496575  -  1164  iron-containing alcohol dehydrogenase  YP_001669349  decreased coverage  0.00478821  normal  0.275447  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3400  CDS  NC_010322  3837134  3837988  -  855  prophage antirepressor  YP_001669627  decreased coverage  0.00000183753  unclonable  1.97476e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3440  CDS  NC_010322  3859901  3860758  -  858  prophage antirepressor  YP_001669667  decreased coverage  0.0000000000105678  unclonable  9.66468e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3518  CDS  NC_010322  3923185  3924480  +  1296  FAD dependent oxidoreductase  YP_001669745  decreased coverage  0.00768036  normal  0.224647  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3540  CDS  NC_010322  3943722  3944024  +  303  hypothetical protein  YP_001669767  normal  1  decreased coverage  0.00970337  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3541  CDS  NC_010322  3944032  3944202  +  171  hypothetical protein  YP_001669768  normal  0.943177  decreased coverage  0.00953564  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3615  CDS  NC_010322  4015767  4016021  +  255  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  YP_001669842  decreased coverage  0.00635954  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3666  CDS  NC_010322  4081010  4081663  -  654  XRE family transcriptional regulator  YP_001669893  hitchhiker  0.00000000100264  decreased coverage  0.0000000000010366  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3667  CDS  NC_010322  4081794  4082108  +  315  hypothetical protein  YP_001669894  hitchhiker  0.00000000000951062  decreased coverage  0.00000000000750539  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3668  CDS  NC_010322  4082541  4083056  +  516  sigma-70 region 4 type 2  YP_001669895  hitchhiker  0.00000000155217  decreased coverage  0.0000000000111348  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3669  CDS  NC_010322  4083218  4084471  +  1254  arsenical pump membrane protein  YP_001669896  hitchhiker  0.000000751712  decreased coverage  0.0000000000221941  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3722  CDS  NC_010322  4139007  4140614  +  1608  ABC transporter related  YP_001669948  decreased coverage  0.00680128  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3856  CDS  NC_010322  4301002  4301784  +  783  hypothetical protein  YP_001670082  decreased coverage  0.00178481  normal  0.564772  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3892  CDS  NC_010322  4338465  4338920  -  456  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  YP_001670118  decreased coverage  0.00332618  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_3894  CDS  NC_010322  4339090  4339857  -  768  heme exporter protein CcmC  YP_001670120  decreased coverage  0.00141709  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4002  CDS  NC_010322  4455020  4456087  -  1068  RNA-binding S4 domain-containing protein  YP_001670228  normal  1  decreased coverage  0.0000006993  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4003  CDS  NC_010322  4456361  4457131  -  771  segregation and condensation protein B  YP_001670229  normal  0.577747  decreased coverage  0.000000530322  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4004  CDS  NC_010322  4457118  4457963  -  846  chromosome segregation and condensation protein ScpA  YP_001670230  normal  1  decreased coverage  0.000000471575  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4005  CDS  NC_010322  4457969  4458634  -  666  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  YP_001670231  normal  1  decreased coverage  0.000000384019  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4006  CDS  NC_010322  4458612  4459472  -  861  phosphotransferase domain-containing protein  YP_001670232  normal  1  decreased coverage  0.00000044787  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4170  CDS  NC_010322  4664438  4664818  +  381  hypothetical protein  YP_001670394  decreased coverage  0.0000000000000403496  normal  0.117669  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4447  CDS  NC_010322  4981016  4981867  -  852  formyltetrahydrofolate deformylase  YP_001670671  hitchhiker  0.00000000794151  decreased coverage  0.00000544491  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4448  CDS  NC_010322  4982139  4982516  +  378  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  YP_001670672  decreased coverage  0.0000000000000222895  hitchhiker  0.00000983981  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4449  CDS  NC_010322  4982589  4984022  -  1434  exonuclease I  YP_001670673  decreased coverage  0.0000000000484535  hitchhiker  0.0000188223  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4490  CDS  NC_010322  5023783  5024244  -  462  FxsA  YP_001670712  decreased coverage  0.00316913  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4506  CDS  NC_010322  5041609  5042520  -  912  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_001670728  decreased coverage  0.0000000422778  normal  0.536505  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4507  CDS  NC_010322  5042633  5043829  -  1197  cell division protein FtsZ  YP_001670729  decreased coverage  0.000000253019  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4746  CDS  NC_010322  5304732  5306126  -  1395  restriction endonuclease EcoRII  YP_001670968  decreased coverage  0.00392459  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4777  CDS  NC_010322  5342926  5343840  +  915  histone deacetylase superfamily protein  YP_001670999  decreased coverage  0.000000000000599986  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4919  CDS  NC_010322  5486897  5487613  -  717  ABC transporter related  YP_001671139  hitchhiker  0.0000000000800081  decreased coverage  0.0000000000000903598  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4920  CDS  NC_010322  5487610  5488485  -  876  ABC transporter related  YP_001671140  hitchhiker  0.00000108293  decreased coverage  0.000000000000110275  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_4921  CDS  NC_010322  5488482  5489783  -  1302  inner-membrane translocator  YP_001671141  normal  0.0573712  decreased coverage  0.000000000000182248  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_5336  CDS  NC_010322  5960168  5961379  +  1212  bifunctional phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate synthase  YP_001671553  normal  1  decreased coverage  0.00359734  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_5337  CDS  NC_010322  5961385  5961840  +  456  deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase  YP_001671554  normal  1  decreased coverage  0.0025141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_5338  CDS  NC_010322  5961952  5963352  +  1401  phosphomannomutase  YP_001671555  normal  1  decreased coverage  0.00384224  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_5396  CDS  NC_010322  6024260  6025675  -  1416  pyruvate carboxylase subunit A  YP_001671613  normal  1  decreased coverage  0.00770479  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_R0020  tRNA  NC_010322  551706  551781  +  76  tRNA-Trp    decreased coverage  0.00786701  normal  1  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>