48 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Vapar_0019  CDS  NC_012791  18522  19796  -  1275  glycosyl transferase family 51  YP_002941948  decreased coverage  0.00362252  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_0020  CDS  NC_012791  19807  20376  -  570  hypothetical protein  YP_002941949  decreased coverage  0.00154703  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_0110  CDS  NC_012791  110587  111351  -  765  2-oxopent-4-enoate hydratase  YP_002942039  decreased coverage  0.00322536  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_0278  CDS  NC_012791  298699  299382  +  684  orotate phosphoribosyltransferase  YP_002942207  decreased coverage  0.00941975  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_0279  CDS  NC_012791  299393  300079  +  687  hypothetical protein  YP_002942208  decreased coverage  0.00278726  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_0838  CDS  NC_012791  923636  924634  -  999  hypothetical protein  YP_002942757  decreased coverage  0.0037307  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_0839  CDS  NC_012791  924672  925880  -  1209  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  YP_002942758  decreased coverage  0.00466449  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_0924  CDS  NC_012791  1018306  1019526  +  1221  cell division protein FtsZ  YP_002942841  decreased coverage  0.00449879  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_1094  CDS  NC_012791  1198925  1199923  +  999  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  YP_002943011  decreased coverage  0.00802536  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_1095  CDS  NC_012791  1199980  1200912  +  933  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  YP_002943012  decreased coverage  0.00721185  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_1342  CDS  NC_012791  1458825  1459514  -  690  GntR domain protein  YP_002943259  decreased coverage  0.00721185  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_1343  CDS  NC_012791  1459616  1461859  -  2244  penicillin-binding protein 1C  YP_002943260  decreased coverage  0.00458316  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_2296  CDS  NC_012791  2455858  2456781  +  924  hypothetical protein  YP_002944190  decreased coverage  0.00770996  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_2451  CDS  NC_012791  2603132  2603551  -  420  transcriptional regulator, XRE family  YP_002944343  decreased coverage  0.0000925763  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_2452  CDS  NC_012791  2603697  2603942  +  246  hypothetical protein  YP_002944344  decreased coverage  0.0000933973  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_2453  CDS  NC_012791  2604119  2604601  +  483  hypothetical protein  YP_002944345  decreased coverage  0.000141524  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_2630  CDS  NC_012791  2775231  2775950  -  720  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  YP_002944521  decreased coverage  0.00642792  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_2659  CDS  NC_012791  2803665  2804609  -  945  Adenosylhomocysteine nucleosidase  YP_002944550  decreased coverage  0.00656032  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_2680  CDS  NC_012791  2823883  2824686  -  804  phospholipid/glycerol acyltransferase  YP_002944571  decreased coverage  0.00706693  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_2814  CDS  NC_012791  2960090  2961082  +  993  transcriptional regulator, AraC family  YP_002944700  decreased coverage  0.00480171  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_2825  CDS  NC_012791  2970551  2971243  +  693  hypothetical protein  YP_002944711  decreased coverage  0.00604868  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_2826  CDS  NC_012791  2971257  2973608  -  2352  putative phosphoketolase  YP_002944712  decreased coverage  0.0035882  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_3026  CDS  NC_012791  3184943  3186019  -  1077  Inositol phosphatase/fructose-16-bisphosphatase  YP_002944911  decreased coverage  0.00242569  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_3027  CDS  NC_012791  3186038  3186769  -  732  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  YP_002944912  decreased coverage  0.00159379  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_3207  CDS  NC_012791  3383997  3385538  -  1542  hypothetical protein  YP_002945091  decreased coverage  0.00101679  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_3208  CDS  NC_012791  3385753  3386724  +  972  aldo/keto reductase  YP_002945092  decreased coverage  0.00561471  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_3286  CDS  NC_012791  3460213  3461565  +  1353  histidine kinase  YP_002945170  decreased coverage  0.00148382  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_3604  CDS  NC_012791  3810567  3810932  +  366  hypothetical protein  YP_002945487  decreased coverage  0.00421282  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_3605  CDS  NC_012791  3811018  3812526  -  1509  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  YP_002945488  decreased coverage  0.00599235  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_3757  CDS  NC_012791  3975177  3976565  -  1389  glutamyl-tRNA synthetase  YP_002945639  decreased coverage  0.00456424  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_3895  CDS  NC_012791  4127085  4127978  -  894  amidohydrolase 2  YP_002945775  decreased coverage  0.00259115  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_3896  CDS  NC_012791  4127988  4129181  -  1194  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  YP_002945776  decreased coverage  0.00515668  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_3939  CDS  NC_012791  4178674  4179732  +  1059  NAD-dependent epimerase/dehydratase  YP_002945819  decreased coverage  0.0000297127  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_3940  CDS  NC_012791  4179749  4181005  +  1257  hypothetical protein  YP_002945820  decreased coverage  0.0000344769  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_4339  CDS  NC_012791  4584525  4585586  -  1062  A/G-specific adenine glycosylase  YP_002946216  decreased coverage  0.00948332  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_4911  CDS  NC_012791  5221156  5221491  -  336  50S ribosomal protein L23  YP_002946781  decreased coverage  0.0000771327  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_4912  CDS  NC_012791  5221488  5222108  -  621  50S ribosomal protein L4  YP_002946782  decreased coverage  0.0000142333  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5054  CDS  NC_012791  5371802  5372170  -  369  50S ribosomal protein L18  YP_002946922  decreased coverage  0.00315198  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5180  CDS  NC_012791  5504045  5504554  -  510  fimbrial protein pilin  YP_002947048  decreased coverage  0.0088813  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5248  CDS  NC_012791  5569490  5570863  +  1374  Amidase  YP_002947116  decreased coverage  0.0000283595  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5249  CDS  NC_012791  5570972  5571394  +  423  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  YP_002947117  decreased coverage  0.0000066738  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5372  CDS  NC_012792  78440  79318  -  879  malonate decarboxylase subunit beta  YP_002947240  decreased coverage  0.00542603  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5576  CDS  NC_012792  283708  284217  +  510  aspartate/ornithine carbamoyltransferase carbamoyl-P binding domain protein  YP_002947434  decreased coverage  0.000178756  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5577  CDS  NC_012792  284502  284924  -  423  UspA domain protein  YP_002947435  decreased coverage  0.00018626  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5578  CDS  NC_012792  285037  285690  +  654  transport-associated  YP_002947436  decreased coverage  0.00026661  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5649  CDS  NC_012792  355210  355902  +  693  hypothetical protein  YP_002947507  decreased coverage  0.00621516  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5650  CDS  NC_012792  355918  356829  -  912  transcriptional regulator, LysR family  YP_002947508  decreased coverage  0.00706693  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Vapar_5806  CDS  NC_012792  510914  513112  +  2199  para-aminobenzoate synthase, subunit I  YP_002947661  decreased coverage  0.00431194  n/a    Variovorax paradoxus S110  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>