88 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Tneu_0024  CDS  NC_010525  16196  17110  +  915  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  YP_001793428  normal  1  decreased coverage  0.00458204  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0027  CDS  NC_010525  19322  20806  +  1485  type II secretion system protein E  YP_001793431  normal  1  decreased coverage  0.00644516  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0028  CDS  NC_010525  20784  20996  +  213  hypothetical protein  YP_001793432  normal  1  decreased coverage  0.00345108  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0029  CDS  NC_010525  20993  21505  +  513  hypothetical protein  YP_001793433  normal  1  decreased coverage  0.00385043  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0030  CDS  NC_010525  21573  23057  +  1485  7-cyano-7-deazaguanine tRNA-ribosyltransferase  YP_001793434  normal  1  decreased coverage  0.00267485  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0035  CDS  NC_010525  26090  26548  +  459  PUA domain-containing protein  YP_001793439  normal  1  decreased coverage  0.00396797  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0036  CDS  NC_010525  26514  26795  -  282  hypothetical protein  YP_001793440  normal  1  decreased coverage  0.00385043  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0037  CDS  NC_010525  26779  27072  -  294  hypothetical protein  YP_001793441  normal  1  decreased coverage  0.00382776  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0038  CDS  NC_010525  27171  27413  +  243  like-Sm ribonucleoprotein core  YP_001793442  normal  1  decreased coverage  0.00385043  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0068  CDS  NC_010525  63169  64923  +  1755  ATP-dependent DNA ligase  YP_001793472  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0099  CDS  NC_010525  84911  86218  -  1308  hypothetical protein  YP_001793503  normal  0.428389  decreased coverage  0.00133655  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0100  CDS  NC_010525  86321  86665  -  345  hypothetical protein  YP_001793504  normal  0.704111  decreased coverage  0.000890686  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0101  CDS  NC_010525  86789  87598  -  810  hypothetical protein  YP_001793505  normal  1  decreased coverage  0.00117454  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0102  CDS  NC_010525  87617  88549  +  933  prephenate dehydratase  YP_001793506  normal  1  decreased coverage  0.00124161  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0183  CDS  NC_010525  161865  163280  +  1416  glycoside hydrolase family protein  YP_001793585  decreased coverage  0.00355516  normal  0.949853  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0302  CDS  NC_010525  262119  263099  +  981  hypothetical protein  YP_001793699  decreased coverage  0.00317045  normal  1  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0303  CDS  NC_010525  263085  263327  -  243  hypothetical protein  YP_001793700  decreased coverage  0.00345197  normal  1  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0304  CDS  NC_010525  263388  263966  -  579  hypothetical protein  YP_001793701  decreased coverage  0.0060073  normal  1  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0330  CDS  NC_010525  285805  286572  +  768  ABC transporter related  YP_001793727  normal  1  decreased coverage  0.00533826  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0335  CDS  NC_010525  290400  290591  -  192  iron dependent repressor  YP_001793731  normal  0.127848  decreased coverage  0.00440763  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0336  CDS  NC_010525  290609  291265  -  657  uroporphyrin-III C/tetrapyrrole methyltransferase  YP_001793732  normal  0.246929  decreased coverage  0.00542605  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0341  CDS  NC_010525  295902  297317  -  1416  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_001793737  normal  1  decreased coverage  0.00798095  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0450  CDS  NC_010525  407130  408134  +  1005  arsenite-transporting ATPase  YP_001793843  decreased coverage  0.0025028  hitchhiker  0.000316077  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0471  CDS  NC_010525  426882  428483  -  1602  hypothetical protein  YP_001793864  normal  0.0692558  decreased coverage  0.00000000612882  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0475  CDS  NC_010525  431102  432079  -  978  hypothetical protein  YP_001793868  hitchhiker  0.0000128287  decreased coverage  0.00000000392737  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0476  CDS  NC_010525  432183  432746  -  564  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  YP_001793869  hitchhiker  0.0000000424629  decreased coverage  0.00000000283912  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0477  CDS  NC_010525  432736  433575  -  840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  YP_001793870  unclonable  0.0000000000065602  decreased coverage  0.00000000361225  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0478  CDS  NC_010525  433575  434537  -  963  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  YP_001793871  unclonable  0.00000000000851226  decreased coverage  0.0000000042699  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0479  CDS  NC_010525  434534  435496  -  963  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  YP_001793872  hitchhiker  0.00000000331909  decreased coverage  0.00000000439199  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0480  CDS  NC_010525  435594  436580  -  987  glycosyl transferase family protein  YP_001793873  hitchhiker  0.0000000579752  decreased coverage  0.00000000509358  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0481  CDS  NC_010525  436577  437929  -  1353  hypothetical protein  YP_001793874  hitchhiker  0.0000175856  decreased coverage  0.00000000723889  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0482  CDS  NC_010525  437944  440370  -  2427  hypothetical protein  YP_001793875  hitchhiker  0.000724733  decreased coverage  0.0000000163201  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0514  CDS  NC_010525  465991  466911  +  921  glycosyl transferase family protein  YP_001793903  decreased coverage  0.000423295  normal  0.0420036  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0552  CDS  NC_010525  503870  504793  -  924  phosphate ABC transporter, inner membrane subunit PstC  YP_001793941  hitchhiker  0.000932334  decreased coverage  0.000000613799  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0553  CDS  NC_010525  504830  506011  -  1182  phosphate ABC transporter, periplasmic phosphate-binding protein  YP_001793942  decreased coverage  0.000044949  decreased coverage  0.000000729541  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0554    NC_010525  506564  507503  -  940      hitchhiker  0.000194226  decreased coverage  0.000000786204  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0579  CDS  NC_010525  529648  530511  -  864  CRISPR-associated RAMP Csa1 family protein  YP_001793967  decreased coverage  0.000306533  normal  0.121331  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0782  CDS  NC_010525  701368  702069  +  702  NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent  YP_001794167  decreased coverage  0.00638916  normal  0.0859094  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0942  CDS  NC_010525  835883  836134  -  252  hypothetical protein  YP_001794324  normal  0.616483  decreased coverage  0.00002656  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0943  CDS  NC_010525  836439  836648  -  210  hypothetical protein  YP_001794325  normal  1  decreased coverage  0.000026157  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0944  CDS  NC_010525  836670  838088  -  1419  hypothetical protein  YP_001794326  normal  1  decreased coverage  0.0000501517  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0951  CDS  NC_010525  842184  843380  -  1197  SufBD protein  YP_001794332  decreased coverage  0.0000136681  hitchhiker  0.000156509  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0954  CDS  NC_010525  844606  845508  +  903  5-oxopent-3-ene-1,2,5-tricarboxylate decarboxylase  YP_001794335  hitchhiker  0.000102925  decreased coverage  0.000040812  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0955  CDS  NC_010525  845509  846243  -  735  hypothetical protein  YP_001794336  hitchhiker  0.00154213  decreased coverage  0.0000361485  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0956  CDS  NC_010525  846436  846846  +  411  hypothetical protein  YP_001794337  hitchhiker  0.00830325  decreased coverage  0.0000302233  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0957  CDS  NC_010525  846867  847877  +  1011  delta-aminolevulinic acid dehydratase  YP_001794338  normal  0.283226  decreased coverage  0.0000405036  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1003  CDS  NC_010525  895248  895592  +  345  hypothetical protein  YP_001794381  decreased coverage  0.0000000017414  hitchhiker  0.000590209  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1007  CDS  NC_010525  899278  900735  +  1458  extracellular solute-binding protein  YP_001794385  normal  0.256846  decreased coverage  0.000168852  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1008  CDS  NC_010525  900750  902552  -  1803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001794386  normal  1  decreased coverage  0.000236655  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1009  CDS  NC_010525  902549  903592  -  1044  ABC transporter related  YP_001794387  normal  1  decreased coverage  0.000145276  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1013  CDS  NC_010525  906561  908552  -  1992  hypothetical protein  YP_001794391  normal  0.655102  decreased coverage  0.0000918159  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1014  CDS  NC_010525  908545  909024  -  480  hypothetical protein  YP_001794392  normal  0.311282  decreased coverage  0.000120923  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1015  CDS  NC_010525  909043  909327  -  285  hypothetical protein  YP_001794393  normal  0.407528  decreased coverage  0.000115307  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1093  CDS  NC_010525  977897  979183  -  1287  periplasmic binding protein  YP_001794470  decreased coverage  0.00000816511  hitchhiker  0.00387756  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1094  CDS  NC_010525  979202  980446  -  1245  peptidase M16 domain-containing protein  YP_001794471  decreased coverage  0.00000467698  hitchhiker  0.00190333  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1104  CDS  NC_010525  987594  988043  +  450  hypothetical protein  YP_001794481  decreased coverage  0.000258976  hitchhiker  0.000179662  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1111  CDS  NC_010525  996792  997895  +  1104  methyltransferase type 11  YP_001794488  decreased coverage  0.0000134358  hitchhiker  0.0000106237  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1121  CDS  NC_010525  1006955  1007521  -  567  hypothetical protein  YP_001794498  hitchhiker  0.000000204347  decreased coverage  0.0000000000547229  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1122  CDS  NC_010525  1007543  1007920  -  378  paREP8  YP_001794499  hitchhiker  0.0000000749738  decreased coverage  0.0000000000491916  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1123  CDS  NC_010525  1007929  1010325  -  2397  hypothetical protein  YP_001794500  hitchhiker  0.00000327071  decreased coverage  0.000000000331797  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1124    NC_010525  1010569  1010938  -  370      hitchhiker  0.000000000163512  decreased coverage  0.0000000000597127  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1125  CDS  NC_010525  1011248  1013776  +  2529  hypothetical protein  YP_001794501  unclonable  0.000000357671  decreased coverage  0.000000000358503  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1126  CDS  NC_010525  1014506  1016020  +  1515  carbohydrate kinase, YjeF related protein  YP_001794502  hitchhiker  0.000000000609405  decreased coverage  0.000000000191646  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1143  CDS  NC_010525  1032527  1033516  +  990  hypothetical protein  YP_001794519  decreased coverage  0.000385352  hitchhiker  0.00000494945  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1144  CDS  NC_010525  1033513  1034073  +  561  hypothetical protein  YP_001794520  decreased coverage  0.000125974  hitchhiker  0.00000345687  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1145  CDS  NC_010525  1034039  1035640  -  1602  AAA ATPase  YP_001794521  decreased coverage  0.00264126  hitchhiker  0.0000264348  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1155    NC_010525  1047739  1048816  +  1078      decreased coverage  0.000220761  hitchhiker  0.000080413  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1276  CDS  NC_010525  1140910  1141770  -  861  TatD-related deoxyribonuclease  YP_001794649  decreased coverage  0.0000191053  normal  1  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1312  CDS  NC_010525  1171616  1173043  +  1428  thiamine biosynthesis protein ThiI  YP_001794685  decreased coverage  0.00281014  normal  0.313151  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1511  CDS  NC_010525  1343937  1344359  -  423  thioredoxin domain-containing protein  YP_001794881  decreased coverage  0.00655361  normal  1  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1548  CDS  NC_010525  1373672  1374949  -  1278  beta-lactamase domain-containing protein  YP_001794918  decreased coverage  0.00297769  normal  1  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1713  CDS  NC_010525  1506989  1508626  +  1638  hypothetical protein  YP_001795079  normal  0.0359775  decreased coverage  0.0000179146  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1714  CDS  NC_010525  1508705  1509334  -  630  hypothetical protein  YP_001795080  normal  0.0851661  decreased coverage  0.00000920939  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1715  CDS  NC_010525  1509313  1509627  -  315  hypothetical protein  YP_001795081  normal  0.191912  decreased coverage  0.00000707743  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1716  CDS  NC_010525  1509650  1510024  -  375  endoribonuclease L-PSP  YP_001795082  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1717  CDS  NC_010525  1510069  1510674  +  606  isochorismatase hydrolase  YP_001795083  normal  1  decreased coverage  0.00000789432  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1718    NC_010525  1510910  1511149  -  240      normal  0.859175  decreased coverage  0.00000624689  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1719    NC_010525  1512082  1512180  +  99      normal  0.072585  decreased coverage  0.00000569137  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1720  CDS  NC_010525  1512434  1513435  -  1002  putative RNA methylase  YP_001795084  normal  0.0118315  decreased coverage  0.000010347  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1721  CDS  NC_010525  1513478  1515034  +  1557  ATPase  YP_001795085  normal  0.0370491  decreased coverage  0.0000123614  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1722  CDS  NC_010525  1515031  1515810  +  780  methyltransferase type 11  YP_001795086  normal  0.0192579  decreased coverage  0.00000164865  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1723  CDS  NC_010525  1515800  1516663  -  864  ribonuclease Z  YP_001795087  hitchhiker  0.00214675  decreased coverage  0.00000691229  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1724  CDS  NC_010525  1516682  1517365  -  684  dimethyladenosine transferase  YP_001795088  decreased coverage  0.00275557  hitchhiker  0.0000266565  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1819  CDS  NC_010525  1597193  1599301  -  2109  SMC domain-containing protein  YP_001795182  decreased coverage  0.000524613  normal  1  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1880  CDS  NC_010525  1657459  1658535  +  1077  uncharacterized linocin/CFP29-like protein  YP_001795241  decreased coverage  0.00000112619  normal  0.747435  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1909  CDS  NC_010525  1680267  1681202  -  936  methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP(+))  YP_001795270  decreased coverage  0.000677718  normal  0.128415  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1965  CDS  NC_010525  1733342  1734481  +  1140  DNA-directed RNA polymerase subunit A''  YP_001795326  decreased coverage  0.00000112619  normal  1  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_R0004  tRNA  NC_010525  506083  506199  +  117  tRNA-OTHER    decreased coverage  0.00000377684  decreased coverage  0.000000420741  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>