50 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Bcenmc03_3319  CDS  NC_010515  159933  161084  -  1152  polysaccharide export protein  YP_001776964  decreased coverage  0.00116836  normal  1  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_3359  CDS  NC_010515  210482  211666  +  1185  porin  YP_001777004  decreased coverage  0.00120299  normal  1  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_3490  CDS  NC_010515  362235  363542  +  1308  major facilitator transporter  YP_001777133  normal  1  decreased coverage  0.000252104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_3502  CDS  NC_010515  374420  375487  +  1068  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  YP_001777145  normal  0.0829202  decreased coverage  0.000183537  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_3503  CDS  NC_010515  375509  376351  +  843  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001777146  normal  0.42159  decreased coverage  0.0001708  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_3572  CDS  NC_010515  455390  456202  -  813  tRNA pseudouridine synthase A  YP_001777214  decreased coverage  0.00438278  normal  1  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_3609  CDS  NC_010515  496893  498005  -  1113  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  YP_001777251  decreased coverage  0.00717179  normal  1  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_3779  CDS  NC_010515  692655  693065  -  411  hypothetical protein  YP_001777420  hitchhiker  0.00992647  decreased coverage  0.000841718  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_3780  CDS  NC_010515  693259  694170  +  912  LysR family transcriptional regulator  YP_001777421  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_3781  CDS  NC_010515  694310  695626  +  1317  major facilitator transporter  YP_001777422  normal  0.243933  decreased coverage  0.00125466  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_3782  CDS  NC_010515  695639  696880  +  1242  amidohydrolase  YP_001777423  hitchhiker  0.0062486  decreased coverage  0.00131434  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_3783  CDS  NC_010515  697150  697560  +  411  transposase, mutator type  YP_001777424  hitchhiker  0.000372197  decreased coverage  0.000919258  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_3784  CDS  NC_010515  697744  699540  -  1797  hypothetical protein  YP_001777425  unclonable  0.000000000199073  decreased coverage  0.00029228  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_3940  CDS  NC_010515  868040  868570  +  531  hypothetical protein  YP_001777581  decreased coverage  0.007484  normal  1  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_3942  CDS  NC_010515  869195  869626  -  432  AsnC family transcriptional regulator  YP_001777583  decreased coverage  0.00978947  normal  1  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4088  CDS  NC_010515  1027447  1027941  -  495  hypothetical protein  YP_001777729  decreased coverage  0.00392628  normal  1  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4089  CDS  NC_010515  1028057  1028986  -  930  LysR family transcriptional regulator  YP_001777730  decreased coverage  0.00576111  normal  1  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4265  CDS  NC_010515  1220211  1221086  -  876  inner-membrane translocator  YP_001777903  hitchhiker  0.0000000000271034  decreased coverage  0.00000610723  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4281  CDS  NC_010515  1235944  1236504  -  561  hypothetical protein  YP_001777919  decreased coverage  0.00647131  normal  0.0189011  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4308  CDS  NC_010515  1271424  1272797  -  1374  peptidase M23B  YP_001777944  hitchhiker  0.00000000552586  decreased coverage  0.0000000100746  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4309  CDS  NC_010515  1273078  1273947  +  870  MscS mechanosensitive ion channel  YP_001777945  hitchhiker  0.00000550538  decreased coverage  0.0000000451244  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4310    NC_010515  1273981  1274145  -  165      hitchhiker  0.000180481  decreased coverage  0.0000000234617  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4428  CDS  NC_010515  1401015  1402301  -  1287  major facilitator transporter  YP_001778062  decreased coverage  0.00672186  normal  1  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4597  CDS  NC_010515  1590936  1592084  +  1149  porin  YP_001778226  normal  1  decreased coverage  0.000189593  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4632  CDS  NC_010515  1627275  1628738  +  1464  hypothetical protein  YP_001778260  hitchhiker  0.0000177236  decreased coverage  0.0000439065  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4633  CDS  NC_010515  1629052  1629357  +  306  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  YP_001778261  unclonable  0.000000000000292632  decreased coverage  0.0000243295  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4636  CDS  NC_010515  1631415  1642571  +  11157  YadA domain-containing protein  YP_001778262  normal  1  decreased coverage  0.000122431  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4684  CDS  NC_010515  1689720  1690232  +  513  hypothetical protein  YP_001778308  decreased coverage  0.0000000459207  hitchhiker  0.0000000000563566  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4685  CDS  NC_010515  1690244  1690792  +  549  hypothetical protein  YP_001778309  decreased coverage  0.0000000615742  hitchhiker  0.0000000000547421  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4948  CDS  NC_010515  1982351  1982722  -  372  PilT domain-containing protein  YP_001778568  normal  0.651261  decreased coverage  0.006546  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4949  CDS  NC_010515  1982719  1982916  -  198  hypothetical protein  YP_001778569  normal  0.398097  decreased coverage  0.00607131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4950  CDS  NC_010515  1983102  1983656  +  555  hypothetical protein  YP_001778570  normal  0.41661  decreased coverage  0.00359993  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4956  CDS  NC_010515  1989915  1990307  +  393  hypothetical protein  YP_001778576  normal  0.953896  decreased coverage  0.00795242  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4957  CDS  NC_010515  1990386  1990841  +  456  RbsD or FucU transport  YP_001778577  normal  0.590537  decreased coverage  0.00748515  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4958  CDS  NC_010515  1991030  1991467  +  438  DoxX family protein  YP_001778578  normal  1  decreased coverage  0.00723227  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4959  CDS  NC_010515  1991573  1992958  -  1386  major facilitator transporter  YP_001778579  normal  1  decreased coverage  0.00527291  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_4960  CDS  NC_010515  1993215  1994393  -  1179  extracellular ligand-binding receptor  YP_001778580  normal  1  decreased coverage  0.00971777  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_5000  CDS  NC_010515  2046764  2047426  +  663  hypothetical protein  YP_001778620  decreased coverage  0.00613195  normal  1  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_5001  CDS  NC_010515  2047602  2048156  +  555  hypothetical protein  YP_001778621  decreased coverage  0.00523884  normal  0.701128  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_5321  CDS  NC_010515  2434621  2436171  -  1551  hypothetical protein  YP_001778938  hitchhiker  0.00956153  decreased coverage  0.00774804  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_5322  CDS  NC_010515  2436295  2437329  -  1035  AraC family transcriptional regulator  YP_001778939  hitchhiker  0.0019262  decreased coverage  0.00625276  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_5325  CDS  NC_010515  2440622  2442151  +  1530  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  YP_001778942  decreased coverage  0.000685886  normal  0.0298656  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_5355  CDS  NC_010515  2480072  2482294  +  2223  Amylo-alpha-16-glucosidase  YP_001778972  hitchhiker  0.000000277082  decreased coverage  0.00794917  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_5584  CDS  NC_010515  2728488  2729087  +  600  2OG-Fe(II) oxygenase  YP_001779199  normal  1  decreased coverage  0.00113591  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_5701  CDS  NC_010515  2856658  2858829  -  2172  hypothetical protein  YP_001779313  normal  0.534466  decreased coverage  0.00142635  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_5828  CDS  NC_010515  3007322  3008479  +  1158  hypothetical protein  YP_001779439  decreased coverage  0.00482968  normal  1  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_5829  CDS  NC_010515  3008538  3008756  +  219  hypothetical protein  YP_001779440  decreased coverage  0.000848115  normal  1  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_5861  CDS  NC_010515  3038672  3040537  +  1866  phosphoenolpyruvate carboxykinase  YP_001779472  decreased coverage  0.0061457  normal  1  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_5912  CDS  NC_010515  3107547  3109181  +  1635  type II secretion system protein E  YP_001779523  normal  0.444946  decreased coverage  0.00648046  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Bcenmc03_5913  CDS  NC_010515  3109171  3110247  +  1077  type II secretion system protein  YP_001779524  normal  0.649484  decreased coverage  0.00495524  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>