52 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Swit_0044  CDS  NC_009511  45783  46568  +  786  hypothetical protein  YP_001260555  decreased coverage  0.0000123179  normal  1  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_0045  CDS  NC_009511  46707  46979  +  273  histone family protein DNA-binding protein  YP_001260556  decreased coverage  0.00000165888  normal  1  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_0046  CDS  NC_009511  47310  47702  -  393  hypothetical protein  YP_001260557  decreased coverage  0.00000235341  normal  1  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_0047  CDS  NC_009511  47725  47925  -  201  YcfA family protein  YP_001260558  decreased coverage  0.000000425869  normal  1  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_0329  CDS  NC_009511  350535  351617  +  1083  hypothetical protein  YP_001260838  decreased coverage  0.0029643  normal  1  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_0608  CDS  NC_009511  662645  663517  +  873  tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase  YP_001261114  decreased coverage  0.00662923  normal  0.431033  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_0711  CDS  NC_009511  782712  784787  -  2076  hypothetical protein  YP_001261216  normal  1  decreased coverage  0.000978067  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_0712  CDS  NC_009511  784841  785983  -  1143  aldo/keto reductase  YP_001261217  normal  1  decreased coverage  0.000693877  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_0713  CDS  NC_009511  785980  786372  -  393  hypothetical protein  YP_001261218  normal  1  decreased coverage  0.000499779  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_0714  CDS  NC_009511  786827  789169  +  2343  TonB-dependent receptor  YP_001261219  normal  0.116243  decreased coverage  0.000166351  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_0715  CDS  NC_009511  789240  790934  +  1695  amidohydrolase 3  YP_001261220  normal  0.993176  decreased coverage  0.000630389  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_0905  CDS  NC_009511  996576  998822  -  2247  TonB-dependent receptor, plug  YP_001261410  decreased coverage  0.000000091536  normal  0.106879  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_1435  CDS  NC_009511  1578286  1578894  -  609  SNARE associated Golgi protein  YP_001261937  hitchhiker  0.000156702  decreased coverage  0.000261969  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_1436  CDS  NC_009511  1579132  1581381  +  2250  TonB-dependent receptor  YP_001261938  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_1542  CDS  NC_009511  1716266  1717366  +  1101  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  YP_001262043  normal  0.0106115  decreased coverage  0.000412121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_1656  CDS  NC_009511  1841254  1843548  -  2295  TonB-dependent receptor  YP_001262157  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_1776  CDS  NC_009511  1990030  1992234  -  2205  TonB-dependent receptor  YP_001262276  decreased coverage  0.00365566  normal  1  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_1854  CDS  NC_009511  2073703  2074476  -  774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_001262352  decreased coverage  0.00947087  normal  1  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_1891  CDS  NC_009511  2118643  2119440  +  798  GntR family transcriptional regulator  YP_001262389  decreased coverage  0.00390754  normal  1  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_2300  CDS  NC_009511  2556819  2559011  -  2193  TonB-dependent receptor  YP_001262797  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_2301  CDS  NC_009511  2559528  2561720  -  2193  TonB-dependent receptor  YP_001262798  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_2416  CDS  NC_009511  2684885  2686993  +  2109  amidohydrolase  YP_001262913  decreased coverage  0.0066037  normal  0.0385776  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_2569  CDS  NC_009511  2849886  2850266  +  381  hypothetical protein  YP_001263065  normal  1  decreased coverage  0.00822826  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_2570  CDS  NC_009511  2850282  2850968  -  687  glutathione S-transferase domain-containing protein  YP_001263066  normal  1  decreased coverage  0.00976958  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_3044  CDS  NC_009511  3339647  3341974  -  2328  TonB-dependent receptor  YP_001263532  decreased coverage  0.000000000826445  unclonable  0.00000113602  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_3254  CDS  NC_009511  3582523  3583680  -  1158  amine dehydrogenase  YP_001263738  hitchhiker  0.0000080765  decreased coverage  0.00024338  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_3255  CDS  NC_009511  3583703  3584077  -  375  cytochrome c, class I  YP_001263739  hitchhiker  0.00000000474848  decreased coverage  0.000193536  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_3256  CDS  NC_009511  3584104  3586296  -  2193  TonB-dependent receptor  YP_001263740  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_3257  CDS  NC_009511  3586507  3587130  +  624  TetR family transcriptional regulator  YP_001263741  hitchhiker  0.0000000255027  decreased coverage  0.000226088  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_3258  CDS  NC_009511  3587266  3587739  -  474  AsnC family transcriptional regulator  YP_001263742  hitchhiker  0.0000000650696  decreased coverage  0.000218809  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_3259  CDS  NC_009511  3587783  3588058  +  276  hypothetical protein  YP_001263743  hitchhiker  0.000000603126  decreased coverage  0.000199987  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_3260  CDS  NC_009511  3588078  3588743  -  666  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_001263744  hitchhiker  0.00000652947  decreased coverage  0.000228018  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_3395  CDS  NC_009511  3724212  3726353  +  2142  TonB-dependent receptor  YP_001263879  decreased coverage  0.000531057  normal  0.0390865  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_3396  CDS  NC_009511  3726429  3727475  +  1047  vanillate monooxygenase  YP_001263880  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_3397  CDS  NC_009511  3727522  3728733  -  1212  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  YP_001263881  hitchhiker  0.00717177  decreased coverage  0.00584794  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_3398  CDS  NC_009511  3728741  3729841  -  1101  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  YP_001263882  normal  0.157056  decreased coverage  0.00584794  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_4125  CDS  NC_009511  4528314  4530569  +  2256  TonB-dependent receptor  YP_001264604  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_4197  CDS  NC_009511  4619006  4621114  -  2109  TonB-dependent receptor  YP_001264675  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_4241  CDS  NC_009511  4673936  4674931  +  996  luciferase family protein  YP_001264719  decreased coverage  0.00842618  normal  1  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_4537  CDS  NC_009511  4990108  4990902  -  795  metallophosphoesterase  YP_001265013  decreased coverage  0.0000938164  normal  1  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_4538  CDS  NC_009511  4990899  4991675  -  777  hypothetical protein  YP_001265014  decreased coverage  0.00314949  normal  1  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_4753  CDS  NC_009511  5230903  5231793  -  891  cation diffusion facilitator family transporter  YP_001265228  normal  0.36054  decreased coverage  0.00983844  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_4770  CDS  NC_009511  5249324  5250394  +  1071  chorismate synthase  YP_001265245  decreased coverage  0.00112305  normal  0.0417622  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_4771  CDS  NC_009511  5250391  5250690  +  300  acylphosphatase  YP_001265246  decreased coverage  0.000297446  normal  0.0367606  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_4772  CDS  NC_009511  5250687  5251460  +  774  hypothetical protein  YP_001265247  decreased coverage  0.00107349  normal  0.0417622  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_4943  CDS  NC_009508  51516  52253  +  738  hypothetical protein  YP_001260329  decreased coverage  0.00429148  normal  1  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_5006  CDS  NC_009508  123607  124323  -  717  type IV secretion system family protein  YP_001260389  decreased coverage  0.000746811  normal  0.254693  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_5173  CDS  NC_009507  67039  68319  +  1281  sulphate transporter  YP_001260051  decreased coverage  0.00867302  normal  1  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_5188  CDS  NC_009507  76460  78121  -  1662  hypothetical protein  YP_001260066  decreased coverage  0.00222761  normal  1  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_5213  CDS  NC_009507  101909  104350  +  2442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  YP_001260089  decreased coverage  0.000504339  normal  0.176333  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_5383  CDS  NC_009507  289017  291833  +  2817  TraG domain-containing protein  YP_001260258  decreased coverage  0.00832018  normal  0.693135  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Swit_5399  CDS  NC_009507  308586  309146  +  561  resolvase domain-containing protein  YP_001260274  decreased coverage  0.00909416  normal  1  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>