42 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Pisl_0101  CDS  NC_008701  94853  96934  +  2082  phosphoribosylformylglycinamidine synthase II  YP_929627  decreased coverage  0.00123844  normal  1  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0123  CDS  NC_008701  115158  115823  -  666  hypothetical protein  YP_929649  decreased coverage  0.00966496  normal  1  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0226  CDS  NC_008701  212051  213871  -  1821  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  YP_929750  decreased coverage  0.00295512  normal  0.636245  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0253  CDS  NC_008701  249720  250142  +  423  signal-transduction protein  YP_929776  decreased coverage  0.00276555  normal  1  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0256  CDS  NC_008701  251104  251655  -  552  carbonic anhydrase  YP_929779  decreased coverage  0.00337984  normal  1  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0257  CDS  NC_008701  251779  252333  -  555  hypothetical protein  YP_929780  decreased coverage  0.00139853  normal  1  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0279  CDS  NC_008701  279621  280589  +  969  argininosuccinate synthase  YP_929801  decreased coverage  0.00305758  normal  1  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0597  CDS  NC_008701  546184  547485  +  1302  GTP-binding signal recognition particle  YP_930118  decreased coverage  0.000223356  hitchhiker  0.00000371893  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0598  CDS  NC_008701  547500  547952  +  453  hypothetical protein  YP_930119  decreased coverage  0.00015884  hitchhiker  0.0000111516  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0599  CDS  NC_008701  547973  549214  +  1242  putative pseudouridylate synthase  YP_930120  decreased coverage  0.00101881  hitchhiker  0.0000193518  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0612  CDS  NC_008701  561907  562836  +  930  malate dehydrogenase  YP_930133  normal  1  decreased coverage  0.00000000109591  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0613  CDS  NC_008701  562867  563238  +  372  hypothetical protein  YP_930134  normal  1  decreased coverage  0.000000000643106  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0614  CDS  NC_008701  563288  564022  +  735  glutaredoxin-like domain-containing protein  YP_930135  normal  1  decreased coverage  0.000000000880654  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0615  CDS  NC_008701  564022  564579  +  558  RdgB/HAM1 family non-canonical purine NTP pyrophosphatase  YP_930136  normal  1  decreased coverage  0.00000000062895  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0616  CDS  NC_008701  564605  565447  +  843  CBS domain-containing protein  YP_930137  normal  1  decreased coverage  0.000000000848956  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0617  CDS  NC_008701  565415  565960  -  546  hypothetical protein  YP_930138  normal  1  decreased coverage  0.000000000547661  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0701  CDS  NC_008701  634708  635847  -  1140  DNA-directed RNA polymerase subunit A''  YP_930222  decreased coverage  0.000485708  normal  0.0226668  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0703  CDS  NC_008701  638539  641922  -  3384  DNA-directed RNA polymerase subunit B  YP_930224  normal  0.347908  decreased coverage  0.0027158  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_0796  CDS  NC_008701  718431  718967  +  537  hypothetical protein  YP_930315  normal  1  decreased coverage  0.00000495407  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1024  CDS  NC_008701  923999  925210  +  1212  FAD dependent oxidoreductase  YP_930541  decreased coverage  0.0000324501  unclonable  1.04901e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1025  CDS  NC_008701  925207  925374  +  168  hypothetical protein  YP_930542  decreased coverage  0.00000152486  unclonable  2.33838e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1026  CDS  NC_008701  925430  926578  +  1149  succinyl-CoA synthetase subunit beta  YP_930543  decreased coverage  0.0000227763  unclonable  8.1657e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1151  CDS  NC_008701  1040055  1042175  -  2121  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  YP_930665  normal  1  decreased coverage  2.46627e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1365  CDS  NC_008701  1240337  1240606  +  270  hypothetical protein  YP_930870  decreased coverage  0.000000159924  normal  1  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1366  CDS  NC_008701  1240941  1241408  -  468  oxidoreductase, molybdopterin binding  YP_930871  decreased coverage  0.000000322712  normal  1  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1439  CDS  NC_008701  1309276  1309680  +  405  translation initiation factor IF-2 subunit beta  YP_930939  normal  0.121861  decreased coverage  0.00662959  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1440  CDS  NC_008701  1309680  1310504  +  825  hypothetical protein  YP_930940  normal  0.0416786  decreased coverage  0.00780704  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1488  CDS  NC_008701  1354975  1355538  +  564  hypothetical protein  YP_930987  decreased coverage  0.00714419  normal  1  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1520  CDS  NC_008701  1386464  1387168  -  705  ABC transporter related  YP_931018  decreased coverage  0.00000116911  normal  0.55124  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1521  CDS  NC_008701  1387159  1387887  -  729  ABC transporter related  YP_931019  decreased coverage  0.0000012745  normal  0.429613  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1661  CDS  NC_008701  1509112  1510164  -  1053  hypothetical protein  YP_931156  normal  0.311984  decreased coverage  0.00222329  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1822  CDS  NC_008701  1655711  1657579  +  1869  molybdopterin oxidoreductase  YP_931313  decreased coverage  0.00253094  hitchhiker  0.0000000012263  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1823  CDS  NC_008701  1657601  1658305  +  705  TatD-related deoxyribonuclease  YP_931314  decreased coverage  0.00210636  hitchhiker  0.000000000367552  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1824  CDS  NC_008701  1658293  1659132  +  840  bis(5'nucleosyl)-tetraphosphatase, ApaH  YP_931315  decreased coverage  0.000920246  hitchhiker  0.00000000000132724  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1825  CDS  NC_008701  1659178  1659708  -  531  deoxycytidine triphosphate deaminase  YP_931316  normal  0.0453985  decreased coverage  0.0000000000000312471  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1952  CDS  NC_008701  1766635  1767198  +  564  hypothetical protein  YP_931442  decreased coverage  0.000000533143  decreased coverage  3.2409e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1953  CDS  NC_008701  1767322  1768473  +  1152  peptidase M16 domain-containing protein  YP_931443  hitchhiker  0.0000284183  decreased coverage  7.567889999999999e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1961  CDS  NC_008701  1777287  1777865  -  579  hypothetical protein  YP_931451  decreased coverage  0.000000657017  hitchhiker  0.000000000000306549  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1967  CDS  NC_008701  1783932  1785542  -  1611  alpha amylase, catalytic region  YP_931457  decreased coverage  0.00000720647  hitchhiker  0.000000000127887  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1968  CDS  NC_008701  1785579  1785908  +  330  GTP cyclohydrolase I  YP_931458  decreased coverage  0.000000145372  hitchhiker  0.000000000137829  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_1994  CDS  NC_008701  1809043  1812549  +  3507  molybdopterin oxidoreductase  YP_931484  decreased coverage  0.00248434  normal  0.623022  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Pisl_2013  CDS  NC_008701  1824063  1824833  -  771  ABC-2 type transporter  YP_931503  decreased coverage  0.0000119274  normal  1  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>