32 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Bamb_3240    NC_008391  19968  20335  +  368      normal  1  decreased coverage  0.00859111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3246  CDS  NC_008391  27648  28517  -  870  3-mercaptopyruvate sulfurtransferase  YP_775135  normal  1  decreased coverage  0.0068458  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3260  CDS  NC_008391  43648  44415  -  768  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_775149  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3269  CDS  NC_008391  55728  56750  +  1023  porin  YP_775158  decreased coverage  0.00595502  normal  0.572597  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3436  CDS  NC_008391  231076  232632  +  1557  major facilitator transporter  YP_775324  decreased coverage  0.00141924  normal  0.0811342  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3514  CDS  NC_008391  324593  326686  -  2094  polysaccharide deacetylase  YP_775402  decreased coverage  0.000898006  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3566  CDS  NC_008391  390207  391538  -  1332  major facilitator transporter  YP_775454  decreased coverage  0.000684429  normal  0.364964  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3575  CDS  NC_008391  400469  401296  +  828  peptidase M55, D-aminopeptidase  YP_775463  decreased coverage  0.00281601  normal  0.133258  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3589  CDS  NC_008391  416436  419267  +  2832  hypothetical protein  YP_775477  decreased coverage  0.00513024  normal  0.358288  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3649  CDS  NC_008391  495193  497085  -  1893  peptidoglycan glycosyltransferase  YP_775537  decreased coverage  0.00810793  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3768  CDS  NC_008391  628122  629243  +  1122  extracellular ligand-binding receptor  YP_775656  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3936  CDS  NC_008391  829760  832363  -  2604  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  YP_775824  decreased coverage  0.00309412  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_3976  CDS  NC_008391  878477  879001  -  525  DoxX family protein  YP_775864  normal  0.603426  decreased coverage  0.00896237  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4061  CDS  NC_008391  981311  982291  +  981  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  YP_775948  decreased coverage  0.00627715  normal  0.237029  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4252  CDS  NC_008391  1177822  1178166  +  345  hypothetical protein  YP_776139  normal  0.122458  decreased coverage  0.00323313  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4253  CDS  NC_008391  1178599  1178943  +  345  hypothetical protein  YP_776140  normal  0.25043  decreased coverage  0.00313283  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4254  CDS  NC_008391  1178945  1179985  +  1041  hypothetical protein  YP_776141  normal  0.449533  decreased coverage  0.00371424  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4359  CDS  NC_008391  1285568  1285936  +  369  antibiotic biosynthesis monooxygenase  YP_776245  decreased coverage  0.0000000189574  unclonable  0.00000450981  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4605  CDS  NC_008391  1570611  1571297  +  687  cytochrome c, class I  YP_776489  decreased coverage  0.0013993  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4606  CDS  NC_008391  1571294  1572223  +  930  cytochrome c, class I  YP_776490  decreased coverage  0.000163718  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4687  CDS  NC_008391  1671479  1672654  -  1176  ABC transporter related  YP_776571  decreased coverage  0.00669309  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4702  CDS  NC_008391  1691472  1692152  -  681  hypothetical protein  YP_776586  decreased coverage  0.00553142  normal  0.459549  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4786  CDS  NC_008391  1778997  1780004  +  1008  hypothetical protein  YP_776669  decreased coverage  0.000000305274  normal  0.869518  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5058  CDS  NC_008391  2075820  2077967  -  2148  TonB-dependent siderophore receptor  YP_776941  decreased coverage  0.00424318  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5104  CDS  NC_008391  2131355  2132392  +  1038  histone deacetylase superfamily protein  YP_776987  normal  1  decreased coverage  0.00214422  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5105  CDS  NC_008391  2132462  2133607  +  1146  extracellular ligand-binding receptor  YP_776988  normal  0.140418  decreased coverage  0.00222912  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5106  CDS  NC_008391  2133657  2134535  -  879  MscS mechanosensitive ion channel  YP_776989  normal  0.0140126  decreased coverage  0.0019989  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5107  CDS  NC_008391  2135200  2136237  +  1038  peptidase M23B  YP_776990  decreased coverage  0.0000871581  decreased coverage  0.00235334  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5204  CDS  NC_008391  2238146  2238478  -  333  hypothetical protein  YP_777086  decreased coverage  0.0000569452  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5205  CDS  NC_008391  2238479  2238736  -  258  PAAR repeat-containing protein  YP_777087  decreased coverage  0.0000429039  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5206  CDS  NC_008391  2238803  2240143  -  1341  hypothetical protein  YP_777088  decreased coverage  0.000638061  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_5420  CDS  NC_008391  2467474  2469705  +  2232  TonB-dependent siderophore receptor  YP_777301  decreased coverage  0.00589363  normal  1  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>