80 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
EcHS_A0025  CDS  NC_009800  24111  24374  -  264  30S ribosomal protein S20  YP_001456808  decreased coverage  3.87642e-19  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0100  CDS  NC_009800  105737  106999  +  1263  cell division protein FtsA  YP_001456883  decreased coverage  2.5263e-18  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0101  CDS  NC_009800  107060  108211  +  1152  cell division protein FtsZ  YP_001456884  decreased coverage  1.47391e-18  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0123  CDS  NC_009800  136027  136389  +  363  hypothetical protein  YP_001456905  decreased coverage  2.5031e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0147  CDS  NC_009800  158234  159160  -  927  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  YP_001456928  decreased coverage  0.00000000000000535998  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0181  CDS  NC_009800  199128  200153  +  1026  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase  YP_001456962  decreased coverage  4.54432e-19  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0204  CDS  NC_009800  222224  222796  +  573  D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase  YP_001456985  decreased coverage  0.0000000000177584  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0329  CDS  NC_009800  333837  335045  +  1209  site-specific recombinase, phage integrase family protein  YP_001457101  decreased coverage  0.0019463  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0337  CDS  NC_009800  341497  342099  +  603  hypothetical protein  YP_001457108  decreased coverage  0.000413901  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0600  CDS  NC_009800  613464  613958  -  495  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B (rotamase B)  YP_001457367  decreased coverage  0.00000000000000352465  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0620  CDS  NC_009800  633225  633557  +  333  periplasmic copper-binding protein  YP_001457383  decreased coverage  0.000000000654239  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0621  CDS  NC_009800  633573  634796  +  1224  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  YP_001457384  decreased coverage  0.000000000664889  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0750  CDS  NC_009800  761730  762299  +  570  hypothetical protein  YP_001457501  decreased coverage  0.000215996  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0751  CDS  NC_009800  762525  762779  +  255  ISEc2, transposase  YP_001457502  decreased coverage  0.000185341  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0867  CDS  NC_009800  873862  874608  -  747  glutamine ABC transporter periplasmic protein  YP_001457606  decreased coverage  0.00000000156347  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0912  CDS  NC_009800  919395  919616  +  222  hypothetical protein  YP_001457649  decreased coverage  0.000051582  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A0994  CDS  NC_009800  992943  993437  +  495  leucine-responsive transcriptional regulator  YP_001457730  decreased coverage  0.0000000000000266294  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1016  CDS  NC_009800  1021544  1022227  +  684  cytidylate kinase  YP_001457750  decreased coverage  0.0000000000287427  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1017  CDS  NC_009800  1022338  1024011  +  1674  30S ribosomal protein S1  YP_001457751  decreased coverage  0.00000000848151  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1028  CDS  NC_009800  1033875  1034660  +  786  putative metallothionein SmtA  YP_001457760  decreased coverage  0.00000016657  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1038  CDS  NC_009800  1049201  1050601  -  1401  asparaginyl-tRNA synthetase  YP_001457770  decreased coverage  0.0000136907  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1054  CDS  NC_009800  1066382  1067392  +  1011  dihydroorotate dehydrogenase 2  YP_001457784  decreased coverage  0.00000000000778438  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1148  CDS  NC_009800  1158919  1159905  +  987  hypothetical protein  YP_001457871  decreased coverage  0.00962043  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1288  CDS  NC_009800  1280939  1281469  -  531  disulfide bond formation protein B  YP_001458006  decreased coverage  9.7249e-17  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1344  CDS  NC_009800  1339715  1340623  +  909  UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase subunit GalU  YP_001458060  decreased coverage  0.0000736844  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1357  CDS  NC_009800  1353878  1354207  -  330  dsDNA-mimic protein  YP_001458071  decreased coverage  0.000000132113  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1645  CDS  NC_009800  1669439  1669990  -  552  hypothetical protein  YP_001458349  decreased coverage  0.000000000000957166  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1647  CDS  NC_009800  1670401  1671114  -  714  AraC family transcriptional regulator  YP_001458351  decreased coverage  0.000000000000073277  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1709  CDS  NC_009800  1733476  1734111  +  636  endonuclease III  YP_001458413  decreased coverage  0.00510464  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1800  CDS  NC_009800  1817443  1819371  -  1929  threonyl-tRNA synthetase  YP_001458499  decreased coverage  0.000000000021107  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1847  CDS  NC_009800  1863081  1865042  -  1962  DNA topoisomerase III  YP_001458543  decreased coverage  0.00000137821  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1864  CDS  NC_009800  1880748  1881743  +  996  glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)  YP_001458558  decreased coverage  0.0000262615  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1922  CDS  NC_009800  1933813  1934511  -  699  putative solute/DNA competence effector  YP_001458616  decreased coverage  1.31825e-19  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1950  CDS  NC_009800  1961639  1962394  +  756  high-affinity zinc transporter ATPase  YP_001458645  decreased coverage  0.00957136  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1988  CDS  NC_009800  1997018  1997368  -  351  transcriptional activator FlhD  YP_001458682  decreased coverage  3.83852e-19  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A1989  CDS  NC_009800  1997399  1997497  -  99  hypothetical protein  YP_001458683  decreased coverage  1.18437e-19  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2051  CDS  NC_009800  2043708  2044331  +  624  colanic acid capsular biosynthesis activation protein A  YP_001458740  decreased coverage  4.74459e-16  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2053  CDS  NC_009800  2044726  2044953  +  228  hypothetical protein  YP_001458742  decreased coverage  0.00000000000000257846  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2054  CDS  NC_009800  2044999  2045109  +  111  hypothetical protein  YP_001458743  decreased coverage  0.0000000000000015402  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2055    NC_009800  2045251  2046066  +  816      decreased coverage  0.0000000000000670897  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2190  CDS  NC_009800  2171069  2172496  -  1428  sugar transferase  YP_001458862  decreased coverage  0.0000000000191042  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2306  CDS  NC_009800  2304543  2305673  -  1131  bifunctional PTS system fructose-specific transporter subunit IIA/HPr protein  YP_001458968  decreased coverage  3.61611e-16  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2359  CDS  NC_009800  2358009  2360858  -  2850  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  YP_001459020  decreased coverage  0.000000333746  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2450  CDS  NC_009800  2460805  2461356  -  552  phosphodiesterase  YP_001459106  decreased coverage  4.0596e-17  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2684  CDS  NC_009800  2700140  2700880  -  741  RNA methyltransferase  YP_001459326  decreased coverage  0.00000664328  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2737  CDS  NC_009800  2756369  2757058  +  690  uracil-DNA glycosylase  YP_001459379  decreased coverage  0.0000100069  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2756  CDS  NC_009800  2777358  2778518  +  1161  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  YP_001459391  decreased coverage  8.8068e-16  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2772  CDS  NC_009800  2790392  2790985  -  594  heat shock protein GrpE  YP_001459407  decreased coverage  5.080719999999999e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2918  CDS  NC_009800  2922179  2922850  -  672  hypothetical protein  YP_001459546  decreased coverage  3.7449199999999994e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A2919  CDS  NC_009800  2922989  2923129  +  141  hypothetical protein  YP_001459547  decreased coverage  5.47166e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3002  CDS  NC_009800  3013014  3013646  -  633  LuxR family transcriptional regulator  YP_001459625  decreased coverage  0.000000000000242381  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3003  CDS  NC_009800  3013865  3014296  -  432  hypothetical protein  YP_001459626  decreased coverage  0.000000000000112581  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3004  CDS  NC_009800  3014299  3014493  -  195  hypothetical protein  YP_001459627  decreased coverage  0.0000000000000341115  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3217  CDS  NC_009800  3227381  3228154  +  774  zinc transporter ZupT  YP_001459833  decreased coverage  1.5422e-19  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3420  CDS  NC_009800  3421811  3422239  -  429  50S ribosomal protein L13  YP_001460027  decreased coverage  1.0043600000000001e-18  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3440  CDS  NC_009800  3443632  3444675  -  1044  rod shape-determining protein MreB  YP_001460046  decreased coverage  4.46785e-17  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3453  CDS  NC_009800  3454623  3455588  +  966  tRNA-dihydrouridine synthase B  YP_001460059  decreased coverage  1.247e-18  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3473  CDS  NC_009800  3473363  3474133  +  771  hypothetical protein  YP_001460071  decreased coverage  6.93281e-18  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3515  CDS  NC_009800  3497302  3497613  -  312  30S ribosomal protein S10  YP_001460113  decreased coverage  0.00000000000000492299  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3539  CDS  NC_009800  3519021  3519308  -  288  sulfur transfer complex subunit TusB  YP_001460137  decreased coverage  2.0769099999999997e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3540  CDS  NC_009800  3519316  3519675  -  360  sulfur relay protein TusC  YP_001460138  decreased coverage  2.90138e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3541  CDS  NC_009800  3519675  3520061  -  387  sulfur transfer complex subunit TusD  YP_001460139  decreased coverage  2.84382e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3586  CDS  NC_009800  3562900  3563421  -  522  shikimate kinase I  YP_001460184  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3709  CDS  NC_009800  3695994  3696524  +  531  transcriptional regulator DctR  YP_001460303  decreased coverage  0.000297163  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3845  CDS  NC_009800  3840831  3840998  -  168  50S ribosomal protein L33  YP_001460435  decreased coverage  1.4911399999999998e-21  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3846  CDS  NC_009800  3841019  3841255  -  237  50S ribosomal protein L28  YP_001460436  decreased coverage  3.05688e-21  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3847  CDS  NC_009800  3841472  3842140  -  669  DNA repair protein RadC  YP_001460437  decreased coverage  5.55148e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A3915  CDS  NC_009800  3909497  3910900  -  1404  chromosomal replication initiation protein  YP_001460500  decreased coverage  0.000000126813  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4014  CDS  NC_009800  4009300  4010685  +  1386  putative transport protein YifK  YP_001460589  decreased coverage  1.1864e-16  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4087  CDS  NC_009800  4076902  4077144  -  243  hypothetical protein  YP_001460651  decreased coverage  0.0000000000011729  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4241  CDS  NC_009800  4237211  4237333  +  123  hypothetical protein  YP_001460794  decreased coverage  0.000000000880562  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4374  CDS  NC_009800  4384419  4385957  -  1539  DNA-binding transcriptional activator CadC  YP_001460917  decreased coverage  0.00319503  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4456  CDS  NC_009800  4461171  4461809  -  639  opacity-associated family protein  YP_001460995  decreased coverage  2.92011e-19  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4538  CDS  NC_009800  4545960  4546562  +  603  tyrosine recombinase  YP_001461074  decreased coverage  0.0000945122  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4595  CDS  NC_009800  4604939  4605412  -  474  hypothetical protein  YP_001461129  decreased coverage  1.2901e-18  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4596  CDS  NC_009800  4605403  4606236  -  834  hypothetical protein  YP_001461130  decreased coverage  1.19778e-17  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4710  tRNA  NC_009800  4010788  4010864  +  77  tRNA-Arg    decreased coverage  6.38627e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4711  tRNA  NC_009800  4010922  4010999  +  78  tRNA-His    decreased coverage  6.57467e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4712  tRNA  NC_009800  4011018  4011106  +  89  tRNA-Leu    decreased coverage  5.855369999999999e-20  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
EcHS_A4751  misc_RNA  NC_009800  2044967  2045053  -  87  DsrA RNA    decreased coverage  1.64537e-16  n/a    Escherichia coli HS  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>