47 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Noc_0053  CDS  NC_007484  50043  51848  +  1806  TOPRIM domain-containing protein  YP_342125  decreased coverage  0.00140147  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0119  CDS  NC_007484  127637  128251  +  615  hypothetical protein  YP_342182  decreased coverage  0.000209005  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0121  CDS  NC_007484  129007  129249  -  243  hypothetical protein  YP_342184  decreased coverage  0.0000914401  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0164  CDS  NC_007484  180399  182360  +  1962  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  YP_342227  decreased coverage  0.00534559  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0179  CDS  NC_007484  198813  199496  +  684  cytidylate kinase  YP_342242  decreased coverage  0.0000847233  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0180  CDS  NC_007484  199616  201301  +  1686  30S ribosomal protein S1  YP_342243  decreased coverage  0.0000762655  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0276  CDS  NC_007484  305219  305893  +  675  two component transcription LuxR family regulatory protein  YP_342336  decreased coverage  0.00306595  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0337  CDS  NC_007484  367146  368564  -  1419  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  YP_342393  decreased coverage  0.000000027639  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0717  CDS  NC_007484  775264  776262  +  999  hypothetical protein  YP_342761  decreased coverage  0.0000000298888  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0725  CDS  NC_007484  785208  786434  +  1227  hypothetical protein  YP_342769  decreased coverage  0.0000000085057  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0751  CDS  NC_007484  818528  818866  +  339  cytochrome c, class I  YP_342794  decreased coverage  0.0000000000617346  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0763  CDS  NC_007484  832037  832525  +  489  hypothetical protein  YP_342806  decreased coverage  0.0000000000935543  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0764  CDS  NC_007484  832766  833509  +  744  hypothetical protein  YP_342807  decreased coverage  0.000000000433387  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0969  CDS  NC_007484  1069648  1070238  -  591  hypothetical protein  YP_343009  decreased coverage  0.00566791  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_0986  CDS  NC_007484  1088414  1088986  +  573  hypothetical protein  YP_343025  decreased coverage  0.0000000349147  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1052  CDS  NC_007484  1159563  1160018  -  456  Acetyl-CoA biotin carboxyl carrier  YP_343090  decreased coverage  0.00000000138973  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1053  CDS  NC_007484  1160070  1160513  -  444  3-dehydroquinate dehydratase  YP_343091  decreased coverage  0.00000000105156  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1140  CDS  NC_007484  1248285  1250219  +  1935  threonyl-tRNA synthetase  YP_343174  decreased coverage  0.000099925  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1300  CDS  NC_007484  1438866  1441010  -  2145  RelA/SpoT protein  YP_343329  decreased coverage  0.00320424  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1489  CDS  NC_007484  1648088  1650157  +  2070  TonB-dependent receptor  YP_343505  decreased coverage  0.00000345981  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1573  CDS  NC_007484  1747688  1748209  +  522  heat shock protein Hsp20  YP_343582  decreased coverage  0.00130938  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1574  CDS  NC_007484  1748316  1748819  +  504  hypothetical protein  YP_343583  decreased coverage  0.00494576  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1654  CDS  NC_007484  1848575  1849243  -  669  hypothetical protein  YP_343656  decreased coverage  0.000000000318402  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1683  CDS  NC_007484  1885019  1886482  -  1464  hypothetical protein  YP_343685  decreased coverage  0.000000210217  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1693  CDS  NC_007484  1892547  1894574  -  2028  DNA ligase (NAD+)  YP_343695  decreased coverage  0.000392244  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1694  CDS  NC_007484  1894611  1895507  -  897  cell division protein ZipA  YP_343696  decreased coverage  0.00000842049  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1750  CDS  NC_007484  1968885  1969676  +  792  hydroxyacylglutathione hydrolase  YP_343752  decreased coverage  0.00000000022513  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1751  CDS  NC_007484  1969908  1970324  +  417  hypothetical protein  YP_343753  decreased coverage  0.0000000000605366  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1772  CDS  NC_007484  1997321  1997593  -  273  histone-like DNA-binding protein  YP_343774  decreased coverage  0.000757515  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1823  CDS  NC_007484  2066682  2067470  -  789  hypothetical protein  YP_343821  decreased coverage  0.000000483786  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_1927  CDS  NC_007484  2206263  2207024  +  762  hypothetical protein  YP_343919  decreased coverage  0.00780352  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2314  CDS  NC_007484  2659768  2660136  -  369  ribosomal protein L14  YP_344302  decreased coverage  0.00000028271  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2327  CDS  NC_007484  2666419  2668512  -  2094  elongation factor G  YP_344315  decreased coverage  0.000000853268  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2337  CDS  NC_007484  2681236  2681583  -  348  SecE subunit of protein translocation complex  YP_344325  decreased coverage  0.000000944719  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2338  CDS  NC_007484  2681843  2683033  -  1191  elongation factor Tu  YP_344326  decreased coverage  0.00000797106  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2569  CDS  NC_007484  2920559  2922484  -  1926  peptidase M41, FtsH  YP_344552  decreased coverage  0.0000845189  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2661  CDS  NC_007484  3015449  3016150  -  702  nicotinic acid mononucleotide adenylyltransferase  YP_344644  decreased coverage  0.000479715  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2752  CDS  NC_007484  3123932  3125284  +  1353  hypothetical protein  YP_344731  decreased coverage  0.00174638  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2808  CDS  NC_007484  3182378  3184375  -  1998  transketolase  YP_344785  decreased coverage  0.00000368556  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2856  CDS  NC_007484  3234671  3235906  -  1236  cell division protein FtsA  YP_344832  decreased coverage  0.00000000501977  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2901  CDS  NC_007484  3280646  3281275  +  630  hypothetical protein  YP_344877  decreased coverage  0.0081039  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2902  CDS  NC_007484  3281342  3282565  -  1224  transposase  YP_344878  decreased coverage  0.00617488  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_2971  CDS  NC_007484  3357379  3357909  -  531  cytochrome c oxidase, subunit II  YP_344943  decreased coverage  0.00000000297195  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_3048  CDS  NC_007484  3443570  3444046  -  477  hypothetical protein  YP_345019  decreased coverage  0.00000000244651  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_3081  CDS  NC_007484  3473022  3473393  -  372  hypothetical protein  YP_345052  decreased coverage  0.00119917  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_A0002  CDS  NC_007483  1158  1667  -  510  hypothetical protein  YP_342045  decreased coverage  0.0000000768855  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Noc_R0032  tRNA  NC_007484  1997233  1997308  -  76  tRNA-Val    decreased coverage  0.000419269  n/a    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>