35 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Bxe_C0078  CDS  NC_007953  86964  87917  +  954  putative Zinc-binding dehydrogenase  YP_555354  normal  0.212844  decreased coverage  0.000689131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0217  CDS  NC_007953  237998  238633  +  636  isochorismatase hydrolase family protein  YP_555491  decreased coverage  0.000000108628  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0272  CDS  NC_007953  294355  295521  +  1167  OmpC family outer membrane porin  YP_555545  decreased coverage  0.0000181178  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0313    NC_007953  340370  340618  -  249      decreased coverage  0.00280749  normal  0.364827  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0314    NC_007953  340651  341004  -  354      decreased coverage  0.00808574  normal  0.371226  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0325  CDS  NC_007953  353496  356597  +  3102  putative carbamoyl-phosphate synthase/carboxyltransferase  YP_555591  decreased coverage  0.00413632  normal  0.277217  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0328  CDS  NC_007953  358125  359267  -  1143  OmpC family outer membrane porin  YP_555593  decreased coverage  0.00000000000489556  normal  0.173694  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0329  CDS  NC_007953  359391  360719  -  1329  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  YP_555594  decreased coverage  0.000000000000181979  normal  0.0690464  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0334  CDS  NC_007953  365190  365531  -  342  hypothetical protein  YP_555599  decreased coverage  0.00000000000115612  hitchhiker  0.00778397  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0335  CDS  NC_007953  365619  365888  +  270  hypothetical protein  YP_555600  decreased coverage  0.000000000000662547  hitchhiker  0.00751641  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0336  CDS  NC_007953  365885  366163  +  279  hypothetical protein  YP_555601  decreased coverage  0.000000000000723869  hitchhiker  0.00769409  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0352  CDS  NC_007953  381055  382215  -  1161  hypothetical protein  YP_555614  hitchhiker  0.0000477716  decreased coverage  0.0000013738  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0354  CDS  NC_007953  383140  384537  -  1398  major facilitator superfamily aromatic acid/H(+) symporter  YP_555616  decreased coverage  0.0000000000650677  hitchhiker  0.00000770433  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0431  CDS  NC_007953  454359  455234  +  876  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  YP_555685  decreased coverage  0.00135798  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0583  CDS  NC_007953  601850  602545  +  696  putative short-chain dehydrogenase/reductase  YP_555831  decreased coverage  0.00177948  normal  0.463308  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0599  CDS  NC_007953  616591  617868  +  1278  cytochrome P450  YP_555847  decreased coverage  0.00925226  normal  0.145551  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0605  CDS  NC_007953  623662  624810  -  1149  putative acyl-CoA dehydrogenase  YP_555853  decreased coverage  0.00592793  normal  0.0752366  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0625  CDS  NC_007953  649357  650130  -  774  putative fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  YP_555873  normal  1  decreased coverage  0.00700547  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0640  CDS  NC_007953  664080  664985  +  906  aromatic ring-cleavage dioxygenase  YP_555888  decreased coverage  0.000774206  normal  0.0582062  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0641  CDS  NC_007953  665023  665808  -  786  hypothetical protein  YP_555889  decreased coverage  0.0033841  normal  0.0977111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0667  CDS  NC_007953  698143  699312  +  1170  OmpC family outer membrane porin  YP_555915  decreased coverage  0.0000990839  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0829  CDS  NC_007953  858084  859172  -  1089  OmpC family outer membrane porin  YP_556060  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0836  CDS  NC_007953  864522  865292  +  771  GntR family transcriptional regulator  YP_556067  normal  1  decreased coverage  0.00839653  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0837  CDS  NC_007953  865435  865926  -  492  hypothetical protein  YP_556068  normal  1  decreased coverage  0.00815342  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0838  CDS  NC_007953  866389  867540  -  1152  putative transposase IS116/IS110/IS902  YP_556069  normal  1  decreased coverage  0.00974886  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0916  CDS  NC_007953  951254  952351  -  1098  OmpC family outer membrane porin  YP_556141  decreased coverage  0.0000000226254  normal  0.19283  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0935  CDS  NC_007953  969997  971115  -  1119  OmpC family outer membrane porin  YP_556160  decreased coverage  0.000000655737  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0974  CDS  NC_007953  1006930  1008318  -  1389  major facilitator superfamily aromatic acid/H(+) symporter  YP_556198  decreased coverage  0.00000109951  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C0976  CDS  NC_007953  1008707  1010035  -  1329  hypothetical protein  YP_556199  decreased coverage  0.0000000643753  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C1012  CDS  NC_007953  1049440  1050567  -  1128  OmpC family outer membrane porin  YP_556235  decreased coverage  0.0000000000562807  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C1029  CDS  NC_007953  1065179  1066537  -  1359  major facilitator superfamily aromatic acid/H(+) symporter  YP_556249  decreased coverage  0.000542182  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C1038  CDS  NC_007953  1075572  1076813  -  1242  Alpha-methylacyl-CoA racemase  YP_556256  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C1088  CDS  NC_007953  1131740  1132786  -  1047  polysaccharide export protein  YP_556305  decreased coverage  0.000453729  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C1232  CDS  NC_007953  1287219  1288427  -  1209  OmpC family outer membrane porin  YP_556442  decreased coverage  0.0000000106128  normal  1  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_C1312  CDS  NC_007953  1383308  1384504  -  1197  acetylornithine deacetylase  YP_556519  decreased coverage  0.00749769  normal  0.95577  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>