226 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Bxe_A0035  CDS  NC_007951  4810642  4810911  270  F0F1 ATP synthase subunit C  YP_560944  decreased coverage  0.00371718  normal  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0036  CDS  NC_007951  4810033  4810503  471  F0F1 ATP synthase subunit B  YP_560943  decreased coverage  0.00144365  normal  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0112  CDS  NC_007951  4724005  4724307  303  HNS-like transcriptional regulator  YP_560871  decreased coverage  0.00000000000000994611  normal  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0273  CDS  NC_007951  4569585  4570409  825  OmpW family outer membrane porin  YP_560712  decreased coverage  0.0000000000012547  unclonable  0.000000709917  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0298  CDS  NC_007951  4541270  4541530  261  hypothetical protein  YP_560687  decreased coverage  0.00000000000000439075  normal  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0313  CDS  NC_007951  4514430  4514741  312  30S ribosomal protein S10  YP_560672  decreased coverage  0.0000000000233009  normal  0.0207604  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0316  CDS  NC_007951  4512627  4512941  315  50S ribosomal protein L23  YP_560669  hitchhiker  0.0000000511744  decreased coverage  0.00276856  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0317  CDS  NC_007951  4511797  4512624  828  50S ribosomal protein L2  YP_560668  hitchhiker  0.0000380441  decreased coverage  0.00287275  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0318  CDS  NC_007951  4511511  4511786  276  30S ribosomal protein S19  YP_560667  hitchhiker  0.00000548079  decreased coverage  0.00231518  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0319  CDS  NC_007951  4511171  4511500  330  50S ribosomal protein L22  YP_560666  hitchhiker  0.00000843576  decreased coverage  0.00242293  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0320  CDS  NC_007951  4510353  4511159  807  30S ribosomal protein S3  YP_560665  hitchhiker  0.0000941491  decreased coverage  0.00272793  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0321  CDS  NC_007951  4509934  4510350  417  50S ribosomal protein L16  YP_560664  hitchhiker  0.0000904365  decreased coverage  0.00244098  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0322  CDS  NC_007951  4509729  4509923  195  50S ribosomal protein L29  YP_560663  hitchhiker  0.0000137645  decreased coverage  0.00229804  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0323  CDS  NC_007951  4509460  4509732  273  30S ribosomal protein S17  YP_560662  hitchhiker  0.00000666609  decreased coverage  0.00233353  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0324  CDS  NC_007951  4508801  4509169  369  50S ribosomal protein L14  YP_560661  hitchhiker  0.00000708463  decreased coverage  0.00245917  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0325  CDS  NC_007951  4508483  4508791  309  50S ribosomal protein L24  YP_560660  hitchhiker  0.000177904  decreased coverage  0.0025148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0326  CDS  NC_007951  4507926  4508465  540  50S ribosomal protein L5  YP_560659  hitchhiker  0.000464858  decreased coverage  0.00283063  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0327  CDS  NC_007951  4507613  4507918  306  30S ribosomal protein S14  YP_560658  hitchhiker  0.00000923882  decreased coverage  0.00287275  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0328  CDS  NC_007951  4507203  4507598  396  30S ribosomal protein S8  YP_560657  hitchhiker  0.0000354136  decreased coverage  0.00289436  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0329  CDS  NC_007951  4506654  4507184  531  50S ribosomal protein L6  YP_560656  hitchhiker  0.00323508  decreased coverage  0.00332979  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0330  CDS  NC_007951  4506276  4506641  366  50S ribosomal protein L18  YP_560655  normal  0.0191995  decreased coverage  0.00330541  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0331  CDS  NC_007951  4505743  4506261  519  30S ribosomal protein S5  YP_560654  normal  0.0109277  decreased coverage  0.00358329  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0332  CDS  NC_007951  4505550  4505732  183  50S ribosomal protein L30  YP_560653  hitchhiker  0.00936849  decreased coverage  0.00323406  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0333  CDS  NC_007951  4505086  4505520  435  50S ribosomal protein L15  YP_560652  normal  0.0239722  decreased coverage  0.00345429  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0334  CDS  NC_007951  4503693  4505039  1347  preprotein translocase subunit SecY  YP_560651  normal  0.0507904  decreased coverage  0.00438746  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0347  CDS  NC_007951  4492236  4494458  2223  cytochrome C biogenesis protein  YP_560638  normal  decreased coverage  0.00552206  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0348  CDS  NC_007951  4491020  4492231  1212  cytochrome c assembly protein  YP_560637  normal  decreased coverage  0.00374335  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0491  CDS  NC_007951  4336108  4337304  1197  cell division protein FtsZ  YP_560494  decreased coverage  0.00000439122  normal  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0713  CDS  NC_007951  4092002  4093108  1107  glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase(FlhA)  YP_560273  decreased coverage  0.009216  normal  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0720  CDS  NC_007951  4085278  4086600  1323  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  YP_560266  decreased coverage  0.000000241977  normal  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0798  CDS  NC_007951  3996995  3997201  207  cold-shock DNA-binding protein family protein  YP_560188  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0799  CDS  NC_007951  3996588  3996974  387  hypothetical protein  YP_560187  decreased coverage  0.000000000000598769  normal  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0942  CDS  NC_007951  3850362  3850784  423  hypothetical protein  YP_560056  decreased coverage  0.00804461  normal  0.623642  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A0972  CDS  NC_007951  3813741  3814439  699  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  YP_560027  decreased coverage  0.00675133  normal  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A1234  CDS  NC_007951  3556532  3557410  879  hypothetical protein  YP_559771  decreased coverage  0.00929437  normal  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A1254  CDS  NC_007951  3535959  3537653  1695  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  YP_559751  decreased coverage  0.000724921  normal  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A1523  CDS  NC_007951  3233394  3234536  1143  putative nitrogen regulation, histidine kinase, protein NR(II)  YP_559483  decreased coverage  0.000460807  normal  0.0669938  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A1552  CDS  NC_007951  3196212  3196742  531  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  YP_559455  decreased coverage  0.00106628  normal  0.0365649  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A1613  CDS  NC_007951  3129727  3130122  396  hypothetical protein  YP_559394  decreased coverage  0.0000000189604  normal  0.416635  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A1642  CDS  NC_007951  3095331  3096740  1410  glutamyl-tRNA synthetase  YP_559365  decreased coverage  0.000000000802053  normal  0.126608  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A1654  CDS  NC_007951  3081695  3082498  804  peptidase M22, glycoprotease  YP_559353  normal  0.786528  decreased coverage  0.00849888  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A1655  CDS  NC_007951  3081204  3081698  495  ribosomal-protein-alanine acetyltransferase  YP_559352  normal  decreased coverage  0.0082136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A1656  CDS  NC_007951  3080012  3081217  1206  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  YP_559351  normal  decreased coverage  0.00964982  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A1682  CDS  NC_007951  3046498  3047250  753  30S ribosomal protein S2  YP_559325  decreased coverage  0.00674019  normal  0.113442  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A1941  CDS  NC_007951  2788924  2790018  1095  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  YP_559076  decreased coverage  0.00208553  normal  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A1945  CDS  NC_007951  2783824  2785014  1191  putative 2-nitropropane dioxygenase  YP_559072  decreased coverage  0.00553543  normal  0.953866  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A1946  CDS  NC_007951  2783097  2783753  657  OmpW family outer membrane porin  YP_559071  decreased coverage  0.000112582  normal  0.916389  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A1952  CDS  NC_007951  2775960  2776889  930  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  YP_559065  decreased coverage  0.00258406  normal  0.610972  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A1962  CDS  NC_007951  2762594  2763472  879  lipid A biosynthesis lauroyl acyltransferase  YP_559055  normal  0.310079  decreased coverage  0.00642577  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A1963  CDS  NC_007951  2759137  2761482  2346  YD repeat-containing protein  YP_559054  normal  0.0257216  decreased coverage  0.00891251  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A1966  CDS  NC_007951  2756496  2757992  1497  RND efflux system outer membrane lipoprotein  YP_559052  normal  0.391464  decreased coverage  0.00633944  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2134  CDS  NC_007951  2561240  2562394  1155  hypothetical protein  YP_558886  normal  decreased coverage  0.00361005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2135  CDS  NC_007951  2559898  2560857  960  MoxR-like ATPase, putative transcriptional regulator, C1 metabolism  YP_558885  normal  0.783557  decreased coverage  0.00358329  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2136  CDS  NC_007951  2558903  2559865  963  hypothetical protein  YP_558884  normal  0.412717  decreased coverage  0.00332979  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2137  CDS  NC_007951  2558364  2558876  513  putative transmembrane protein  YP_558883  normal  decreased coverage  0.00280947  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2138  CDS  NC_007951  2557340  2558353  1014  hypothetical protein  YP_558882  normal  0.401823  decreased coverage  0.00313955  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2139  CDS  NC_007951  2555758  2557350  1593  hypothetical protein  YP_558881  normal  0.488109  decreased coverage  0.00345429  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2192  CDS  NC_007951  2496063  2497307  1245  putative cytoplasmic protein of unknown function(DUF1479)  YP_558829  normal  decreased coverage  0.00240391  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2193  CDS  NC_007951  2494998  2495969  972  AraC family transcriptional regulator  YP_558828  normal  decreased coverage  0.00215033  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2194  CDS  NC_007951  2494783  2495049  267  hypothetical protein  YP_558827  normal  decreased coverage  0.0016832  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2195  CDS  NC_007951  2494390  2494761  372  hypothetical protein  YP_558826  normal  0.402265  decreased coverage  0.00169589  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2196  CDS  NC_007951  2492332  2494209  1878  glycoside hydrolase family protein 15  YP_558825  normal  0.119453  decreased coverage  0.00245917  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2197  CDS  NC_007951  2489734  2492250  2517  putative penicillin-binding 1 (peptidoglycansynthetase) transmembrane protein, MrcA  YP_558824  normal  0.633683  decreased coverage  0.00350534  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2198  CDS  NC_007951  2488367  2489563  1197  trans-2-enoyl-CoA reductase  YP_558823  normal  0.139454  decreased coverage  0.00257106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2201  CDS  NC_007951  2486105  2487052  948  AraC family transcriptional regulator  YP_558820  normal  0.608113  decreased coverage  0.002281  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2202  CDS  NC_007951  2485059  2485889  831  short chain dehydrogenase  YP_558819  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2240  CDS  NC_007951  2439548  2440738  1191  putative glycosyltransferase group 1, RfaG-like  YP_558781  decreased coverage  0.00876086  normal  0.297144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2339  CDS  NC_007951  2322195  2323166  972  hypothetical protein  YP_558683  decreased coverage  0.00895822  normal  0.276271  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2366  CDS  NC_007951  2291407  2292240  834  putative inner membrane protein  YP_558656  decreased coverage  0.00016651  normal  0.183641  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2370  CDS  NC_007951  2287014  2287460  447  putative carboxymuconolactone decarboxylase  YP_558652  decreased coverage  0.006176  normal  0.29565  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2444  CDS  NC_007951  2220092  2221606  1515  putative transposase, R6 like  YP_558580  decreased coverage  0.00883752  normal  0.351608  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2448  CDS  NC_007951  2217166  2217906  741  hypothetical protein  YP_558577  decreased coverage  0.0000125917  normal  0.188884  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2524  CDS  NC_007951  2142091  2142624  534  GNAT family acetyltransferase ElaA  YP_558500  normal  decreased coverage  0.00873367  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2556  CDS  NC_007951  2109250  2109990  741  hypothetical protein  YP_558474  decreased coverage  0.00856819  normal  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2609  CDS  NC_007951  2060870  2062492  1623  chaperonin GroEL  YP_558424  decreased coverage  0.0000319213  normal  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2717  CDS  NC_007951  1940221  1941288  1068  OmpC family outer membrane porin  YP_558299  decreased coverage  0.0000457721  normal  0.182742  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2725  CDS  NC_007951  1930860  1932155  1296  homogentisate 1,2-dioxygenase  YP_558291  decreased coverage  0.00241736  normal  0.0920445  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2773  CDS  NC_007951  1879122  1880009  888  TetR family transcriptional regulator  YP_558242  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A2994  CDS  NC_007951  1606386  1609127  2742  TonB-dependent receptor  YP_558037  decreased coverage  0.00795438  normal  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3035  CDS  NC_007951  1552535  1553329  795  hypothetical protein  YP_557996  decreased coverage  0.000133593  unclonable  0.00000211782  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3036  CDS  NC_007951  1552178  1552492  315  hypothetical protein  YP_557995  decreased coverage  0.00000733888  unclonable  0.00000168193  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3044  CDS  NC_007951  1545240  1546202  963  hypothetical protein  YP_557987  decreased coverage  0.0000867038  hitchhiker  0.0000222782  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3052  CDS  NC_007951  1537041  1538765  1725  putative membrane protein, phage K related  YP_557979  decreased coverage  0.00556585  hitchhiker  0.0000266051  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3090  CDS  NC_007951  1511967  1512371  405  hypothetical protein  YP_557941  decreased coverage  0.0000148627  hitchhiker  0.0000696345  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3091  CDS  NC_007951  1511621  1511821  201  hypothetical protein  YP_557940  decreased coverage  0.00000409749  hitchhiker  0.0000666461  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3092  CDS  NC_007951  1511343  1511645  303  hypothetical protein  YP_557939  decreased coverage  0.00000778232  hitchhiker  0.00000848199  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3093  CDS  NC_007951  1511096  1511341  246  hypothetical protein  YP_557938  decreased coverage  0.00000202639  hitchhiker  0.00000801644  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3097  CDS  NC_007951  1507002  1509008  2007  ParB family protein  YP_557934  normal  0.0650807  decreased coverage  0.0000165149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3098  CDS  NC_007951  1506823  1506999  177  hypothetical protein  YP_557933  normal  0.071302  decreased coverage  0.0000094049  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3099  CDS  NC_007951  1506334  1506765  432  hypothetical protein  YP_557932  normal  0.0706007  decreased coverage  0.0000115663  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3100  CDS  NC_007951  1505795  1506322  528  hypothetical protein  YP_557931  normal  0.0248647  decreased coverage  0.0000135687  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3101  CDS  NC_007951  1505262  1505792  531  hypothetical protein  YP_557930  normal  0.149469  decreased coverage  0.0000129459  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3102  CDS  NC_007951  1504687  1505028  342  hypothetical protein  YP_557929  normal  0.0267594  decreased coverage  0.0000110325  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3103  CDS  NC_007951  1503987  1504403  417  hypothetical protein  YP_557928  normal  0.0193716  decreased coverage  0.0000120118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3104  CDS  NC_007951  1503567  1503977  411  hypothetical protein  YP_557927  hitchhiker  0.00545939  decreased coverage  0.0000114562  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3105  CDS  NC_007951  1502410  1503570  1161  hypothetical protein  YP_557926  normal  0.0240308  decreased coverage  0.0000148986  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3106  CDS  NC_007951  1501506  1502417  912  putative phage protein Gp37Gp68  YP_557925  hitchhiker  0.0083957  decreased coverage  0.0000124702  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3107  CDS  NC_007951  1500821  1501294  474  hypothetical protein  YP_557924  hitchhiker  0.000543353  decreased coverage  0.0000114562  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3108  CDS  NC_007951  1500213  1500824  612  DnaJ-class molecular chaperone  YP_557923  decreased coverage  0.00000640681  decreased coverage  0.0000116774  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Bxe_A3109  CDS  NC_007951  1499933  1500172  240  hypothetical protein  YP_557922  decreased coverage  0.000000674014  decreased coverage  0.0000113472  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>